段祺瑞在組織新內閣的同時，即著手安排地方軍政長官，首先是省一級。對此，段祺瑞是按軍事實力來進行分配的。當時，全國有三種不同性質的武裝力量：一、北洋軍(包括依附于北洋集團的張作霖、閻錫山等地方軍閥)。這一部分武裝力量擁有眾多軍隊，并占據(jù)了東北、華北、西北、華中、華東大部(當時北洋軍尚未占領浙江)和華南一部(福建及海南島)。二、進步黨和西南實力派的武裝力量。它們占有云南、貴州、廣西、四川四省，以及廣東絕大部分地區(qū)和湖南部分地區(qū)。三、國民黨的武裝力量。在護國戰(zhàn)爭中，李烈鈞領導護國軍第二軍(滇軍兩師組成),經(jīng)貴州、廣西進入廣東，當時駐在韶關一帶；程潛組織的護國軍(共三旅),占據(jù)了湘西，7月初驅逐湯薌銘，控制了長沙^[1];居正領導的中華革命軍東北軍(共二師一混成旅),占據(jù)了山東濰縣一帶^[2]。
上述三種力量，當然是以北洋派實力最為雄厚，占絕對優(yōu)勢；其次，西南實力派經(jīng)營已久，也有一定的兵力；國民黨及其軍隊則比較渙散，根基也不牢固。特別是山東中華革命軍東北軍，由于孫中山在袁世凱死后，即力主解散武裝，“息紛爭，事建設”,已處在收束階段^[3]。
段祺瑞之所以急于確定各省軍政長官，是打算穩(wěn)定北洋派，瓦解西南護國陣營，加強對地方的控制，實現(xiàn)北洋政權下的“統(tǒng)一”。
7月6日，北京政府重新任命了全國各省軍政長官。因軍務院多次要求廢除有帝制色彩的將軍、巡按使名稱，改稱都督、民政長，北京政府遂采取妥協(xié)的做法，將都督、將軍、民政長、巡按使等名稱都予廢除，各省督理軍務長官改稱督軍，民政長改稱省長。其他職權機關，則“暫仍其舊”^[4]。各省軍政長官的名稱雖然變了，但實際內容并沒有多少改變。北洋派控制的各省督軍幾乎是袁世凱在世時的原班人馬。其名單如下：奉天督軍兼省長張作霖，吉林督軍孟恩遠、省長郭宗熙，黑龍江省長畢桂芳兼督軍，山東督軍張懷芝、省長孫發(fā)緒，河南督軍趙倜、省長田文烈，山西督軍閻錫山、省長沈銘昌，江蘇督軍馮國璋、省長齊耀琳，安徽督軍張勛、省長倪嗣沖，江西督軍李純、省長戚揚，福建督軍李厚基、省長胡瑞霖，湖北督軍王占元、省長范守佑，直隸省長兼督軍朱家寶，新疆省長兼督軍楊增新，甘肅省長兼督軍張廣建，陜西督軍兼省長陳樹藩^[5]。上述除陜西督軍陳樹藩是袁世凱死后由段祺瑞任命的外，其余十三省新任命的督軍就是原來本省的將軍。為了達到既能安撫西南實力派和進步黨，又不影響日后時機成熟時“統(tǒng)一”南方的雙重目的，段祺瑞在安排南方獨立各省的督軍問題上用了很大心機。7月6日北京政府的命令中，南方獨立各省除云南督軍唐繼堯和貴州督軍劉顯世為原來的本省將軍外，其他督軍、省長均換了人^[6]。
對地方政權的分配，進步黨人本來是抱著很大期望的。如前所述，梁啟超等熱烈擁段，其目的除與國民黨人對抗外，還有以此換取段的支持，在西南取得一兩省地盤的意圖。
