清朝建立之初，害怕明末漢人的民族思想影響其統(tǒng)治地位，故對書院采取抑止的態(tài)度，順治就曾明令“不許別創(chuàng)書院”。雍正四年(1726年)江西巡撫裴度請選派一名到白鹿洞書院掌教，經(jīng)部議不準。后來看到理學大臣張伯行在福建、山東、江蘇等省所建書院，傳授程朱理學，并教習八股文以應科舉，有利于清王朝的統(tǒng)治。而且此時明末清初的大學者都已去世，雍正十一年(1733年)命各省建立書院，并各給1000兩銀子做創(chuàng)辦經(jīng)費，其后或由士紳捐資，或由地方撥款在各府、州、縣也相繼創(chuàng)建書院。乾隆二年(1737年)又下“諭旨”說，書院是古侯國之學，于是書院就取得了省立“大學”的地位。清朝絕大多數(shù)的書院成了科舉考試為中心的預備學校。但在乾隆、嘉慶之際，在部分規(guī)模較大的書院，在文學家及經(jīng)學家的提倡下，以考證訓詁為特征的樸學(亦稱漢學)興起，他們以此為主講內容。如錢大昕在鐘山書院，教生徒以通經(jīng)讀史為先，所著《廿二史考異》就在此完成，后盧文主講鐘山，精于?？保瓿伞剁娚皆洝分?。后又有姚鼐于鐘山主講，以古文義法教弟子，知名學者不少，號桐城派。又如阮元督學浙江時，創(chuàng)建詁經(jīng)精舍于杭州，巡撫廣東時，又建學海堂書院于秀山，學習完全以經(jīng)史為主，廢掉了科舉考試之制，尤其是注意嚴選學生和因材施教，重證據(jù)、重考證。他所刊刻的《詁經(jīng)精舍集》和《皇清經(jīng)解》180余種，就是以考證方法研究經(jīng)史方面所做出的貢獻。