1912年元旦，為孫中山前往南京就職之日。上午十時(shí)，孫乘滬寧鐵路專用花車起行，同行者有南京各省代表會(huì)臨時(shí)議長(zhǎng)湯爾和、副議長(zhǎng)王寵惠和孫中山的軍事顧問(wèn)荷馬李等數(shù)十人。在上海車站送行者除陳其美等同盟會(huì)要人外，上海各軍隊(duì)均事前齊集車站持槍列隊(duì)相送，送行者還有各團(tuán)體的群眾代表，總計(jì)不下萬(wàn)余人?；疖囆煨靻⑿?，禮炮齊鳴致敬，一時(shí)歡聲震天。當(dāng)日午后五時(shí)，車抵南京下關(guān)。禮炮雷鳴，軍樂(lè)齊奏，停泊在長(zhǎng)江江面的軍艦上也傳來(lái)了二十一發(fā)隆隆的音響。在迎接者中，除各省代表外，也包括了駐南京的各外國(guó)領(lǐng)事。旋由寧省鐵路與滬寧鐵路接軌，孫等仍乘花車入城。
臨時(shí)大總統(tǒng)府設(shè)在南京城內(nèi)舊兩江總督衙門(即太平天國(guó)時(shí)的天王府)。下午6時(shí)15分，孫的專車抵總督衙門車站，即換乘馬車由車站去總統(tǒng)府。至總統(tǒng)府時(shí)，由黃興和海陸軍代表等迎接入府。當(dāng)晚十一時(shí)，孫中山舉行了大總統(tǒng)受任典禮，儀式莊嚴(yán)而樸素，參加者除各省代表外，還有駐南京各部隊(duì)團(tuán)長(zhǎng)以上和各機(jī)關(guān)科長(zhǎng)以上人員。
孫中山在典禮上宣讀誓詞說(shuō)：“顛覆滿清專制政府，鞏固中華民國(guó)，圖謀民生幸福，此國(guó)民之公意，文實(shí)遵之，以忠于國(guó)，為眾服務(wù)。至專制政府既倒，國(guó)內(nèi)無(wú)變亂，民國(guó)卓立于世界，為列邦公認(rèn)，斯時(shí)文當(dāng)解臨時(shí)大總統(tǒng)之職。謹(jǐn)以此誓于國(guó)民?！?sup>[1]他還發(fā)布了《臨時(shí)大總統(tǒng)宣言書(shū)》和《告全國(guó)同胞書(shū)》,宣言提出中華民國(guó)臨時(shí)政府的任務(wù)是：“盡掃專制之流毒，確定共和，以達(dá)革命之宗旨。”規(guī)定對(duì)內(nèi)的方針是：“民族之統(tǒng)一”、“領(lǐng)土之統(tǒng)一”、“軍政之統(tǒng)一”、“內(nèi)治之統(tǒng)一”、“財(cái)政之統(tǒng)一”。對(duì)外方針是：“滿清時(shí)代辱國(guó)之舉措，與排外之心理，務(wù)一洗而去之；持平和主義，與我友邦益增睦誼，將使中國(guó)見(jiàn)重于國(guó)際社會(huì)，且將使世界漸趨于大同?！?sup>[2]孫中山宣言畢，即接受大總統(tǒng)印，并由秘書(shū)長(zhǎng)將其蓋于宣言等文件上。
宣言發(fā)布之后，孫中山下令定國(guó)號(hào)為“中華民國(guó)”,同時(shí)改用陽(yáng)歷。改用陽(yáng)歷的決議，是在孫中山的提議下，于1911年12月31日在各省代表會(huì)議上作出的。在討論這一提議時(shí)，曾發(fā)生過(guò)爭(zhēng)論。反對(duì)改歷的代表說(shuō)：“孔子說(shuō)，用夏之時(shí)。自漢武帝時(shí)起，中國(guó)即用夏歷到現(xiàn)在，已二千年，不可輕改?！辟澇筛臍v的代表反駁說(shuō)：“孔子是殷的子孫，他反對(duì)周歷，當(dāng)時(shí)不能主張用殷歷，所以來(lái)一個(gè)用夏之時(shí)。我們始祖軒轅氏，以甲子年、甲子月朔的一天冬至為歲首，而現(xiàn)在世界所用的陽(yáng)歷，以冬至后第十天為一月一日，是與軒轅氏所定以冬至為歲首相近，不同夏歷正月初一日，要后冬至四十五天?！?sup>[3]經(jīng)過(guò)討論后，多數(shù)代表都同意改用陽(yáng)歷。
