在關于顧歡《夷夏論》爭論的時候，佛教方面就指出，道教修仙，要求改變形體，比如返老還童之類，甚至長生不死，這是違背老莊立言宗旨的。這表明，佛教開始進攻，開始用《老子》、《莊子》等道教的基礎理論與流行的道教修煉方法的矛盾來攻擊道教。
為了回答佛教方面的責難，顧歡說，神仙分二十七等，最高一等是“入于空寂，無為無名”。這種說法，和佛教的涅槃近似，顧歡說那些服藥煉形的，是壽考之士，不是神仙之流。這說明，道教在防御、在佛教的責難面前，一些道教人士要和長生術劃清界限了。
但魏晉南北朝時代的道教，確實特別重視長生術，貶低《老子》。陸修靜將道書分為“三洞四輔”?！叭础弊钪匾选独献印贩湃胨妮o，不入三洞，在一部分道士們那里，《老子》的地位降低了。佛教責難道教違背《老子》宗旨，是有根據(jù)的。
這一時期，道教在老子以上，又創(chuàng)造了一位最高神，叫作元始天尊。太上老君僅是元始天尊的弟子或再傳弟子。老子的地位也降低了。
但是，佛教方面不斷指責道教。北朝的另一高僧道安說，煉服金玉，服氣餐霞，企圖羽化升仙，尸解形變，這完全違背老莊的本意。這不是正道。所謂《三洞經(jīng)》,原名是《三皇經(jīng)》,鮑靖所造。鮑靖因此事被殺，后人忌諱，改稱《三洞》?！度唇?jīng)》中，都是平庸之言，絕非圣人教導。其中大量的符箓咒禁，荒誕怪異。只有老子的《道德經(jīng)》,語言樸素，道理也無華，可以崇拜；《莊子·內(nèi)篇》,也引人進入正道。此外的所謂道經(jīng)，令人無法卒讀。
北朝的道教，和北朝的儒學一樣，對漢代思想繼承較多，所以一直崇拜老子?？苤t之改革天師道，就說是老子下凡，教他改革道教。要消除張角、張道陵等人的影響，把道教引入正路。
寇謙之反對服食金丹等。他認為，要想成仙，必須積德行善，還必須有神仙接引。他說，有人煉服金丹成了仙，就認為那是金丹的效力。其實那是由于他積德、神仙接引的緣故。寇謙之對葛洪也不大佩服，因為葛洪專講金丹，不以老子為然。
大約在北朝末年，《三洞經(jīng)》傳到了北方，所以引起了道安的批評。但《三洞經(jīng)》影響很大?！段簳?釋老志》還說：“道家之原，出于老子。” 說老子“上處玉京，為神王之宗；下在紫微，為飛仙之主”。把老子作為道教的最高神靈。到《隋書·經(jīng)籍志》,就推崇元始天尊了。說元始天尊生于太元之先，稟自然之氣，天地可以歷劫損壞，但元始天尊常存不滅。太上老君，乃是元始天尊度脫的弟子之一?！端鍟返挠涊d，說明北方道教當時接受了南方道教的理論。
《隋書》同時也指出，隋煬帝大業(yè)年間，道士們講經(jīng)，都以《老子》為本，然后是《莊子》及其他著作。這說明，在三教斗爭的實踐中，道士們也逐漸明白，應把什么經(jīng)作為自己的根本。
唐代初年，佛教繼續(xù)指責道教中的符箓咒禁、煉丹服氣等等。僧人說，道士們手拿桃符，腰里拴著紅布口袋，挨街挨巷地驅(qū)鬼，一家一家地撫摩小孩，好像一個巫師，哪里是什么大道？ 在佛教的指責面前，道士們往往非常難堪。
唐太宗時，玄奘歷盡艱險，取經(jīng)載譽歸來。此后又嘔心瀝血，把取回的經(jīng)文譯成漢語，唐太宗大約覺得唐朝似乎也應向印度回報點什么，于是命令玄奘把《老子》譯成梵文，并派了道士成玄英等幫助玄奘翻譯。
成玄英等為抬高道教的地位，堅持把“道”譯為“菩提”(即“覺悟”)。玄奘說，菩提是覺，道是路，路就是人走的路。和菩提意義不同，不能譯為菩提，只能譯成“未伽”(道路)。道士爭辯說，佛陀才是覺，菩提就是道。玄奘毫不退讓地說，你們這么說，表示你們不懂梵文。不信你們?nèi)栁鞣饺?，腳走的路該譯成什么？如果不是未伽，我就是罪人。
玄奘所依據(jù)的《老子》注本，是河上公本。這本前面有個序言。道士堅持譯出，玄奘堅決不譯。玄奘說，這個序言，講叩齒咽液，像巫婆神漢那樣的喋喋不休，等同于禽獸那樣淺薄的技巧，不能翻譯。

玄奘法師像(西安興教寺玄奘碑拓本)

結(jié)果如何，現(xiàn)在不大清楚了。但流傳至今的河上公本，那個講叩齒咽液的序言是不見了。
佛教的指責，從另一面向道士表明，他們應該怎樣建立自己的宗教理論。