在段祺瑞著手安排各省軍政長官之前，梁啟超即開始運動段，要他多起用進步黨人擔任西南地區(qū)各省的軍政長官。7月3日，梁致電范源濂說：“亮儕(籍忠寅)、印昆(周印昆)、孝懷(周善培)、佛蘇(徐佛蘇)、幼蘇(陳廷策)等皆巡按妙選，得間不妨切實推轂。最好令黎、段訪才于我西南數(shù)省；軍民長官之調動，事前先與我商，必較妥洽。循若(戴戡)必須有位置?！?sup>[7]但是，段祺瑞沒有滿足進步黨人的要求，僅任命戴戡一人為貴州省長。而進步黨人最為屬意的是湖南。戴本人為避免與接近進步黨的劉顯世沖突，也不愿任貴州省職。10日，梁啟超親自出面致電段祺瑞說：戴戡“才具開展而醇潔穩(wěn)健，實當代有數(shù)人才，不宜棄置，能量移他省最善”^[8]。13日，梁又電當時已在北京的籍忠寅，要他出面運動黎元洪、段祺瑞將戴戡改任湖南省長，電報說：“循(戴戡)長黔，實不宜。陳(宧)既不能入湘，干(陸榮廷)又不能久，惟以循任湘省長，迅速到任，俾陸以湘委之而自解粵紛，則兩局皆略定耳?！?sup>[9]同日，他并電請陸榮廷也向黎元洪、段祺瑞推薦戴戡^[10]。但是，段祺瑞在這一問題上根本沒有理會進步黨人。16日，北京政府任命劉人熙暫代湘督，作為緩和國民黨人反對陳宧的臨時措施^[11]。20日，蔡鍔向梁啟超表示，愿意回家鄉(xiāng)湖南任職，以便養(yǎng)病。梁接電后認為這也是插手湖南的好借口，立即電請熊希齡運動段祺瑞實行^[12]。但是，梁的這個計劃也被段擱置不用。很明顯，湖南是南北軍事要道，如果蔡鍔在湘，湖南就可能成為南方的屏障，對以后北洋軍南下不利。段內心還是要北洋派一統(tǒng)天下的。后來段選中文人出身且當時在湘軍中尚無很大實力的譚延闿暫代湘督，顯然也是另有打算的。段還一度策劃任命戴戡為湖南查辦使，調解湖南地方勢力與北洋軍的矛盾，實際上是要進步黨人為北洋派火中取栗。梁啟超雖然曾經(jīng)極力為戴戡爭湖南省長一職，但此時湖南形勢已變，戴前往查辦“必無效果”,只能與各方“徒生惡感”,只得又為戴力辭此職。
梁啟超對北京政府僅任命蔡鍔為四川督軍而未予戴戡以湘省省長極為不滿。他向同黨大發(fā)牢騷說：“我輩為大局如此盡力，若結果為彼，真短氣！”^[13]
從7月6日對全國各省軍政長官的任命看，段祺瑞似乎在浙江、四川、廣東等省的問題上對進步黨人和西南實力派做了些讓步。但如仔細分析，就可以看出，這些妥協(xié)大都是在軍事形勢不利的情況下被迫做出的。浙江、廣東就是這種情況。(四川問題，留待后述)
1916年4月，袁世凱在浙江的走卒朱瑞和屈映光先后被浙江軍民趕走。5月6日，呂公望被推舉為浙江都督，宣布獨立，并按照西南軍政府綱領，組織浙江護國軍政府。段祺瑞對于浙江脫離北洋集團的束縛當然是不甘心的，但在袁世凱死后南北妥協(xié)的形勢下，又不愿因浙江而影響大局。況且浙江在北洋勢力包圍之中，打入的機會很多。因此，段在安排各省軍政長官時承認了浙江的現(xiàn)狀，任命呂公望為浙江督軍兼省長。
