善后會議在直奉戰(zhàn)后國內政治軍事力量暫時出現(xiàn)“均勢”的形勢下召開，所標榜的目的為解決時局糾紛，謀求國內和平統(tǒng)一，并為國民代表會議召開作準備。然而，善后會議的人員構成及段祺瑞政府宣示的由善后會議制定國民代表會議組織條例的做法，激起國民黨方面抵制，使善后會議尚未召開便蒙上一層陰影。另外，參加會議的地方實力派懷抱的目的也各不相同，順其意則設法維持，拂其意則竭力拆臺。這樣，開幕伊始，會議便已遭遇重重暗礁，不用說通過會議解決直奉戰(zhàn)爭善后問題，就是善后會議能否自善其后，也開始讓當事人懷疑^[1]。
善后會議面臨的第一個難題，是如何停止國內軍事行動。會議既以謀求和平統(tǒng)一為目的，因而結束國內軍事行動成為會議成功召開的前提。為建立這一前提，會議開幕后的第一次談話會，與會代表便向段祺瑞提出通電全國停止軍事行動的意見書^[2]。
當時國內已經發(fā)生戰(zhàn)事或正在準備軍事行動的計有浙江、河南和江西等處。浙江方面的戰(zhàn)事系張宗昌奉張作霖及盧永祥之命，入滬“辦理肅清潰軍及上海善后事宜”,與齊燮元發(fā)生沖突所引起；河南方面的沖突系胡景翼前往“駐防”與憨玉琨不愿回陜所引起；江西方面則因方本仁抵制廣東的北伐所致。段祺瑞政府接到善后會議代表意見書之后，即發(fā)出通電，要求所有各方停止一切軍事行動，并派員前往浙江、河南等地調解。浙江方面的沖突，嗣因張作霖暫時不準備在東南用兵，加之駐上海外交團的干預，很快達成妥協(xié)。江西方面的沖突，因孫中山去世，國民黨亟須解決自身面臨的問題，不得不暫時中止北伐而化解。這樣，真正在軍事上成為善后會議“暗礁”的，只是河南的胡、憨之爭。
還在善后會議即將開幕之時，因胡、憨相爭，河南便已戰(zhàn)云密布^[3]。其所以致此，與陜西督軍劉鎮(zhèn)華不無關系。蓋豫省自吳佩孚下野入山之后，群雄逐鹿，各自為王，陷于紛亂狀態(tài)。劉鎮(zhèn)華恃其實力，為拓展地盤計，派遣憨玉琨、張治功兩部入豫，收拾局面。并致電段政府，報告憨軍克服鄭州、洛陽情形。及段政府特令胡景翼、孫岳辦理河南軍務善后，不惟憨氏自恃“克服”豫西有功，不肯相讓，即劉鎮(zhèn)華方面，亦以曾奉政府密令討伐吳氏，主張豫西防地應由陜軍駐守。由此形成胡、憨相持之局面^[4]。
段政府為平息事端，曾嚴令胡、憨兩軍各守原防，但未生效。2月22日，雙方終于爆發(fā)戰(zhàn)爭。當時，雙方各有軍隊數萬人，雖然戰(zhàn)場在豫西，卻有牽動全局之虞。段祺瑞急派孫岳前往戰(zhàn)地調停。與此同時，馮玉祥、閻錫山等也通電調停，勸告胡、憨雙方停戰(zhàn)議和。在滎陽激戰(zhàn)之后，孫岳艱難地將雙方聚集在偃師舉行和談。但因劉鎮(zhèn)華支持憨玉琨繼續(xù)與胡景翼對抗，調停失敗^[5]。此次調停，孫岳在段政府支持下，既利用了與胡、憨雙方的私人關系，又采取了武裝調停手段，甚至派出飛機前往戰(zhàn)地向雙方散發(fā)傳單^[6],均未著成效。直到胡軍攻入洛陽，憨軍失利退出豫西，河南的緊張局勢才趨于緩和。
由于河南戰(zhàn)爭發(fā)生在善后會議開會期間，故頗為各方關注，成為檢驗善后會議能否“善”時局之“后”的試金石。3月10日召開第六次大會時，會員任可澄便對會議的作用表示懷疑。認為會議本為解決時局糾紛而召開，故開會伊始，即有息爭休戰(zhàn)之通電，“乃會議甫開，戰(zhàn)事于起，荏苒既已經旬，各方殊無悔禍之意，執(zhí)政府亦不聞有制止之方。似此矛盾情形，會議寧非虛設”?因而建議休會一周，以促各方反省。大會休會后于3月18日召開第二次談話會，會員再次呼吁，“應設法使各戰(zhàn)區(qū)之軍事行動，一律停止”。若這種“與會議宗旨完全相背”的狀況繼續(xù)存在，則會議將沒有價值^[7]。
善后會議面臨的另一困難為廢督裁兵問題。作為一種政治主張，“廢督裁兵”至遲在1920年便已被關心時政的人士提出。善后會議召開后，國人似乎看到了實施這一主張的曙光，再次提出“廢督裁兵”。1925年2月27日，蘇皖宣撫使盧永祥發(fā)出廢督之“感”電，并主張首先在蘇省實施。盧永祥的通電發(fā)出后，很快在善后會議激起反響。在3月3日召開的第五次大會上，嚴端臨時動議，由善后會議致電盧氏，表示贊同。并請執(zhí)政府即日實行廢督，以收束軍事^[8]。