1912年1月2日，孫中山通電各省改用陽(yáng)歷，并以臨時(shí)大總統(tǒng)就職的那一天——1912年1月1日(黃帝紀(jì)元四千六百零九年，即辛亥年十一月十三日),作為中華民國(guó)建元的開(kāi)始。
關(guān)于臨時(shí)參議院的設(shè)置，各省代表會(huì)曾議決，在臨時(shí)參議院未成立前，由該會(huì)代行其職權(quán)，并選舉趙士北、馬君武為臨時(shí)正副議長(zhǎng)。
鑒于原《臨時(shí)政府組織大綱》只有大總統(tǒng)，而無(wú)副總統(tǒng)；行政各部只有外交、內(nèi)務(wù)、財(cái)政、軍務(wù)、交通五部，頗感不便，于是宋教仁以湖南代表身份提議在大總統(tǒng)外加一副總統(tǒng)，行政各部則不加限制。此提議，亦經(jīng)代表會(huì)議通過(guò)。
1月3日，代表會(huì)舉行副總統(tǒng)選舉會(huì)，黎元洪以十七票(每省一票)當(dāng)選。
孫中山出席了這次代表會(huì)，并提出中央行政設(shè)立各部及其權(quán)限案，經(jīng)議決后隨即提出國(guó)務(wù)員九人名單請(qǐng)會(huì)議審查同意。孫最初提議的名單是：
　　陸軍總長(zhǎng)　　黃　興
　　海軍總長(zhǎng)　　黃鐘瑛
　　外交總長(zhǎng)　　王寵惠
　　內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)　　宋教仁
　　財(cái)政總長(zhǎng)　　陳錦濤
　　司法總長(zhǎng)　　伍廷芳
　　教育總長(zhǎng)　　章炳麟
　　實(shí)業(yè)總長(zhǎng)　　張　謇
　　交通總長(zhǎng)　　湯壽潛^[4]
但是這個(gè)名單交付討論時(shí)，代表們對(duì)宋教仁、章炳麟多不同意。經(jīng)黃興和孫中山交換意見(jiàn)，黃提議內(nèi)務(wù)改為程德全，教育改為蔡元培，遂得到了代表會(huì)的一致同意票。接著，又委胡漢民任總統(tǒng)府秘書(shū)長(zhǎng)、黃興兼參謀總長(zhǎng)，并委任了各部的次長(zhǎng)。這樣，最后確定的南京臨時(shí)政府各部總次長(zhǎng)名單如下：
　　陸軍總長(zhǎng)　　黃　興　　次長(zhǎng)　　蔣作賓
　　海軍總長(zhǎng)　　黃鐘瑛　　次長(zhǎng)　　湯薌銘
　　外交總長(zhǎng)　　王寵惠　　次長(zhǎng)　　魏宸組
　　內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)　　程德全　　次長(zhǎng)　　居　正
　　財(cái)政總長(zhǎng)　　陳錦濤　　次長(zhǎng)　　王鴻猷
　　司法總長(zhǎng)(兼議和全權(quán)大使)　　　伍廷芳
　　　　　　　　　　　　　次長(zhǎng)　　呂志伊
　　教育總長(zhǎng)　　蔡元培　　次長(zhǎng)　　景耀月
　　實(shí)業(yè)總長(zhǎng)　　張　謇　　次長(zhǎng)　　馬君武
　　交通總長(zhǎng)　　湯壽潛　　次長(zhǎng)　　于右任^[5]
從臨時(shí)政府的各部總長(zhǎng)名單看來(lái)，雖然以同盟會(huì)員為總長(zhǎng)的只有三個(gè)部(陸軍、外交、教育),其他多為立憲派或舊官僚。但是，根據(jù)同盟會(huì)確定的“部長(zhǎng)取名，次長(zhǎng)取實(shí)”的原則，孫中山非常注意各部次長(zhǎng)的人選。在孫的任命名單中，次長(zhǎng)除湯薌銘外，都是同盟會(huì)的重要骨干。而且立憲派和舊官僚出身的總長(zhǎng)們，又不常駐南京。張謇、湯壽潛僅一度就職，即跑往上海租界居住。程德全則“臥病”租界。這些人掌管的部均由次長(zhǎng)代理^[6]。因此，當(dāng)時(shí)便有人說(shuō)這個(gè)臨時(shí)政府是“次長(zhǎng)內(nèi)閣”。
