南京臨時政府成立時，正值戰(zhàn)爭時期，新舊交替，各處學校大都停辦，教育部初成立時只有三個人：蔡元培、蔣維喬和一個會計，而且沒有公署，只好暫借江蘇都督府內務司樓上三間空房辦公。在這樣困難的條件下，教育部采取了一些必要措施，改進教育制度，革新教育內容，促使各級學校陸續(xù)開學，奠定了民國時期學校教育的基礎。
首先，教育部于一月份頒發(fā)了《普通教育暫行辦法》十四條，要求“從前各項學堂均改稱學校。監(jiān)督、堂長，應一律改稱校長”;“凡各種教科書，務合乎共和民國宗旨，清學部頒行之教科書，一律禁用”;“凡民間通行之教科書，其中如有尊崇滿清朝廷，及舊時官制、軍制等課程并避諱抬頭字樣，應由各該書局，自行修改，呈送樣本于本部，及本省民政司、教育總會存查”;“小學讀經科一律廢止”;“舊時獎勵出身，一律廢止；初、高等小學畢業(yè)者，稱初、高等小學畢業(yè)生；中學校、師范學校畢業(yè)者，稱中學校、師范學校畢業(yè)生”^[1]。
與《普通教育暫行辦法》頒發(fā)的同時，又頒發(fā)了《普通教育暫行課程標準》十一條，規(guī)定了小學、中學、師范學校各種暫行課程表，著各校遵行。如“初等小學校之學科目，為修身、國文、算術、游戲、體操”;“師范學校(即舊制之初級師范學堂)之學科目，為修身、教育、國文、外國語、歷史、地理、數學、博物、理化、法制、經濟、習字、圖畫、手工、音樂、體操。女子加家政、裁縫。視地方情形得加設農工商業(yè)之一科目?！?sup>[2]
臨時政府對高等教育的改革也予以關注。繼頒發(fā)普通教育暫行辦法和課程標準后，它又電告各省說：“本部高等以上各學校規(guī)程，尚未頒布，各地方高等以上學校，應令暫照舊章辦理。惟《大清會典》、《大清律例》、《皇朝掌故》、《國朝事實》及其他有礙民國精神及非各學校應授之科目，宜一律廢止。此外關于前清御批等書，一律禁止濫用?！?sup>[3]
臨時政府不僅重視學校課程的改革，而且抓緊各級學校的及時開學，以免影響學生學業(yè)。在上述《普通教育暫行辦法》中已規(guī)定：“各州縣小學校應于元年三月初四日(陰歷壬子年正月十六日)一律開學，中學校、初級師范學校視地方財力亦以能開學為主?！比鲁?，教育部又通告各省速令高等專門學校開學。接著，孫中山又以大總統(tǒng)名義令教育部通告各省將已設之優(yōu)級初級師范一并開學，令中說：“教育主義，首貴普及，作人之道，尤重童蒙，中小學校之急應開辦，當視高等專門為尤要。顧欲興辦中小學校，非養(yǎng)成多數教員不可，欲養(yǎng)成多數中小學教員，非多設初級優(yōu)級師范學校不可。雖一時權宜與永久強制自殊，而統(tǒng)籌全面亦不可顧此失彼。此時注重師范，既能消納中學以上之學生，復可隱植將來教育之根本，是真當務之急者。為此令仰該部迅即妥籌辦法，通告各省，將已設之優(yōu)級初級學校一并開學，其中小學校仍不可聽其停閉，速籌開辦，是為至要?！?sup>[4]
除教育部主管的普通學校教育外，臨時政府的其他部，有的也計劃辦理培養(yǎng)干部的學校。如陸軍部擬辦理陸軍軍官學校^[5];內務部開辦有警務學校^[6],等等。
在學校教育中，婦女地位也有了改善。教育部公布的章程中，小學可以男女同校，同時，各種獨立的女學校也更多地出現了。如南京光復軍女子隊在民國建立后便改組為復心女子學校，并由陸軍部支援開辦費一千元^[7]。再如，對曾經“盡力民國”,而現又“熱心向學，擬赴外洋”的女學生，臨時政府也加以支持。1912年3月14日，陸軍部便一次批給尹銳志等女生“各一千五百元，以備三年學費”^[8],等等。從各級各種女學校之開辦，略可看出辛亥后女權之解放了。
