浙江山陰(今紹興)人。字鶴卿，號孑民。光緒進士。1894年(光緒二十年)授翰林院編修。1898年任紹興中西學堂監(jiān)督，提倡新學?！缎脸髼l約》簽訂后，漸萌反清之志。1902年在上海組織中國教育會，任事務長；創(chuàng)立愛國學社，任總理。次年主編《俄事警聞》和《警鐘日報》,揭露沙俄侵略，鼓吹反清革命。1904年在上海組織光復會，被推為會長。次年加入同盟會，為上海分部主盟員。1907年留學德國。1912年任南京臨時政府教育總長，主張以軍國民教育、實利主義、公民道德、世界觀、美育五項為教育宗旨；提出修改學制、小學男女同校、廢除祀孔讀經等改革措施。同年7月因不滿袁世凱擅權辭職，旋赴德國萊比錫大學世界文明史研究所工作。1913年秋去法國，后與吳玉章、李石曾等創(chuàng)辦留法勤工儉學會，華法教育會。1916年冬回國。旋任北京大學校長，提倡“思想自由”、“兼容并包”,宣傳勞工神圣，支持正在醞釀中的新文化運動。五四運動爆發(fā)后，保護愛國學生 ,被迫辭校長職。1924年在國民黨一大當選候補中央監(jiān)察委員。此后歷屆均被選為中央監(jiān)察委員。1927年4月9日列名“護黨救國”通電，10月任南京國民黨政府大學院院長。后專任中央研究院院長。九一八事變后，主張對日抗戰(zhàn)。1932年底與宋慶齡、魯迅等發(fā)起組織中國民權保障同盟，任副主席。1940年3月5日病逝于香港。著作有《蔡元培選集》、《蔡元培全集》等。