黃興長(zhǎng)陸軍部，又兼參謀總長(zhǎng)，軍事全權(quán)集于一身，當(dāng)時(shí)又值戰(zhàn)爭(zhēng)未已，因此在臨時(shí)政府中居各部之上，舉足輕重。章炳麟最后雖未被任為教育總長(zhǎng)，但不久(2月初),孫中山函聘他為樞密顧問(wèn)。
關(guān)于臨時(shí)政府中的人選，當(dāng)時(shí)許多人，特別是同盟會(huì)中的一些元老、骨干，是有些看法的。例如蔡元培就曾致函孫中山表達(dá)了自己的看法。孫中山針對(duì)蔡提出的問(wèn)題，在復(fù)信中作了一個(gè)簡(jiǎn)短的回答和解釋，表達(dá)了他的用人原則。他的復(fù)信全文如下：
孑民先生大鑒：來(lái)示敬悉。關(guān)于內(nèi)閣之設(shè)備及其組織用人之道，弟意亦如是。惟才能是稱，不問(wèn)其黨與省也。但此時(shí)則不能不收羅海內(nèi)名宿，來(lái)教所論甚明。然其間尚有當(dāng)分別論者，康氏(指康有為)至今猶反對(duì)民國(guó)之旨，前登報(bào)之手跡，可見(jiàn)一斑。倘合一爐而冶之，恐不足以服人心，且招天下之反對(duì)。至于太炎君等，則不過(guò)偶于友誼小嫌，決不能與反對(duì)民國(guó)者作比例。尊隆之道，在所必講，弟無(wú)世俗睚眥之見(jiàn)也。專此即頌
道安并復(fù)孫文謹(jǐn)覆十二日^[7]
這封短信，相當(dāng)清楚地表達(dá)了孫中山關(guān)于臨時(shí)政府人選之原則：
第一，用人唯賢，惟才能是稱，不是用人唯親。
第二，要聯(lián)合“海內(nèi)名宿”,但反對(duì)民國(guó)者，如康有為之流，不能用之，這是大是大非問(wèn)題。
第三，對(duì)章炳麟和康有為當(dāng)分別，章只是“友誼小嫌”,對(duì)他不能有“睚眥之見(jiàn)”。
看來(lái)，孫中山的這幾條用人原則，還是比較得體的。
在各部之外，臨時(shí)政府還設(shè)置了若干局(法制、印鑄、公報(bào)、稽勛、銓敘),如宋教仁是法制局局長(zhǎng)，黃復(fù)生是印鑄局局長(zhǎng)。
此外，總統(tǒng)府內(nèi)還設(shè)有秘書(shū)處，先后在這個(gè)處任職的有：
　　秘書(shū)長(zhǎng)：胡漢民
　　總務(wù)組：李肇甫、熊成章、蕭友梅、吳玉章(永珊)、任鴻雋
　　軍事組：李書(shū)城、耿伯釗、石瑛、張通典
　　外交組：馬素、張季鸞、鄧家彥
　　民事組：但燾、彭素民、廖炎
　　電務(wù)組：譚熙鴻、李駿、劉鞠可、黃蕓蘇(另有回國(guó)華僑多人參加)
　　官報(bào)組：馮自由、易廷憙
　　發(fā)收組：楊銓^[8]
從以上臨時(shí)政府的組成和實(shí)際辦事人員來(lái)看，同盟會(huì)在基本上保持了對(duì)臨時(shí)政府的領(lǐng)導(dǎo)權(quán)。應(yīng)該說(shuō)，以孫中山為首的中華民國(guó)臨時(shí)政府，不但是一個(gè)資產(chǎn)階級(jí)的政府，而且是一個(gè)革命的政府。
1月11日，各省代表會(huì)議又議決以五色旗為中華民國(guó)國(guó)旗，請(qǐng)大總統(tǒng)頒布各省。紅黃藍(lán)白黑五種顏色，代表漢、滿、蒙、回、藏五個(gè)民族，即所謂“五族共和”^[9]。
以孫中山為首的南京臨時(shí)政府的成立，標(biāo)志著資產(chǎn)階級(jí)共和國(guó)——中華民國(guó)的誕生。這是在中國(guó)歷史上的一件大事，它不僅結(jié)束了二百六十多年的清朝統(tǒng)治，也同時(shí)結(jié)束了兩千多年來(lái)的封建帝制。正如孫中山自己所說(shuō)：“予三十年如一日之恢復(fù)中華、創(chuàng)立民國(guó)之志，于斯竟成?！?sup>[10]