元廷由于思想統(tǒng)治的需要，對學校教育的重視程度大大超過了前朝。元朝不僅建立了比較完善的從中央到地方的官學制度，而且，對于書院，也采取了積極干預的態(tài)度。其干預主要有兩種途徑：一是接管宋代官辦的書院，如對江西的白鹿洞書院、濂溪書院、鵝湖書院等。二是依據(jù)好學之家的要求，由地方呈請，朝廷立案賜額、置田，派官員主持。
宋末隱退的官員、士人，在元朝統(tǒng)一江南以后，仍不愿出仕，他們隱居授徒講學，有建書院自處，或受聘于私家學館。如玉山五奕、五介翕父子隱居懷玉山建斗山書院講學。元廷對于這些辦學和教學的士人采取了因勢利導、爭取利用的開明政策。對其中相當?shù)臅航o予承認、支持、立案、置田、撥款、授官。這樣，在一定程度上緩和了宋代遺民的反抗情緒？ 又使這些士人的教學活動受到控制，為己所用。元政府的文教政策，使書院在元代仍有發(fā)展，但一開始就為官府所控制。據(jù)志書記載，元初修復、重建的前朝書院有六十八所，始建于元的書院，無論大小，約有百所之多，以數(shù)目看，也可謂盛極一時。元政府雖廣設官辦書院，極力控制民間教育，但在江西書院中，學術(shù)氣氛仍然很濃，各學術(shù)流派活躍如昔。書院為學術(shù)提供了發(fā)展的環(huán)境，同時，各種學術(shù)的傳播也促進了書院的發(fā)展。
在元代江西書院史上，以吳澄功績最大。吳澄(1249—1333),字幼清，稱草廬先生。崇仁咸口人(今樂安縣)。他是有元一代學術(shù)成就最高、影響最深遠的思想家、教育家。他調(diào)和朱陸兩家之說，在相當長的時間里，成為元代，尤其是南方學術(shù)思想的一種重要傾向。宋末元初，吳澄不僅應邀前往隱居學者所建書院，如明新堂、君子堂等講學，他自己也辦起了正中堂、久大堂。另外，他還為安田、儒林、成岡等書屋、義塾撰記正名。關于如何辦好這些書院，他在《儒林義學記》中說：“其養(yǎng)之之費有繼，其教之之師，亦惡可不慎也歟！”他還給一批由民間發(fā)起興辦，而朝廷支持的書院撰文記事，如建昌州李氏山房書院、永豐武城書院、陽本書院等。在這些書院記文中，吳澄肯定了朝廷和地方官對書院的支持，而對于如何教人，他闡發(fā)了自己的主張。如在《李氏山房書院記》中記到李燔新創(chuàng)書院祀李常時說：“夫孩提之童初生已知愛其親，藹然天地生物之心與生俱生，并非有使之者也?！薄靶挠写巳时睾弥?“仁之為德，人人所同，吾有是仁，彼示有仁之人乎”。故“文定之拳拳于尚書之懿德也”。
吳澄有很高的學術(shù)地位，他開創(chuàng)了一個會合朱陸、獨具特色的草廬學派，成員眾多，他們也都主要是通過書院、書堂的講學活動發(fā)展學術(shù)事業(yè)的。其中最著名的弟子是虞集。虞集(1212—1348),字伯生，號道園，江西著名的教育家、文學家。無論是在朝任職還是歸田期間，他一邊講學，一邊為學校、書院撰文。他曾三次光臨白鹿洞書院，有《白鹿洞新田記》和《朱文公白鹿洞賦草跋》傳世。他對江西的書院甚為關心，有《蘭山書院記》《南軒書院藏書記》《張巖書院記》等名篇傳世。吳澄弟子眾多，在江西亦各有建書院、書堂者。如夏友蘭建鰲溪書院、包淮建淝州書塾等。吳澄的草廬學派是元代一個重要的學術(shù)流派，他們在江西書院中的活動，對于江西書院的建設及書院教育的內(nèi)容與方式都產(chǎn)生了積極的重大的影響。
程朱理學在元代仍很興旺發(fā)達，都昌陳澔堪稱代表。陳澔繼承了朱子的衣缽，活躍于江西書院中，他同時又是著名的經(jīng)學家和教育學家。元政權(quán)建立后，陳澔不求聞達，博學好古，潛心經(jīng)術(shù)，深有所得，尤精于《易》《書》《禮》。居住在都昌馬陂聚徒講學，創(chuàng)建云住書院，也叫經(jīng)歸書院。至元年間，陳澔曾主講白鹿洞書院二年。
陳澔著述很多，大都散失。他在《禮記集說》中承繼師說，對教育問題頗有發(fā)揮。如解釋“教學為先”時稱：“以立教立學為先務也?！苯忉尅敖虒W相長”時稱“學然后知不足，謂師資于人方知己所未至也；教然后知困，謂無以應人之求則自知困辱也。”“教學相長謂我之教人與資人皆相為長益也?！?br>總之，陳澔的書院教學與他的著述活動，曾在教育史、書院史上有其重要地位。
此外，在元代江西書院中，還有幾所重要而有特色的書院值得一提。樂平的慈湖書院。這所書院是史學巨匠馬端臨于元至元十九年(1282)與樂平縣尹翟衡所創(chuàng)建。馬端臨任書院山長達二十六年之久。在此期間，馬端臨寫成其傳世巨著《文獻通考》。馬氏慈湖書院也是江西的名書院，其門人弟子甚眾。馬氏每有所論解，吐言如泉涌，聞者必有得而返。其為山長，教學與著述均未絲毫松懈，對江西書院發(fā)展貢獻不小。瑞州路上高縣蒙山銀礦的正德書院可看作廠礦辦學，雖然所辦教育仍然是儒家的傳統(tǒng)教育，而非職業(yè)技術(shù)教育，但是，該書院創(chuàng)辦的目標卻值得重視。吳澄的《正德書院記》中，曾記述了該書院強調(diào)應“正民德”,正各層次之“民”之德。不僅是礦民之子弟，還包括廠礦之民。這種目標或者說這個覆蓋面給后來辦書院、辦教育的人們一種啟發(fā)。
總之，元代的江西書院，在官府牽制中，仍有發(fā)展，而且在牽制發(fā)展中，別具特色。