黎元洪和段祺瑞之間個人關系的惡化，最初主要表現(xiàn)在總統(tǒng)府和國務院的權(quán)限問題上。
袁世凱死后，段祺瑞立即起用他的親信徐樹錚為國務院秘書長。
徐樹錚(1880—1925),字又錚，江蘇蕭縣人，十二歲時中過秀才。1905年由段保送去日本士官學校學習，兩年后畢業(yè)?；貒蠹慈攵文桓?，贊襄帷幄。他當時僅二十七歲，少年得志，十分自負。先后任第六鎮(zhèn)軍事參議、第一軍總參謀、陸軍部軍學處處長。1914年，他升任為陸軍部次長，同時在北京創(chuàng)正志中學，自任校長，并請林紓等人為教員。1915年袁世凱陰謀稱帝，他力勸段祺瑞抵制，并與段共進退，因此深得段祺瑞的信任。此后，段的許多重大措施，大都出自他的策劃，因此人們稱他是段的“小扇子軍師”。
段祺瑞以徐樹錚為國務院秘書長，起初曾遭到黎元洪的反對，但由于段的極力堅持，又由于徐世昌、張國淦等人的勸說，黎才勉強從段所請，但對徐始終沒有好感^[1]。
徐樹錚自恃段的倚重，又有皖系軍人為后盾，根本不把沒有實力的總統(tǒng)放在眼里。內(nèi)閣的文件、命令呈交總統(tǒng)審閱、用印，本屬國務院秘書長本職，但徐卻時常借故不出面，派手下人向黎呈請用印，使黎非常不快^[2]。而當徐本人進府面見總統(tǒng)時，老是陰沉著臉，一言不發(fā)，甚或開口頂撞。有一次，某省同日更動三個廳長，黎向徐問了一句：“任命的都是些什么人？”徐便搶白道：“只在這里蓋印好了，管他任命什么人。”使黎非常難堪。黎因此憤怒地表示，再也不愿與徐見面^[3]。當時總統(tǒng)府秘書長張國淦與黎元洪、段祺瑞的關系很深，為人又圓滑，有他從中周旋，所以沒有使事情發(fā)展到不可收拾的地步。
8月1日，張國淦因故辭去本兼各職，總統(tǒng)府秘書長由參議員丁世嶧繼任。丁世嶧(1879—1930),字鳧嚴、佛言，清末曾任山東咨議局議員，是立憲派中的激進分子。1913年加入進步黨，在黨內(nèi)屬孫洪伊一派，二次革命后傾向國民黨。他到任后，力主提高總統(tǒng)地位，限制國務院秘書長職權(quán)。8月下旬，他提出《府院辦事手續(xù)草案》,主要內(nèi)容有兩點：一、總統(tǒng)得隨時出席國務會議；二、所有國務院議決事件及任免官吏命令須經(jīng)該管部長官同意后，再呈大總統(tǒng)蓋印，如總統(tǒng)有不同意見時，得交回國務院再議^[4]。這樣，就使黎、段關系進一步緊張起來。段祺瑞不能容忍黎元洪插足國務院，他一見此草案，便稱病請假不出，并放風辭職，后經(jīng)熊希齡等勸解，才于26日銷假視事。他當日即向徐樹錚下了一道命令，凡國務院呈請總統(tǒng)核閱的文件，“應責成該秘書長躬自遞呈，閱印后赍回。無論風雨星夜，不得假手他人，以昭慎重，而免歧誤”^[5]。至于總統(tǒng)出席國務會議問題，段堅決不肯讓步。最后府院雙方議定了幾條折衷的辦法：一、總統(tǒng)不出席國務會議，但國務會議議事日程先期呈閱。二、國務會議議事記錄隨時呈閱。三、緊急軍政要件，由國務員進府直接報告。四、總統(tǒng)對于國務會議議決案件，如有認為不合者，得命總理及主管國務員說明理由，說明后如仍認為不合，得交回復議一次。五、每日呈閱文件與呈請用印，由國務院秘書長親送^[6]。此后，黎、徐關系一度表面上有所緩和。
但是，黎元洪與徐樹錚沖突的根子在于段獨攬政權(quán)，而黎又不甘心只作蓋印的工具，這個矛盾不解決，府院之爭是不可能平息的。內(nèi)務總長孫洪伊到任后不久，即與徐樹錚發(fā)生沖突，黎與段的關系又隨之緊張起來。
7月底至8月初，孫洪伊、張耀曾等國民黨閣員在孫中山、黃興的支持鼓勵下，先后由上海北上就任。他們到任，對段、徐的專擅是不利的。孫洪伊(1870—1936),字伯蘭，直隸人，清末為立憲黨激進派領袖，1913年加入進步黨。二次革命后，轉(zhuǎn)向國民黨陣營，并博得好評^[7]。他到任未及一月便與徐樹錚展開斗爭。