3月13日，會員熊希齡正式提出廢督裁兵案，主張先從江蘇入手，廢除督軍，并由中央設立元帥府，以安置釋去兵權的督軍^[9]。然而，要將廢督裁兵主張付諸實施并非易事。陸軍次長賈德耀解釋不能照即辦理的原因時說，廢督裁兵，“茲事體大，非簡單方法所能決，又非一二人同意，即能辦理”^[10]。后以廢督裁兵屬于軍事性質，遂將熊希齡的議案并入軍事大綱案和軍事整理委員會條例草案，一并討論。但最后議定的《軍事善后委員會條例》僅規(guī)定委員會具有議決“縮減軍隊”、安置“溢額官兵”等權力，并未就廢督裁兵作出相應規(guī)定，實則熊案已消匿于無形^[11]。廢督裁兵的主張未被采納，表明段祺瑞政府沒有能力消除軍閥禍亂，而善后會議“善”時局之“后”的能力，也因之受到懷疑。
此外，善后會議還面臨如何確定“專門委員”權限的難題。善后會議即將召開時，孫中山提議會議應有各法團代表參加。段祺瑞不便反對，但又不愿改變已經擬訂的《善后會議條例》,遂聘請各省議會議長、教育會會長、農會會長、商會會長為“專門委員”。其職權為審查善后會議所交議案，并得出席報告及陳述意見，沒有表決權^[12]。
然而，段祺瑞政府所定專門委員的聘任方式及職權范圍從一開始就遭到各方批評。批評者認為，善后會議具有國民代表會議預備會性質，將為國民代表會議制定組織條例，若善后會議專門委員具有“欽定”色彩，則會議將難以反映民意，也就沒有資格制定國民代表會議組織條例；故反對專門委員由政府指定，要求工會、學生會等團體也有代表與會。另外，批評者認為，專門委員沒有提案權和表決權，則其與會只具象征意義，而無實際價值，故開會之后，爭取專門委員的提案權與表決權便成了輿論關注的一大焦點。關于接納工會與學生會代表為專門委員的問題，段政府以其尚未成為正式“法團”為由，加以拒絕，而專門委員的提案權與表決權問題則迭起風波。
先是與會專門委員歐陽振聲等致函段祺瑞，請求以會員資格加入善后會議，取得提案權與表決權。段隨即將該函咨送善后會議議決。會議經討論表示不反對法團代表成為會員，但仍請段氏自作決定，實際上是將難題送還段氏。3月21日，執(zhí)政府召集趙爾巽、湯漪、許世英、林長民、屈映光、陳宧及各閣員開會，討論此事。由于“政府之意，始終不以法團加入為然”,加之會議已開月余，中途修改條例，殊為困難，故決定拒絕法團代表成為正式會員取得提案權與表決權的要求，并對之進行疏通^[13]。但法團代表態(tài)度堅決，表示非加入會議取得提案權與表決權不可^[14]。
這就使段政府處于進退兩難境地：同意法團請求，則后一階段的善后會議將更加難以控制；不同意其請求，則很可能招致拂逆民意的指責。最后采取敷衍辦法，即在否定法團代表修改會議條例，取得正式會員同等權利要求的前提下，允許各法團于來京代表中，推舉四人，以補充正式會員中“有特殊資望與學術經驗者”未能全部到會的缺額^[15]。由于僧多粥少，法團代表不愿接受這一決定。政府方面遂采取分化法團代表的辦法，同意法團中省議會代表的要求，作出省議會議長為擬議中的臨時參政院當然成員之規(guī)定，使之獨得其利。結果導致法團內部的爭執(zhí)，執(zhí)政府漁翁得利，勉強渡過難關^[16]。
善后會議遭遇困難的主要原因在于實力派從中作梗。例如軍事議案，依段祺瑞之意，系以《收束軍事大綱案》為整理軍事之標準，但奉天代表極力反對段擬訂的辦法，甚至全體不出席，以為抵制，致使會議兩次流會。后經顧鰲提出折衷辦法，將《收束軍事大綱案》并入軍事委員會條例，而將軍事整理委員會之“整理”一詞，改為“善后”,示以不必馬上對軍事問題作實質性改動，以遷就奉方?！胺罘酱硪驌噪姼娣顝?，張復電認為可行，命代表即日出席，故該條例案之十六條條文得以通過。而其軍隊應如何裁汰，以及軍額軍費，等等，究應規(guī)定若干，則毫無下文。與段執(zhí)政當初提案之原意，大相違背”^[17]。