上海中國公學為具有愛國主義傳統(tǒng)的著名學校，蔡元培、黃興、宋教仁等皆為該校理事。辛亥事起，師生多半從軍，校舍亦為吳淞民軍所借住，各省公攤之經費也落空，因此，公學陷于停辦。民國成立，臨時政府即積極恢復該校，并批準以前清上海道抵押之源豐潤等錢號的財產，移作公學經費^[9]。
由于南京臨時政府采取了以上各項改革措施，使新式的學校教育迅速地恢復并有所發(fā)展。1912年，全國學校數達到87,272所，學生數達到2,933,387人。其中包括初級學校86,318所，中級學校832所，高級學校122所^[10]。
關于臨時政府的教育方針，蔡元培在《對于新教育之意見》一文中提出了五個方面，即軍國民教育、實利主義教育、公民道德教育、世界觀教育、美感教育。這五項雖然屬于蔡元培的個人主張，但民國以后的教育界，莫不受其影響。茲逐項加以解說^[11]。
關于“軍國民教育”。軍國民教育在清末已經成為一種有力的教育思潮，蔡元培認為潮流所趨，難于改變，所以采納此種主張，但并不認為此種教育有永久的價值。他說：“夫軍國民教育者，與社會主義僢馳，在他國已有道消之兆，然在我國則強鄰逼處，亟圖自衛(wèi)，而歷年喪失之國權，非憑借武力，勢難恢復，且軍人革命以后，不保無軍人執(zhí)政之一時期，非行舉國皆兵之制，將使軍人社會永為全國中特別之階級，而無以平均其勢力。”
關于“實利主義教育”。封建的教育脫離社會生活實際，培養(yǎng)出來的人，沒有謀生的技能。實利主義教育在于改革這種弊端，使受教育者獲得謀生的知識與技能。他說：“以人民生計為普通教育之中堅，其主張最力者，至以普通學術悉寓于樹藝、烹飪、裁縫及金木土工之中。此其說創(chuàng)于美洲，而近亦盛行于歐陸。我國地寶分發(fā)，實業(yè)界之組織尚幼稚，人民失業(yè)者至多，而國甚貧，實利主義之教育，固亦當務為急者也?！?br>關于“公民道德教育”。蔡元培認為道德教育在于培養(yǎng)人具有自由、平等、博愛的思想。這種教育是其他教育的根本，他說：“何為公民道德？曰法蘭西之革命也，所標揭者曰自由平等親愛，道德之要旨盡于是矣。”
“世界觀教育”,目的是要打破二千年來墨守孔學的舊習。他說：“循思想自由、言論自由之公例，不以一流派之哲學、一宗門之教義梏其心，而惟時時懸一無方體、無終始之世界觀以為鵠，如是之教育，吾無以名之，名之曰世界觀教育?！?br>蔡元培認為，“美感教育”是實現教育目的手段。他說：“美感者含美麗與尊嚴而言之，介乎現象世界與實體世界之間，而為之津梁，此為康德所創(chuàng)通……教育家欲由現象世界，而引以到達于實體世界之觀念，不可不用美感之教育?！?br>蔡元培并以中國古代儒家的教育來論證他的五方面教育說：“虞之時，夔典樂而教胄子以九德，德育與美育之教育也。周官以鄉(xiāng)三物教萬民，六德六行，德育也；六藝之射御，軍國民主義也；書數，實利主義也；禮為德育，而樂為美育?！?br>他還以西方之教育來論證他的五方面教育說：“希臘人之教育為體操與美術，即軍國民主義與美育也。歐洲近世教育家，如海爾巴脫氏，純持美育主義；今日美洲之德弗伊派，則純持實利主義者也。”
他又從教育界的三育說，概括他的五育說：“軍國民主義為體育，實利主義為智育，公民道德及美育皆毗于德育，而世界觀則統(tǒng)三者而一之?！?br>蔡元培是一個資產階級自由主義教育家，他的哲學思想和教育思想，大都來源于西方，或來自德國，或來自美國，或來自其他西方各國。這些西方資產階級學說，都是以超階級的姿態(tài)出現的，蔡元培也是這樣在中國宣揚的，把資產階級教育說成是超階級教育，這當然是錯誤的。
但是，這種教育思想，在當時中國的具體條件下，卻具有反封建專制主義教育的進步作用。蔡在上文的最后說：“滿清時代，所謂欽定教育宗旨者，曰：忠君；曰：尊孔……忠君與共和政體不合，尊孔與信教自由相違……”敢于反忠君，敢于反尊孔，這種精神是難能可貴的。