儒佛道三教既然在實(shí)際上都有存在的合理性，也就有人提出三教歸一的問(wèn)題。這個(gè)人叫林兆恩，福建人，活動(dòng)于明朝中葉。他創(chuàng)立了三一教。三一教曾一度非常興盛，現(xiàn)在仍然存在于東南亞諸國(guó)及其他地方。
林兆恩提出的口號(hào)是：“三教歸儒，儒歸孔子?！绷终锥髡f(shuō)，孔子、老子、釋迦之前，天地間只有一個(gè)教，只有一個(gè)道，分歧是后來(lái)造成的。比如儒道二家，本是一回事。從盤(pán)古開(kāi)天，伏羲造易，傳到神農(nóng)、黃帝、堯、舜都是一個(gè)道，一個(gè)教。后人把黃帝當(dāng)作道教的始祖，堯、舜作儒家的始祖，是不對(duì)的。后世的道士們，出家入山，去追求什么清凈，這是違背黃帝、老子教導(dǎo)的。林兆恩說(shuō)，歷代帝王之中，黃帝的創(chuàng)造最多。天文、音律、蠶桑、宮室、醫(yī)學(xué)、井田等等，都是黃帝的創(chuàng)造，后世卻說(shuō)什么黃老之道無(wú)所作為，這是正確的嗎？ 黃帝為天子，老子作柱下史，都沒(méi)有人山修道，都娶妻生子，黃帝有子二十五人，老子的后代也見(jiàn)于歷史記載，后世道士斷棄人倫，也是違背黃老的。至于佛教，他們追求寂滅，和儒道二教的宗旨完全一致。所謂滅，就是這顆心不住于聲色臭味。既然不住，也就是儒家的“無(wú)思無(wú)為寂然而誠(chéng)”。老子講虛無(wú)，也是無(wú)此聲色臭味，心自然就會(huì)虛曠。因此，儒佛道三教，宗旨完全一致。而且，佛也不斷棄人倫。佛陀生子羅睺羅，也是歷史事實(shí)。佛教也不反對(duì)吃肉。不讓吃肉，是梁武帝實(shí)行的規(guī)矩。這樣一來(lái)，連祭祀祖先也不能再用豬羊，而用面食，致使祖宗的魂靈不得血食，引起臣子們?cè)S多議論。梁武帝的作法，違背圣人之教。到了唐朝，慧能就吃肉。假如和尚娶妻，也并不違背教義。至于孝悌忠信，更是天倫，人人都得遵守。唐太宗命令和尚道士一律敬拜父母，是非常對(duì)的。林兆恩說(shuō)，假若果有地獄，應(yīng)首先收治不孝之人。
因此說(shuō)來(lái)，三教本來(lái)是一，后世才強(qiáng)生分別，現(xiàn)在仍然歸一才對(duì)。歸一，歸到什么地方呢？ 就是歸儒。為什么要?dú)w儒呢？ 因?yàn)槿鍖W(xué)可尊崇的，有心身性命之學(xué)，有三綱五常之德，有士農(nóng)工商之業(yè)。林兆恩認(rèn)為，新的宗教，必須建立在這三條原則的基礎(chǔ)之上。
人不能脫離士農(nóng)工商之業(yè)。假若修道必須入山，必須拋棄士農(nóng)工商之業(yè)，一人如此，人人如此，誰(shuí)還來(lái)從事生產(chǎn)？ 不生產(chǎn)，修道的人將如何生活？ 如果脫離士農(nóng)工商之業(yè)，這樣的教就傳不遠(yuǎn)，不能普及。
信教者也不能脫離三綱五常。沒(méi)有君臣上下等級(jí)尊卑秩序，天下就會(huì)大亂，還如何修道？ 沒(méi)有夫婦、父子的天倫，人就要絕種，以后還有誰(shuí)來(lái)修道？
信教者既從事著士農(nóng)工商之業(yè)，又有君臣之分，夫婦、父子之愛(ài)，于是開(kāi)始修道。所謂道，就是心身性命之學(xué)。這學(xué)問(wèn)，林兆恩歸結(jié)為孔門(mén)心法。孔門(mén)心法的要點(diǎn)，是“心要在腔子里”。