對廣東，段祺瑞的方針是竭盡全力支持龍濟光任督軍，但由于各方激烈反對而未能達到目的。龍在袁世凱死后第三天，即宣布廣東取消獨立。當時李烈鈞率滇軍至粵北，擬假道韶關進入江西，但駐在韶關的龍濟光的振武軍，緊閉城門，不準滇軍通過，并在韶關城上架炮轟擊滇軍，引起戰(zhàn)爭。振武軍和滇軍發(fā)生沖突后，龍濟光即向段祺瑞乞援。段電令江西將軍李純將北洋軍集結于贛南，準備出擊李烈鈞。但北洋軍尚未動作，振武軍已被滇軍擊敗。陸榮廷又令桂軍乘勢由西路攻入三水，將龍濟光困在廣州。這時，如果北洋軍入粵，就意味著一場新的南北戰(zhàn)爭。段祺瑞權衡局勢，感到在政治上、軍事上均無把握，只好暫退一步。7月6日，北京政府任命陸榮廷為廣東督軍，朱慶瀾為廣東省長，龍濟光調任兩廣礦務督辦。但是，段祺瑞同時又以陸榮廷本人尚在湖南為借口，令陸暫署湖南督軍；在陸未到廣州以前，仍以龍濟光暫署廣東督軍。對與振武軍開仗的滇軍領導人李烈鈞，段則未予任何位置，僅令其“來京聽候任用”^[14]。從北京政府處置廣東的命令來看，段祺瑞仍在拖延時間，力爭保留龍濟光廣東督軍的地位。但是，包括梁啟超進步黨人在內的南方各派，都對龍銜恨已久，堅決反對龍繼續(xù)督粵。陸榮廷也沒有理睬北京政府暫行署理湘督的命令，而于7月10日返回廣西。8月下旬，陸率兵入粵，以武力逼迫龍濟光交卸。龍在桂滇大軍的壓力下，被迫放棄廣州。
對南北用兵必爭之地的湖南，段祺瑞本是意在必奪的。但是，7月4日晚，北洋派的走卒湯薌銘在湖南護國軍逼迫下逃出長沙，打亂了段的計劃。段一時難以調兵遣將，便匆忙任命從四川逃到鄂西的陳宧為湖南督軍兼省長。這一任命遭到南方各省特別是湖南軍民的強烈反對。7月6日，程潛率軍進入長沙后，與曾繼梧、趙恒惕等湘軍將領及各界代表協(xié)議，于7日舉劉人熙為湖南臨時都督。劉人熙，字艮生，湖南瀏陽人，曾任廣西道臺，與陸榮廷有交。程潛等想通過他取得桂軍的援助。陸雖不是樂為老朋友捧場的古道熱腸之士，但湖南為兩廣門戶，如落入北洋軍手中，就會危及兩廣。從自身安全考慮，陸表示支持湖南抵制陳宧督湘。國民黨人和部分湘軍將領都歡迎剛由日本回國的黃興出任湘督。7月14日，程潛、曾繼梧、陳復初、趙恒惕和龍璋、覃振等聯(lián)名致電黎元洪、段祺瑞，要求任命黃興為湘督，“以資鎮(zhèn)攝”^[15]。但黃興力辭不就，推薦譚延闿或蔡鍔出任此職。最后，段祺瑞任命譚延闿為湘督，其用心已如前述。
段祺瑞在地方政權的分配上，對國民黨人顯然持排斥態(tài)度。他不僅排斥孫中山和中華革命黨，也排斥國民黨穩(wěn)健派。護國軍共三軍，一軍司令蔡鍔、三軍司令唐繼堯分別被授為川督、滇都，獨二軍司令李烈鈞無所授受。其他籍隸國民黨的護國軍統(tǒng)兵大將如熊克武、方聲濤等，也遭排擠。軍務院“運籌決策”的“主干人物”李根源，雖被任命為陜西省長，但命令發(fā)表后，卻由于陜西督軍陳樹藩的阻撓而不能到任。直至次年2月，在總統(tǒng)黎元洪的支持下，李才到陜西做了不到半年的省長。