正當(dāng)整個(gè)討袁戰(zhàn)線崩潰之際，南京于8月11日再次宣布獨(dú)立，重新舉起了討袁的大旗。
在此之前，袁世凱任馮國璋為第二軍軍長、江淮宣撫使，于7月24日率部自天津南下。袁命其沿鐵路進(jìn)兵，速取臨淮；同時(shí)命張勛取道清江、揚(yáng)州，由水路進(jìn)取鎮(zhèn)江，與馮會(huì)攻南京?？墒?，由于鐵路遭南撤討袁軍破壞以及鎮(zhèn)、揚(yáng)兩軍發(fā)生內(nèi)訌等原因，他們的進(jìn)軍速度大受影響。遲至8月11日，馮國璋前鋒施從濱一部才抵達(dá)浦口，張勛前鋒更于12日才到達(dá)南京郊外的龍?zhí)?。盡管袁世凱一再催促他們進(jìn)兵南京，但也無法阻止南京的再次獨(dú)立了。
南京自取消獨(dú)立之后，軍政各界一再電請程德全、應(yīng)德閎返寧收拾殘局。但程已無意從政，僅派杜淮川至寧出任第一師師長。杜威望不足，難以控制局面。當(dāng)時(shí)，中上級(jí)軍官都已喪失斗志，只待北軍前來接洽。但第八師、第一師等部的下級(jí)軍官及士兵群眾，對取消獨(dú)立表示強(qiáng)烈不滿。袁命將南下，曾一再指令北軍“凡遇有自稱取消獨(dú)立之軍隊(duì)，必勒令繳械，給資遣散，誅其渠魁”^[1]。南京軍隊(duì)聽說后更加憤怒，遂紛紛集會(huì)，決心誓死抵抗。
激進(jìn)的革命黨人何海鳴、韓恢，在各地討袁獨(dú)立運(yùn)動(dòng)掀起后曾赴蘇北活動(dòng)，因無成效，回到鎮(zhèn)江，獲悉黃興出走，星夜赴寧圖謀補(bǔ)救。時(shí)詹大悲、戴季陶也到南京活動(dòng)，但雙方缺少聯(lián)系。韓恢與第一師士兵有廣泛的聯(lián)系，即從運(yùn)動(dòng)該師著手。8月8日中午，何海鳴率百余人占領(lǐng)都督府，宣布“卷土重來，恢復(fù)獨(dú)立”^[2],自任江蘇討袁軍臨時(shí)總司令，推陳之驥為江蘇都督。何派代表往迎陳履任，陳初不應(yīng)，旋派他的參謀首斌與何接洽。至晚，首斌又偕參謀長袁華選將何劫往八師司令部，由陳之驥宣布再次取消獨(dú)立。
鑒于軍情不穩(wěn)，陳之驥經(jīng)英國領(lǐng)事的聯(lián)系，偕憲兵司令茅乃封于8月10日渡江至其岳父馮國璋軍營，商談和平解決方法。是夜，第八師二十九團(tuán)下級(jí)軍官和士兵群眾首先起義，擊斃企圖阻止起義的代理團(tuán)長李浚，不久又與第一師官兵聯(lián)合起來，擁入第八師司令部，將何海鳴迎至小營二十九團(tuán)團(tuán)部，并宣布解散第八師司令部，以斷絕陳之驥的歸路。八師高級(jí)軍官紛紛逃跑，旅長王孝縝躲到船上電告陳之驥部隊(duì)嘩變，陳倉促趕回。11日下午，何海鳴宣布第三次獨(dú)立。陳之驥回寧，見大勢已去，便在日本領(lǐng)事館參贊護(hù)送下乘日本軍艦轉(zhuǎn)往上海，后赴日流亡。
戴季陶于何海鳴第一次宣布獨(dú)立時(shí)，又從上海趕到南京，旋因獨(dú)立失敗，本想重回上海，適再次獨(dú)立成功。二十九團(tuán)派人把他接到團(tuán)部，希望得到上海方面的支援。戴對何海鳴說：“予須回滬一次力籌之，此間事須以知兵之人為司令，鈕永建可承其乏，爾可退讓賢路也?！?sup>[3]但滬上名將均知難而退，并未一至南京，而從上海來的經(jīng)濟(jì)支援也十分有限。