“心要在腔子里”,是程頤的話，林兆恩拿來(lái)作為他心身性命之學(xué)的要點(diǎn)。這在腔子里的一顆心，就是人的真性，就是天理。而天理，不過(guò)是當(dāng)時(shí)社會(huì)秩序的理論表現(xiàn)。這就是說(shuō)，林兆恩的三一教，就是要人們?cè)谑浪咨钪校炎袷禺?dāng)時(shí)的秩序，服從當(dāng)時(shí)的倫理當(dāng)作自己的天然本性，自覺(jué)自愿。林兆恩認(rèn)為，做到這一點(diǎn)，就是圣人。而這是人人都可以做到的，因此人人都可以做圣人。林兆恩不同意他的弟子放棄科舉考試或放棄經(jīng)商去專(zhuān)門(mén)修道，因?yàn)榉艞壜殬I(yè)本身就是與道相違背的。林兆恩甚至不同意和尚、道士放棄自己的教來(lái)投奔自己。他認(rèn)為，只要按孔門(mén)心法修行，就是剃了頭做和尚，也是自己的弟子。反之，即使投奔自己，而不修孔門(mén)心法，也算不得自己的弟子。歸結(jié)到底，一切都決定于人的心。
林兆恩說(shuō)，道家的金丹、神仙、蓬萊仙境，都是說(shuō)的人心修養(yǎng)。修孔門(mén)心法就是金丹、就成神仙，就到洞天福地、蓬萊三山。佛教的天堂、地獄、六道輪回等等，也是心。做好事心里坦然就是天堂，做壞事心里受責(zé)就是地獄。好壞的標(biāo)準(zhǔn)，也是儒家的倫理綱常。

佛像(廣西桂林伏波山還珠洞斷崖)

林兆恩說(shuō)的儒，也不是當(dāng)時(shí)的儒，而是孔子的儒。在林兆恩看來(lái)，孟子以后的儒者，違背了孔子的教導(dǎo)。比如格物，宋儒說(shuō)君子恥一物之不知，所以今天格一件、明日格一件。林兆恩說(shuō)，這是要干什么呢？ 物那么多，怎能格得完，又怎能以一物不知為恥。這樣做，能夠成為圣人嗎？
林兆恩認(rèn)為，格物的物，不是事物之物，而是心里的物。格心里的物，就是去掉那些不符合綱常的想法，林兆恩稱之為“格去非心之物”,即心里頭本來(lái)沒(méi)有的東西。心里頭本來(lái)沒(méi)有的東西，就是違背綱常的東西。
當(dāng)時(shí)的許多儒者，也像僧人道士一樣，終日枯坐。白天不看窗外，晚上不就寢席，以為這樣可以得道。林兆恩說(shuō)，這是不懂孔門(mén)心法。
林兆恩三一教，把孔子作為教主，把天作為最高神靈。凡來(lái)修道的，都必須對(duì)天立誓。林兆恩自己，每天都要向天上奏章，匯報(bào)自己的作為。晚年，他不得已收了一點(diǎn)學(xué)費(fèi)，學(xué)費(fèi)的開(kāi)支情況，他也一一向天匯報(bào)。他向天表明自己的心跡，也盼望天能幫助他推廣三一教，以建立一個(gè)秩序井然的社會(huì)。他自認(rèn)為是天的使者。晚年，他也做了教主。
三一教的宗旨，是在世俗生活中使人人向善的宗教，也是自認(rèn)為徹底而準(zhǔn)確地貫徹孔子學(xué)說(shuō)的宗教。但是，封建國(guó)家宗奉的就是天，就是孔子及其儒學(xué)。在國(guó)家組織系統(tǒng)之外，另搞一套，將置皇帝與百官于何地！三一教之不能發(fā)展，是命中注定的事。所以它只能在封建的政治統(tǒng)治之下，替這個(gè)統(tǒng)治秩序做一點(diǎn)牧師的工作。
然而三一教的出現(xiàn)，乃是三教在斗爭(zhēng)、融合，融合、斗爭(zhēng)中的產(chǎn)物。只是它的表現(xiàn)特別典型罷了。三一教之外三教合一的呼聲由來(lái)已久，也源遠(yuǎn)流長(zhǎng)。