孫中山通電全國(guó)主張擇地另開國(guó)會(huì)，重新組織臨時(shí)政府。國(guó)會(huì)議員響應(yīng)孫中山的號(hào)召，紛紛先后至滬，住在法租界愷自爾路惟善里國(guó)會(huì)議員通訊處。孫中山抵粵后，致電國(guó)會(huì)議員來粵開會(huì)。廣東各界也通電表示歡迎。至8月中旬，南下抵達(dá)廣州的議員已達(dá)一百五十余人，但仍不足法定人數(shù)。18日，孫中山在黃埔公園宴請(qǐng)國(guó)會(huì)議員，商討召開國(guó)會(huì)事宜。與會(huì)者認(rèn)為，北京政府既已毀廢約法，向護(hù)法各省用兵，中華民國(guó)名存實(shí)亡；為了對(duì)內(nèi)團(tuán)結(jié)護(hù)法各省，對(duì)外實(shí)行獨(dú)立自立的外交政策，必須在南方另行組織政府，議員人數(shù)雖不足法定，可采取法國(guó)的先例，召開非常會(huì)議。19日，南下國(guó)會(huì)議員一百余人在廣州回龍社前煙酒公賣局原址第一招待所舉行談話會(huì)，討論召開國(guó)會(huì)及組織政府問題。決議采用“國(guó)會(huì)非常會(huì)議”名稱，定于8月25日在廣州召開非常會(huì)議，并推舉呂志伊、王有蘭等七人為軍政府組織大綱起草員。隨后南下議員通電西南各省，指出：“同人等昔受國(guó)民之托，職務(wù)未終。今被國(guó)賊之驅(qū)，責(zé)任難棄。用依《約法》,自集于粵。人數(shù)未滿法定，本難遽行開會(huì)。惟念時(shí)局之危，間不容發(fā)，西南散處，意志輒殊。對(duì)外則馮、段宣戰(zhàn)，我將何以處德、奧？對(duì)內(nèi)則黃陂孤陷，我將何以設(shè)政府？凡荷重要，亟待討論，爰繹主權(quán)在民之用，師法人國(guó)變之例，特決定本月二十五日于廣州開非常會(huì)議，以謀統(tǒng)一，以圖應(yīng)變?！?sup>[1]
8月25日，國(guó)會(huì)非常會(huì)議在廣州正式開幕，國(guó)會(huì)議員一百五十余人出席。會(huì)議由原任眾議院議長(zhǎng)吳景濂主持。孫中山及廣東省長(zhǎng)朱慶瀾等到會(huì)祝賀。粵督陳炳焜僅派代表列席。29日，國(guó)會(huì)非常會(huì)議第二次會(huì)議通過《國(guó)會(huì)非常會(huì)議組織大綱》二十一條，規(guī)定國(guó)會(huì)非常會(huì)議以現(xiàn)任國(guó)會(huì)議員組織之；國(guó)會(huì)非常會(huì)議至內(nèi)亂戡定、《臨時(shí)約法》之效力完全恢復(fù)時(shí)為止；軍政府組織大綱由國(guó)會(huì)非常會(huì)議制定并宣布之。31日，國(guó)會(huì)非常會(huì)議第三次會(huì)議通過《中華民國(guó)軍政府組織大綱》,共十三條，其主要內(nèi)容如下：中華民國(guó)為戡定叛亂，恢復(fù)《臨時(shí)約法》,特組織中華民國(guó)軍政府；軍政府設(shè)大元帥一人，元帥三人，由國(guó)會(huì)非常會(huì)議分次選舉之；《臨時(shí)約法》之效力未完全恢復(fù)之前，中華民國(guó)之行政權(quán)由大元帥行之；大元帥代表中華民國(guó)；軍政府設(shè)立外交、內(nèi)政、財(cái)政、陸軍、海軍、交通六部；軍政府設(shè)都督若干員，以各省督軍贊助者任之。
顯然，這個(gè)《中華民國(guó)軍政府組織大綱》是為了適應(yīng)戡定叛亂的戰(zhàn)時(shí)需要而產(chǎn)生的。它是作為《臨時(shí)約法》的補(bǔ)充而存在的。其特點(diǎn)是把恢復(fù)《臨時(shí)約法》作為主要奮斗目標(biāo)；在《臨時(shí)約法》未恢復(fù)以前，大元帥對(duì)外代表中華民國(guó)，對(duì)內(nèi)行使中華民國(guó)行政權(quán)力；對(duì)總統(tǒng)則虛位以待。