8月13日，張勛到達(dá)龍?zhí)?。他以為可以“趁其?nèi)亂，速行進(jìn)取”^[4],一面要求馮國璋自大勝關(guān)、三汊河渡江配合，一面令所屬部隊(duì)火速進(jìn)攻，企圖一舉占領(lǐng)南京鎖鑰天保城。14日拂曉，張勛所部武衛(wèi)前軍不待馮部協(xié)同作戰(zhàn)，即偕江蘇第四師(師長徐寶珍，徐寶山之弟)突襲紫金山。由于駐守部隊(duì)叛變，張勛不戰(zhàn)而克。旋為城守部隊(duì)發(fā)覺，富貴山炮臺(tái)當(dāng)即發(fā)炮反擊，第八師等部亦發(fā)起反攻，至中午奪回天保城，隨即在天保城架炮，轟擊紫金山。下午6時(shí)，張、徐兩軍不支，棄山而走。是役，據(jù)北軍戰(zhàn)后報(bào)告，徐軍被擊斃團(tuán)、營、連長各一名，排長以下五十五名，旅長方更生重傷；張軍被擊斃管帶(營長)一名，傷管帶二名，死傷士兵無算。張勛第一天進(jìn)攻即遭慘敗，銳氣頓挫。惜討袁軍有戰(zhàn)斗力的部隊(duì)不多，且無深通軍事的將校指揮，未能自雨花臺(tái)出奇兵抄襲張勛后路，圍殲敵軍。同日，投降北軍的張宗昌第三師一部偷渡長江，潛入下關(guān)，被守軍殲滅大半，殘部退入南京東北要地幕府山。16日，馮國璋曾命令渡江，但未能成功，僅第三師一部占領(lǐng)老虎山。同日，張勛佯攻雨花臺(tái)，突襲天保城，雖曾一度占領(lǐng)，但由于討袁軍主力第八師二十九團(tuán)的反攻，旋即丟失。翌日，討袁軍乘勝收復(fù)紫金山。
在南京城內(nèi)，新任第一師師長徐濤、第八師師長李可鈞、衛(wèi)戍團(tuán)團(tuán)長吳浩聯(lián)絡(luò)南京地方維持會(huì)，勾結(jié)北軍圖謀獻(xiàn)城叛變，取消獨(dú)立。16日下午，何海鳴衛(wèi)隊(duì)被衛(wèi)戍團(tuán)擊散，何一度躲入金陵醫(yī)院。第八師二十九團(tuán)、第一師第三團(tuán)等部士兵得知消息后，十分憤怒，是日深夜，第八師士兵圍攻師部，鎮(zhèn)壓了李可鈞和徐濤，但攻擊衛(wèi)戍團(tuán)時(shí)失利。翌日，吳浩仍出布告，取消獨(dú)立。一、八兩師士兵遂聯(lián)合擊潰衛(wèi)戍團(tuán)，吳浩逃走。取消獨(dú)立的陰謀再一次為革命士兵所粉碎。
此后，張堯卿乘變亂自任為江蘇都督，何海鳴兼第八師師長，韓恢任第一師師長。但是，這一新的領(lǐng)導(dǎo)集團(tuán)也缺乏威望。何海鳴是個(gè)浮躁文人，不懂軍事，不為軍人所信賴。連韓恢也說：“余等之舉何海鳴為總司令，不過兒戲而已。何為文人，彼豈知兵哉？”^[5]張堯卿則因謀鎮(zhèn)江獨(dú)立未成，轉(zhuǎn)入南京，在軍中并無基礎(chǔ)。實(shí)際上，南京重新獨(dú)立始終沒有一個(gè)堅(jiān)強(qiáng)的領(lǐng)導(dǎo)集團(tuán)。南京的戰(zhàn)斗，是以在天保城一線的第八師第二十九團(tuán)和在雨花臺(tái)一線的第一師第三團(tuán)為主的士兵群眾依靠高度的革命精神自覺進(jìn)行的?！败婈?duì)舉動(dòng)，悉由兵士自為”^[6]。每當(dāng)臨敵，士兵們無須軍官督促，歡欣鼓舞，勇往直前，幾乎人自為戰(zhàn)。他們一不謀官，二不為財(cái)，除第一師部分士兵紀(jì)律不良外，主力第八師始終保持著自覺的紀(jì)律，使戰(zhàn)時(shí)的南京保持著良好的治安。
