西南聯(lián)合會議剛收場，改組軍政府之議又起。在岑春煊的策劃下，政學會國會議員楊永泰、郭椿森、湯漪等采取威脅利誘手段，聯(lián)合吳景濂、褚輔成等倡議改組軍政府。程璧光不明真相，表示贊同，并以調人身份，在孫中山與陸榮廷之間極力疏通。
2月2日，程璧光、唐紹儀、伍廷芳、莫榮新等，邀請孫中山在海珠開會，討論改組軍政府問題。會上決定將軍政府的領導體制進行改組。會后，擬定了《中華民國軍政府組織大綱修正案》七條，“其中用意約有兩端：甲、將軍政府原來之單獨制，改為合議制，改大元帥一職為政務總裁若干人組織政務會議，地位平等，責任同負。乙、護法各省各軍仍舊派出代表，組織聯(lián)合會，統(tǒng)籌軍備，計劃作戰(zhàn)，其議決事件由政務會議施行”^[1]。這樣一來，軍政府的護法性質就改變了。孫中山表示堅決反對，許多革命黨人也不贊成。21日，章太炎從重慶發(fā)來通電，指斥岑春煊的議和主張“于義師初起之宣言，一概拋棄”,“莠言亂政，乃至于此”,并揭露其“熱中利祿，諂媚僭盜，欲使南方護法靖國之師，皆為一己利用”。他提出：“除電請?zhí)茙浄裾J外，應請宣布岑春煊罪狀，以告天下，毋使老奸再行煽惑?！?sup>[2]22日，當軍政府岌岌可危的時候，孫中山通電全國，呼吁尊重國會，擁護約法，指出：“此次西南興師，目的止于擁護約法，根本主張，惟在恢復約法之效力，與求國會永久之保障耳。……執(zhí)權者若能共喻斯旨，棄其非法亂命，息戰(zhàn)罷兵，一切解決，悉聽國會，則國是既一，大亂立定。若徒恃個人之智與力，以圖保持權位，不特戰(zhàn)禍延長，殃及國脈，即于各執(zhí)權者自身，亦為速亡之道?！?sup>[3]同日，他通電西南護法各省，說明對時局主張，指出經國會非常會議選出之元帥及各部總長，多未就職，“舉國國民，見北京政府既為非法僭竊之機關，而西南護法諸君，又未能毅然贊助國會所組織之軍政府，乃彷徨歧路，無所適從。世界各友邦見我主張擁護國會者尚不能服從國會，更疑我護法之戰(zhàn)爭為割據(jù)爭雄之舉動。內不能示國民以趨向，外不能得世界之同情，是非不明，國是不定，國家危險莫大乎此”。孫中山吁請各將帥貢獻救濟良策，倘能恢復約法效力，愿即引退^[4]。隨后，他向唐繼堯提出改組軍政府，必須有切實可行辦法，并鄭重聲明：“護法之惟一主張，在恢復舊國會，并使之完全行使職權，無論改組內容如何，此主張絕對不能有所犧牲，必須一致堅約，始可共議改組?！?sup>[5]但唐繼堯始終不置可否。4月10日，國會非常會議開會，出席者六十余人，由羅家衡等提出改組軍政府組織案，因桂系及政學會議員運動的結果，贊成者竟達四十余人。居正、鄒魯、馬君武等反對改組，屢欲起立發(fā)言，均遭無理禁止。最后由議長指定二十人審查提案。同日，田桐在滬上書孫中山，報告在滬議員反對改組軍政府，“聯(lián)名致電非常[國]會，提出二辦法：一、挽留大元帥；二、改組施行延期”。^[6]11日，孫中山邀全體國會議員至軍政府，發(fā)表義正詞嚴的談話。他說：“軍政府視國會如君父，國會之決議，軍政府無不服從。顧如昨日所提議之改組軍政府，為軍政府本身之存亡問題，而國會事先絕未征求軍政府意見，徑行提議而付審查，揆之事理，寧得為平？且以法律而論，約法規(guī)定為元首制，夫今欲行多頭制。又軍政府組織大綱明明規(guī)定本大綱于約法效力完全恢復，國會完全行使職權時廢止，無修改之明文，今日何以自解？軍政府近于外交方面正在進行接洽之中，今蒙此影響，軍府基礎已搖，日后必無進步可言?！式袢沼鄠€人對于改組一事，根本反對，即于改組后有欲以余為總裁者，亦決不就之，惟有潔身引退也。”^[7]13日，國會非常會議審查會推代表褚輔成、王湘、吳宗慈、盧仲琳、王葆真五人會見孫中山，征詢對于改組軍政府之意見，孫中山再次表示：“改組事，余始終反對，以法律上萬難通融也。茍不論法律而論事實，則余無不可委曲求全者。若國會必以聯(lián)陸為有利者，則余雖親至南寧、梧州晤之，或以大元帥讓之，皆無不可，是可見余非爭一己地位者矣?！?sup>[8]在這期間，傳來唐繼堯密電西南各省的下列主張：“護法各省亟應組織統(tǒng)一機關，現(xiàn)在辦法宜遙戴黎、馮為大副總統(tǒng)，或認馮為代理大總統(tǒng)；在南方組織軍務院或國務院，以行使職權。推岑春煊為國務總理，置六部，伍廷芳長外交，孫洪伊長內政，陸榮廷長陸軍，林葆懌長海軍，唐紹儀長財政，張繼或王寵惠長司法。政府地點宜暫在廣州，俟局勢稍形發(fā)展，則遷往南京或武漢?？偫?孫中山)則宜游歷各國，辦理外交?！?sup>[9]至此，孫中山終于看到了唐繼堯勾結政學會分子與桂系軍閥陰謀推翻軍政府，踢開大元帥的真面目，于是決心辭職離粵。5月4日，國會非常會議開會，出席議員八十余人，首先由湯漪提出《修正軍政府組織法案》,贊成改組軍政府者四十余人，超過四票通過。孫中山當時命居正將大元帥辭職咨文送交國會，并通電辭職。通電向國民痛切地指出：“顧吾國之大患，莫大于武人之爭雄，南與北如一丘之貉。雖號稱護法之省，亦莫肯俯首于法律及民意之下。故軍政府雖成立，而被舉之人多不就職，即對于非常會議猶莫肯明示其尊重之意。內既不能謀各省之統(tǒng)一，外何以得友邦之承認。文于斯時瘏口嘵音，以蘄各省之覺悟，蓋已力竭聲嘶，而莫由取信?！谋酒シ?，無拳無勇，所以用其全力以擁護非常會議者，其效果亦既如是，庶乎可告無罪于國人。茲仍愿以匹夫有責之身，立于個人地位，以盡其扶助民國之天職?！?sup>[10]7日，留滬國會議員林森、田桐等二十七人，通電要求挽留大元帥孫中山，“不許其辭職”,并要求延期改組軍政府^[11]。但留粵國會非常會議竟于同月18日三讀通過軍政府組織法十二條，其名稱仍用軍政府，變大元帥制為政務總裁制，而主席總裁則由政務會議選出。20日下午，國會非常會議舉行總裁選舉會，出席議員一百二十余人，選舉結果，孫中山及唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯、林葆懌、陸榮廷、岑春煊七人當選。隨后，陸、唐又推岑春煊為主席總裁。孫中山眼見軍政府實際權力已被西南軍閥所篡奪，遂于21日離廣州赴上海。第一次護法運動失敗了。