1950年6月1日，在第一次全國高等教育會議上，馬敘倫部長明確指出：“我們要在統(tǒng)一的方針下，按照必要和可能，初步調(diào)整全國公私立高等學校或其某些院系，以便更好地配合國家建設的需要。”這是建國后首次提出院系調(diào)整的任務，開了有計劃進行院系調(diào)整的先聲。此后，中央教育部從當時的實際出發(fā)逐漸提出院系調(diào)整的一些具體原則，并依此對部分大學和高等?？茖W校作了一些調(diào)整。1951年起，逐漸在全國范圍內(nèi)開展了有計劃、有重點的院系調(diào)整。1952年5月，中央教育部草擬了《全國高等院校調(diào)整計劃(草案)》,系統(tǒng)地提出了調(diào)整原則。據(jù)此，從1952年夏季起至1953年，全國高校進行了一次院系大調(diào)整，從此奠定了我國高等學校的基本格局。這次調(diào)整規(guī)模較大，調(diào)整學校的總數(shù)占全國高?？倲?shù)的四分之三。至此，全國高?？梢哉f業(yè)已基本上完成了院系調(diào)整任務，結(jié)束了院系龐雜、設置分布極不合理的狀況，走上了適應國家建設需要培養(yǎng)專業(yè)人才的軌道。
但是，這次院系調(diào)整也存在一些問題，主要是：①要求過高過急，在一定程度上影響了高等教育的質(zhì)量。在調(diào)整過程中，有些院校獨立的過早，以致某些獨立出來或新設的院校，內(nèi)容不充實，而同時卻使調(diào)整后的個別大學的力量被削弱，被分散，弄得兩頭都不易一時辦好。在某些地方，調(diào)整時未能照顧到某些大學的原有的特點和學科特長，或者把某些重要系科連根拔掉。②對院系設置的歷史經(jīng)驗和蘇聯(lián)、歐美的教育制度，缺乏認真系統(tǒng)的研究和辯證的分析，過于機械地照搬蘇聯(lián)的做法。如完全否定“通才”教育，致使理工分家，專業(yè)分得過細，就對后來高等教育的發(fā)展帶來了不利影響。③文法、財經(jīng)等系科被砍得多了。1950年財經(jīng)系科招生9352人，占校招生總數(shù)的16.03%,1951年招生7726人，占招生總數(shù)的14.95%,院系調(diào)整后，招生數(shù)量大為減少，1952年財經(jīng)專業(yè)招生4700人，占招生總數(shù)的5.96%,1953年招生2365人，占招生總數(shù)的2.9%。再如，1949年全國設有政法系科的高校共53所，在校生7338人，1952年院系調(diào)整后，在校生下降為3830人，僅占大學在校生總數(shù)的2%(1947年大學政法系科在校生共37682人，占大學在校生總數(shù)的24.33%)。