19日，張勛再次對南京發(fā)起猛烈攻擊，重占天保城，并先后三次向太平門、洪武門一線發(fā)動(dòng)進(jìn)攻，一度攻入太平門，但遭城內(nèi)討袁軍的堵截，被迫退回。20日晨，第八師二十九團(tuán)、三十二團(tuán)及炸彈隊(duì)等部向天保城發(fā)起反攻，再次予以收復(fù)，但翌日下午，終因寡不敵眾，復(fù)為張勛所占。這時(shí)，退至蕪湖的安徽討袁軍總司令柏文蔚，應(yīng)南京方面的邀請，于8月19日率衛(wèi)隊(duì)一營及憲兵共約一千多人到達(dá)南京，給血戰(zhàn)中的南京軍民以很大的鼓舞。柏文蔚當(dāng)即被推舉為江蘇都督兼第八師師長，領(lǐng)導(dǎo)南京的討袁戰(zhàn)爭。21日晚，在柏文蔚指揮下，討袁軍向天保城發(fā)動(dòng)反攻，但未能攻下，終使南京城失去了屏障。天保城的爭奪戰(zhàn)凡五得五失，討袁軍給予張勛所部以嚴(yán)重的殺傷，表現(xiàn)了高度的英雄氣概。
當(dāng)張勛和討袁軍血戰(zhàn)的時(shí)候，馮國璋一直在隔江觀火。22日，馮國璋看到張勛已確實(shí)占領(lǐng)天保城，才命令第二師和第五師于翌晨分別向神策門、太平門發(fā)起攻擊。但是，馮又指示：“本軍首天攻擊，早遲必定成功，無須太為著急。”^[7]顯然，他是要讓張勛去火中取栗。24日，袁世凱擔(dān)心南京久攻不下，他處再起，訓(xùn)令海軍總長劉冠雄“會(huì)合海陸各軍迅速蕩平，切勿延緩，致牽動(dòng)大局。陸軍大隊(duì)尚未渡江，望劉使(時(shí)劉任南洋巡閱使)速設(shè)法護(hù)渡”^[8]。是日，雷震春(時(shí)任第七師師長)率部由上海開抵鎮(zhèn)江登陸，海軍進(jìn)駐南京下游卸甲甸，準(zhǔn)備掩護(hù)馮軍渡江。
正當(dāng)北軍圍攻之際，南京城內(nèi)領(lǐng)導(dǎo)集團(tuán)又起糾紛。第一師師長韓恢因不受該師官兵歡迎，轉(zhuǎn)任第三軍軍長(新募之兵，徒有虛名),而張堯卿則對柏文蔚占去都督一職表示不滿。柏文蔚見何海鳴不得人望，內(nèi)部矛盾重重，強(qiáng)敵壓境，前途無望，留書何海鳴，欲帶第八師出走。八師官兵堅(jiān)決反對，柏的衛(wèi)隊(duì)多數(shù)也不愿隨行。結(jié)果，柏文蔚于8月25日僅率少數(shù)人出水西門離開南京，中途為北軍擊散，僅與祁耿寰化裝工人，逃往上海，轉(zhuǎn)赴日本亡命。于是，何海鳴又兼任江蘇都督、第八師師長等職，全權(quán)指揮。何海鳴在南京的堅(jiān)持，畢竟起了協(xié)調(diào)和維系軍心的作用。