9月1日，國(guó)會(huì)非常會(huì)議舉行大元帥選舉會(huì)，出席議員九十一人，孫中山以八十四票當(dāng)選為大元帥。翌日選舉元帥，唐繼堯得八十三票，陸榮廷得七十六票，均當(dāng)選。余一名元帥原預(yù)定為程璧光，但程派代表表示不愿居此名義，會(huì)議乃從緩議。同日下午，眾議院議長(zhǎng)吳景濂、參議院副議長(zhǎng)王正廷及國(guó)會(huì)議員數(shù)十人，乘舞鳳艦至黃埔，舉行大元帥授印儀式。吳景濂致大元帥頌詞道：“民國(guó)不造，倪、張倡逆。國(guó)會(huì)解散，大法掃地，以啟清廷復(fù)辟之變。段祺瑞與張勛，同惡相傾，迭為起滅。孱清斯覆，而大總統(tǒng)亦被廢斥。國(guó)法圮絕，民無所依。景濂等以為救拯焚溺，不可格以恒軌。用是依準(zhǔn)法國(guó)前例，開非常會(huì)議于廣州。僉謂大盜移國(guó)，非武力不能镕治，西南各省與海軍第一艦隊(duì)，兵力雄厚，士心效順。而部曲散漫，未有統(tǒng)帥，殊不足以取齊一之效。即于六年八月三十日議決軍政府組織大綱，置海陸軍大元帥一人。九月一日，投票選舉。前臨時(shí)大總統(tǒng)孫先生文，手創(chuàng)民國(guó)，內(nèi)外瞻仰，允當(dāng)斯任，即日赍致證書，登壇授受。悃忱未盡，復(fù)申是言。所愿我大元帥總輯師干，殲滅群丑，使民國(guó)危而復(fù)安，約法廢而復(fù)續(xù)，不勝鄭重期望之至?！?sup>[2]旋由王正廷代表授印。孫中山致答詞說：“文以不德，忝為共和先導(dǎo)。民國(guó)成立，六年于茲，而梟雄畔換，頻煩不已，文不能救，自念無以對(duì)我邦人兄弟。今者叛督倡亂，權(quán)奸竊柄，國(guó)會(huì)解散，元首遷廢。此誠(chéng)勇夫志士發(fā)憤倡義之時(shí)也。而遷延數(shù)月，大兵未舉，政府未立，內(nèi)無以攘寇亂，外不足以示友邦。文以國(guó)會(huì)諸君不釋之故，不得不統(tǒng)攝軍政。任職以后，唯當(dāng)竭股肱之力，攘除奸兇，恢復(fù)《約法》,以竟元年未盡之責(zé)，雪數(shù)歲無功之恥。責(zé)任在躬，不敢有貳，諸所舉措，亦唯國(guó)會(huì)諸君實(shí)匡逮之。”^[3]
9月10日，孫中山在廣州就任海陸軍大元帥，發(fā)表就職宣言，痛斥北京政府“權(quán)奸當(dāng)?shù)馈?禍亂中華，“侵約法宣戰(zhàn)媾和之權(quán)，辱國(guó)會(huì)神圣立法之地”;“嗾賊興戎，以肇解散國(guó)會(huì)之禍”,張勛應(yīng)機(jī)復(fù)辟，“民國(guó)根本，掃地?zé)o余”。宣言指出：“猶幸共和大義，浹于人心，舉國(guó)同聲，誓殲元惡”。“所賴海軍守正，南紀(jì)扶義，知民權(quán)之不可泯沒，元首之不可棄遺，奸回篡竊之不可無對(duì)抗，國(guó)際交涉之不可無代表也?！庇谑钦匍_國(guó)會(huì)，“以文為海陸軍大元帥，責(zé)以戡定內(nèi)亂，恢復(fù)約法，奉迎元首之事”。孫中山最后表示：因?yàn)樯砼c共和死生相系，“艱難之際，不敢以謙讓自潔，即于六年九月十日就職。冀二三君子同德協(xié)力，共赴大義。文雖駑鈍，猶當(dāng)荷戈援桴，為士卒先，與天下共擊破壞共和者！”^[4]
經(jīng)孫中山提議、國(guó)會(huì)非常會(huì)議通過，任命軍政府各部總長(zhǎng)名單如下：
　　外交總長(zhǎng)　伍廷芳　　次長(zhǎng)　王正廷
　　財(cái)政總長(zhǎng)　唐紹儀
　　陸軍總長(zhǎng)　張開儒
　　海軍總長(zhǎng)　程璧光
　　內(nèi)政總長(zhǎng)　孫洪伊　　次長(zhǎng)　居正
　　交通總長(zhǎng)　胡漢民
除各部總長(zhǎng)外，軍政府還任命若干軍政長(zhǎng)官：
　　軍政府秘書長(zhǎng)章太炎
　　軍政府總參謀長(zhǎng)李烈鈞
　　軍政府海軍總司令林葆懌
　　大元帥府親軍總司令李福林
　　大元帥府參軍長(zhǎng)許崇智
　　軍政府第一軍總司令陳炯明
　　大元帥高等顧問吳景濂
　　川滇勞軍使　王　湘
　　湖南勞軍使　林祖涵
從上述各部及各部門任命的人員看來，軍政府是由國(guó)民黨、海軍及駐粵滇軍組成的聯(lián)合政府。由于兩廣巡閱使陸榮廷一開始就采取“虛與委蛇”的消極態(tài)度，桂系沒有參加政府工作，這就決定了軍政府將是個(gè)短命的政府。