善后會議既面臨如此多的困難，主持者自不敢對會議抱過高期望。湯漪曾表示，對會議收到的五項主要的提案，只希望其中的軍事、財政、國民會議條例三項能通過。然而在政府人士心中，就是這三項議案能否順利通過，亦沒有把握。故曾提出最低限度的設想，“即于延期二十日內無論如何須將國民會議組織條例通過”,將通過三項議案的目標縮減為一項^[18]。段祺瑞在會議彌月之際，面對提交各案無一議決的局勢，不得不知難而退，將中央政府提交的議案，除正待集議者外，全部撤回^[19]。
后經王揖唐、屈映光等多方疏通，奉天方面與政府派就軍事整理案達成妥協(xié)，善后會議才出現(xiàn)轉機。4月14日召開第十七次大會之后，出現(xiàn)了段、張聯(lián)合控制會議以對付西南聯(lián)治派的局面。從這一天起，善后會議先后通過了湯漪所說的三個主要議案。4月21日，善后會議結束議程，正式宣告閉幕。這樣，備受時人關注的善后會議能否自善其后的問題，總算有了一個可令段祺瑞政府釋懷的結局^[20]。
善后會議是第二次直奉戰(zhàn)爭之后段祺瑞政府實施和平統(tǒng)一的一次重要嘗試，也是段氏整合北洋勢力，以便建立權勢中心地位的一次努力。對于善后會議，時人褒貶不一，從會議召開之日起，就形成了各種不同的認識評價。這與評論者的立場不無關系。一般而言，政府派人士對善后會議多褒揚，非政府派人士則多貶斥，而以反政府派人士為甚。
龔心湛在為費保彥《善后會議史》作序時稱，善后會議將天下之大興大革，悉付之輿論，深得民為邦本之義。會議五旬，議決眾多議案?！白杂写h制以來，未有若是之迅疾詳慎者也”。葉恭綽稱，善后會議，與民更始，“一時海內賢達之士，靡然向風，相與挾策，來會茲土，閱時凡五十日，而內政改造之方，國家大法之的，罔不具備。雖其間論見不無異同，大抵出乎探討之意，謀國之誠，非徒向之借邀功利者可比也”。田中玉稱，善后會議旨在“結束十四年來爭法之囂拏，復以國憲之成，責之行將召開之國民會議。所以繼往開來，致我國于升平之域，開后世專法之基，固莫善于此也”^[21]。
與龔、葉、王等“政府派”人士的認識及評價相反，非政府派和反政府派人士則對會議展開了猛烈抨擊。批評意見主要集中在以下幾個方面：一是代表系由執(zhí)政府指定，具有“御用”性質；二是善后會議不是國民會議的預備會，卻要越俎代庖，制定國民會議組織法；三是違反民主制憲的原則，將憲法起草權交與由各省軍民長官推舉之人組成的憲法起草委員會；四是所通過的議案對各方沒有約束力，因而無法實施；五是派系之爭激烈，致使會議難以自善其后。
平心而論，在直奉戰(zhàn)爭結束，國家百廢待舉的形勢下，段祺瑞政府召開善后會議，圖謀和平統(tǒng)一，應為順應時勢之舉。作為武力統(tǒng)一的對立物，以會議的方式謀求國家統(tǒng)一，反映了當時多數國民及政治家的愿望。當時批評善后會議最主要的理由是，善后會議已經成為段祺瑞政府抵制國民會議的一種手段。其實國民會議在當時只是一種政治理念，是一種待證的假設，與善后會議一樣，其可行性尚需政治實踐來證明。因而即便段祺瑞有抵制國民會議的主觀意圖，也不能簡單的以后者來否定前者。作為一種改革現(xiàn)實政治的嘗試，無論善后會議結果如何，均具有意義。事實上，也只有通過嘗試，國家政治的發(fā)展路徑才能逐漸確定。孫中山應邀北上，各方面人士的積極參與，都是抱著對和平統(tǒng)一的一線希望所作的積極的政治“嘗試”。
從會議的過程及會后中國政治的實際來看，段祺瑞并沒有達到預定的政治目標。1925年9月，浙奉戰(zhàn)爭爆發(fā)，宣告段氏和平統(tǒng)一政治努力的失敗。但這樣的結論只有通過實踐才能得出，難以未卜先知。對會議能否產生積極建設性成果一開始就持懷疑態(tài)度卻應聘成為“特聘會員”的胡適，就是通過“嘗試”,看到善后會議并不能制止國內戰(zhàn)爭之后，才獲得“此路不通”的認知，表示不愿意繼續(xù)出席善后會議的。他在《割據》一文中寫道：“今日善后會議至少也應該有全國停戰(zhàn)的條件作開會的基礎，若各方的爭執(zhí)仍須靠武力來解決，則是各方參加善后會議為毫無誠意?！舯緯h不能作局部軍人爭執(zhí)的仲裁機關，更有何面目高談全國的軍事善后？所以我們主張，當此戰(zhàn)禍重開之時，善后會議應該停止開會。若在戰(zhàn)事中繼續(xù)開會，我們只好不出席了?！?sup>[22]胡適與會時所抱“嘗試”想法以及“嘗試”之后感受的失望，是當時社會心理較為典型的反映。