25日夜，海軍海琛、應(yīng)瑞、楚有三艦暗渡上游，直抵大勝關(guān)，不僅截?cái)嗔四暇┡c蕪湖的聯(lián)系，且利用艦隊(duì)炮火助陸軍攻城，并協(xié)助北洋第四師等部自上游渡江。26日，北軍全力攻城。張勛馬隊(duì)突入朝陽門，張宗昌第三師一部攻入神策門。張勛狂喜，電京告捷。但是，張勛馬隊(duì)一入城即遭到預(yù)設(shè)坑道的阻攔，被守軍全部殲滅。張宗昌部也遭到城墻兩側(cè)火力封鎖，被迫退出城外。僅第五師按兵不動(dòng)，未遭損失。此次失敗后，馮國璋嚴(yán)飭南岸各部約會(huì)海軍，聯(lián)合張軍協(xié)同進(jìn)攻，再也不敢輕率冒進(jìn)了。28日晨，第八師二十九團(tuán)約一百多人，出敵不意，由儀鳳門出擊，占領(lǐng)寶塔橋，直沖至幕府山下江岸處，距第三師司令部僅四五百米。敵死力抵抗，傷亡達(dá)四十余名，司令部被迫后撤。
恰在這時(shí)，上游又傳來蕪湖失守的不利消息。8月26日，湯薌銘率長江上游水師攻克蕪湖上游要地荻港。翌日，蕪湖下游要地東梁山亦為廬州夏永倫部襲占。28日，倪嗣沖部統(tǒng)領(lǐng)王治國、安徽第一旅旅長顧琢塘?xí)虾＼娺M(jìn)攻蕪湖，龔振鵬棄城出走。至此，南京完全陷于孤立。
29日，北軍完成了對南京城的全面包圍。張勛、徐寶山部攻朝陽門，第三師攻神策門，第五師攻太平門，雷震春第七師及楊善德第四師一部協(xié)攻雨花臺(tái)，四師另一部扼守通向蕪湖及秣陵關(guān)的要道，海軍控制江面，南京的形勢頓時(shí)險(xiǎn)惡起來。于是，南京商界通過英國醫(yī)生馬林向何海鳴交涉，表示愿意出錢請討袁軍和平讓城。何海鳴拿了商會(huì)的錢，向部隊(duì)發(fā)了一次餉。但第八師士兵群眾堅(jiān)決反對和平讓城，決心死戰(zhàn)到底。作了讓城準(zhǔn)備的各部，也只得各回原防。30日，何海鳴召開軍事會(huì)議，準(zhǔn)備以攻為守。他計(jì)劃以第一師出雨花臺(tái)，攻擊紫金山；新編第五師出朝陽門，接應(yīng)合攻；第八師出太平門，突擊天保城；新編第六師出儀鳳門，攻幕府山?？墒堑谝粠熯t遲沒有行動(dòng)，既打亂了出擊計(jì)劃，也打亂了守城部署。
31日晨，北軍發(fā)起了總攻擊，討袁軍各部均為攻城敵軍壓制。9月1日晨，討袁軍衛(wèi)隊(duì)團(tuán)長叛變，張勛所部乘機(jī)猛攻，用地雷轟開太平門、朝陽門間城垣，蜂擁而入。中午，敵第三師攻入神策門，第五師攻入太平門，徐寶山部也由通濟(jì)門擁入。何海鳴、韓恢率討袁軍在鐘鼓樓、內(nèi)橋、鴿子橋一線進(jìn)行巷戰(zhàn)，終因敵我力量懸殊，一部由清涼山撤出城外，一部退守雨花臺(tái)。下關(guān)及獅子山炮臺(tái)也相繼失守。9月2日晨，何海鳴率衛(wèi)隊(duì)及第一師第三團(tuán)、第八師二十九團(tuán)殘部，在雨花臺(tái)進(jìn)行了最后一戰(zhàn)，傷亡殆盡，隊(duì)伍潰散。何海鳴與少數(shù)親隨躲于草叢中，后潛至武定橋下乘小船逃走。