8月下旬，湖南議員郭人漳、周震鱗對投靠皖系的官僚政客胡瑞霖(時任福建省長)在湖南財政廳長任內(nèi)的劣跡提出查辦提案轉(zhuǎn)到國務院后，徐樹錚不與主管的內(nèi)務總長孫洪伊協(xié)商，也不經(jīng)國務會議，就擅自以國務院名義咨復眾議院，極力為胡辯護，將提案駁回。孫以此事關系責任權(quán)限甚大，向段祺瑞據(jù)理力爭，并提出辭職以示抗議，同時還致信眾議院，撤銷其辭退議員書，表示仍愿就議席，搞得段、徐非常狼狽^[8]。嗣經(jīng)黎元洪、段祺瑞極力挽留，孫始打消辭意。段當即命徐將原咨文追回。徐答應照辦，繼又捏稱該咨文已由眾議院秘書廳印送各議員，無法追回。孫洪伊即用電話詢知眾議院并無此事，方知徐是故意撒謊，于是又起沖突^[9]。
此后，段祺瑞、徐樹錚對不受他們羈束的孫洪伊恨之入骨，必欲去之而后快。9月初，孫為整頓內(nèi)務部，裁減部員，被裁汰者祝書元等在徐樹錚煽動下，向平政院起訴，控告孫違法。20日，平政院裁定：“撤消內(nèi)務部原令，準被解職人員仍回內(nèi)務部供原職。”^[10]孫拒不接受此項裁決。于是，徐批就一道執(zhí)行平政院裁決書的命令，送府蓋印，但孫拒絕副署，黎元洪也不予蓋印，批復“交院再議”。黎并從孫所請，將此案批交國會審議。事情拖到10月，段再也不能忍耐，于19日呈請罷免孫，但遭黎拒絕。
這次政潮，還波及到國會。早在9月24日，研究系的機關報《晨鐘報》,便刊文攻擊孫洪伊“違法”。10月23日，研究系首領湯化龍又以“老友”身份進總統(tǒng)府，以所謂“輿論”向黎元洪施加壓力^[11]。在段祺瑞和研究系的威脅之下，黎開始動搖，勸孫“自請辭職”,或“赴東西洋各國考察政治”,或“轉(zhuǎn)任其他特任官”^[12]。但是，孫毅然表示“自信無過”,寧受免官處分，決不自請辭職。
商榷系的韜園系和丙辰俱樂部兩團體堅決支持孫洪伊與段祺瑞抗衡。24日，直隸議員王玉樹就國務總理徑自呈請罷免國務員是否合法問題，在眾院向段提出質(zhì)問。11月上旬，呂復又提出查辦徐樹錚案，列舉徐七大罪狀，聯(lián)署者六十余人^[13]。
孫洪伊既不肯辭職，段祺瑞便以自己辭職相威脅。黎元洪只好采納左右意見，請徐世昌出來組閣。袁世凱死后，徐世昌長期居于河南輝縣水竹村，名為“退耕”,實為觀望。10月下旬，黎的代表到輝縣請徐出來組閣，徐托故拒絕。11月初，黎又派代表去請，徐表示：“倘允不入政界……一俟感冒就痊，即當就道。”黎只好答應徐僅負調(diào)停之責^[14]。其實，徐并非不想出山。赴京之前，他曾致電馮國璋，商討調(diào)解政局的策略，實際上就是一種試探，但馮未置可否。馮對混亂的政局有自己打算，他在黎與段、研究系與國民黨的對立中，采取第三者的姿態(tài)。9、10月間，梁啟超到南京活動，極力勸馮與段合作，支持研究系，馮未作積極響應。在此前后，段曾數(shù)次派人到南京爭取馮的支持，馮也采取敷衍態(tài)度。
11月16日，徐世昌抵京。次日，黎元洪便親自到東四五條胡同徐宅拜訪。嗣后，徐向段祺瑞建議，將徐樹錚改任陸軍總長，孫洪伊改任農(nóng)商總長。但是段不以為然，他認為孫“不擇手段，破壞北洋團體”,必須逐出內(nèi)閣。19日，徐又向黎、段建議，將孫和徐同時去職，由張國淦任國務院秘書長。段勉強同意。20日，孫被解職。兩天以后，徐也在段授意下辭職。研究系對孫洪伊被逐出內(nèi)閣，感到很快意。22日，梁啟超從廣州致電徐世昌說：“維持內(nèi)閣，實今日不二法門，公大力主持，大局當可立定?！?sup>[15]
孫洪伊被免職后，回到國會，利用國民黨在國會的優(yōu)勢，繼續(xù)抵制段祺瑞。國會接連否決段提名任命任可澄、張國淦為內(nèi)務總長的提案。孫并進一步策劃利用國會推倒段內(nèi)閣。12月2日，韜園系首領、直隸議員溫世霖在眾院提出彈劾段祺瑞的提案。孫洪伊在國會的活動，威脅到段內(nèi)閣的存在，段決以武力相待。1917年1月13日，步兵統(tǒng)領江朝宗派兵包圍孫宅，進行搜查，準備逮捕孫洪伊。孫事先得人通報，逃往南京托庇于馮國璋。
逼走孫洪伊后，段祺瑞仍不滿足，又挑唆督軍團要求總統(tǒng)黎元洪罷免總統(tǒng)府秘書長丁世嶧。2月25日，黎被迫批準丁辭職，由夏壽康繼任。
府院政潮雖因?qū)O洪伊、徐樹錚和丁世嶧相繼去職而暫告一段落，但黎元洪與段祺瑞的關系并未改善，而是處于暫時僵持狀態(tài)。不久，雙方又因?qū)Φ峦饨粏栴}發(fā)生新的斗爭。