平定大小和卓叛亂是乾隆時期對天山南路維吾爾族宗教首領叛亂的軍事斗爭。清朝初期，新疆南部信仰伊斯蘭教的維吾爾族和其他民族處于準噶爾部統(tǒng)治之下。維族宗教首領阿布都什特和瑪罕木特及其二子波羅尼特、霍集占兄弟還相繼被噶爾丹、策妄阿拉布坦、噶爾丹策零等長期禁錮在伊犁。阿睦爾撒納發(fā)動叛亂期間，為了爭取維吾爾族的支持，釋放波羅尼特返回維吾爾族本部。清廷平定阿睦爾撒納武裝叛亂后，大和卓(波羅尼特)與其弟小和卓(霍集占)獲釋，包括波羅尼特都表示服從中央政府。然而，大小和卓并沒以此感恩于清廷，相反卻打算利用地勢偏僻，清朝出兵困難等客觀條件，積極進行分裂國家的活動。剛從伊犁逃歸的霍集占卻妄圖借此實現割據新疆的野心，在他的教唆下，前來商議和平事宜的清朝使臣被殺害，南疆的形勢急轉直下，一場新的叛亂又爆發(fā)。1757年，大小和卓起兵反清，一時從者數十萬。1758年，清朝派靖逆將軍雅爾哈善率兵平定大小和卓叛亂，由吐魯番進攻維吾爾部北方門戶庫車，并在大敗霍集占的援軍之后攻占該城。不久，又派戰(zhàn)功卓著的將軍兆惠率軍挺進南疆，攻打叛軍的主要據點葉爾羌城。1759年，清軍分兩路攻占葉爾羌和喀什喀爾兩城。在清軍強大攻勢下，大小和卓不能敵，欲率殘部逃奔今阿富汗東北。清軍在各族人民大力協助下，粉碎了這次叛亂活動。叛亂頭子大小和卓狼狽逃到巴達克山境內，當地首領將大小和卓兄弟捉殺后把尸首交給清朝。至此，平定大小和卓叛亂取得最后勝利。