北軍入城之后，已經(jīng)無意掃清殘敵，他們按照事先大掠三日的許諾，各部劃分地盤，肆意進(jìn)行搶劫。馮國璋部一把火把繁華的下關(guān)燒為灰燼，穿藍(lán)大褂、拖長辮子的張勛所部士兵，更是到處燒殺淫掠，無惡不作。南京“被劫一空，雖家具什物，亦搬運(yùn)全盡。各等人民皆體無完衣，家無一餐之糧”^[9]。在中國近代史上，雄偉壯麗的南京城，又一次遭到了浩劫！
南京保衛(wèi)戰(zhàn)盡管失敗了，南京革命英雄們的光輝業(yè)績，在國內(nèi)外正義人士中留下了不可磨滅的印象。英國醫(yī)生馬林后來在上海向人們熱烈贊揚(yáng)說：“第八師兵士實(shí)為今此革命之特色(第八師中尤以第二十九團(tuán)為最優(yōu)),足以當(dāng)英雄之名而無愧，故彼等之聲譽(yù)，當(dāng)永留于中國之歷史?！?sup>[10]士兵群眾頑強(qiáng)奮戰(zhàn)的革命精神，同資產(chǎn)階級(jí)革命領(lǐng)導(dǎo)人軟弱、消沉的精神狀態(tài)，形成了鮮明的對比。南京保衛(wèi)戰(zhàn)為二次革命譜下了最光榮的一章。
南京的陷落，是二次革命最后失敗的標(biāo)志。但從全國來說，作為二次革命尾聲的四川戰(zhàn)線卻還在激戰(zhàn)。
早在重慶宣布獨(dú)立以前，四川討袁軍就以龍光為第一支隊(duì)長，進(jìn)駐永川，準(zhǔn)備進(jìn)攻瀘州。獨(dú)立宣布后，即分兵兩支，一支由呂超率領(lǐng)，向隆昌進(jìn)攻；主力自王坪向立石站、寒坡場進(jìn)擊。討袁軍又以余際唐率部進(jìn)攻合江一線，配合進(jìn)攻瀘州。對重慶北面，則以防御為主。
成都方面，胡景伊部將、四川第一師師長周駿駐守瀘州。胡于重慶宣布獨(dú)立后，令王陵基將所部模范團(tuán)及四川第二、三師編組為一支隊(duì)，由北路進(jìn)攻重慶；令四川第四師師長劉存厚編組一支隊(duì)沿江東下。8月12日，袁世凱命令鄂督黎元洪、陜督張鳳翙、滇督蔡鍔、黔督唐繼堯“酌撥勁旅，會(huì)合兜剿”^[11]。四都督遵令撥隊(duì)援川。
戰(zhàn)斗開始后，兩軍在隆昌、立石站—寒坡場相持不下，互有進(jìn)退，討袁軍難以進(jìn)展。8月14日，川軍周駿所部左縱隊(duì)即第一師第一團(tuán)的營長梁渡、賀重熙、吳行光在隆昌前線擊斃團(tuán)長吳成禮，響應(yīng)討袁。28日，梁渡率部配合呂超夜襲瀘州，直逼龍透關(guān)。周駿率部死守，岌岌可危。血戰(zhàn)兩晝夜，討袁軍屢攻不克。9月7日，討袁軍又四面攻瀘。周駿在五峰頂督戰(zhàn)，兩軍在瀘州前方數(shù)里之草店子、半壁關(guān)、黃角村一帶鏖戰(zhàn)一日，討袁軍傷亡嚴(yán)重，攻勢頓挫。
這時(shí)，川軍第四師于9月8日進(jìn)占資中，9月10日攻克內(nèi)江。北路王陵基支隊(duì)一路攻占南充、定遠(yuǎn)，于9月10日占領(lǐng)渝北門戶合川。南路援川黔軍由旅長黃毓成率領(lǐng)占領(lǐng)綦江，兵逼重慶。滇軍由劉云峰率一旅之眾入川，進(jìn)至宜賓。陜軍由張鈁率一師之眾兵臨夔州。于是，余際唐、呂超率部還救重慶。但熊克武已于9月11日離渝出走。12日，黔軍占領(lǐng)重慶。討袁軍殘部陸續(xù)潰散。四川討袁軍失敗，整個(gè)二次革命戰(zhàn)爭完全沉寂。