李自成余部在李自成犧牲后仍堅持抗清斗爭。李自成犧牲后，大順軍尚有40余萬，分為兩支，一支由郝?lián)u旗、劉體純率領；一支由李過、高一功率領，在荊襄地區(qū)繼續(xù)堅持斗爭。1645年秋，在清軍進一步南侵的形勢下，他們鑒于局勢的嚴重，便主動與唐王政權(quán)結(jié)合起來共同抗清。明湖廣巡撫何騰蛟招撫了李自成部將李過、郝?lián)u旗、袁宗第等及左良玉的舊部，號稱荊襄十三家軍，這時也投靠唐王政權(quán)。郝?lián)u旗、劉體純率領的10余萬人抵達湘陰歸明將何騰蛟指揮。李過、高一功等30余萬抵達常德歸明將堵胤錫指揮，唐王政權(quán)得到大順軍的支持。1646年春，何騰蛟與大順軍郝?lián)u旗等部英勇抗擊清軍，多次打敗清軍，使清軍一時不敢南進。唐王政權(quán)覆滅后，他們又支持桂王政權(quán)，與南明軍隊配合，屢次把桂王政府從危難中援救出來。1647年，何騰蛟率郝?lián)u旗等部退守衡州，又轉(zhuǎn)移到桂林，李過等部退守川東。湖廣幾乎全部失陷，清軍直逼廣西。同年11月，郝?lián)u旗等部及部分南明軍隊齊集廣西全州。清將孔有德等3王之兵自湖南來攻，郝?lián)u旗等部大敗清軍，“斬級無算”,“諸帥連營閣道亙?nèi)倮铩?聲威大震。清軍被迫退守湘南，逐漸形成全國性抗清高潮。1648年，由于降將金聲桓、李成棟反正，湖廣為之動搖。大順軍與明軍乘機反攻，連克靖州、永州、寶慶、常德、衡州、益陽、湘潭、湘鄉(xiāng)、衡山等地，包圍長沙，前鋒直達漢江北岸，幾乎收復了湖廣地區(qū)的全部失地。但是腐朽的桂王政府百般刁難、排擠大順軍，有的更企圖利用大順軍作為他們黨派斗爭的工具，這就給清軍以可乘之機。清軍大力圍剿，形勢逆轉(zhuǎn)。1650年，大順軍的戰(zhàn)斗力大受損失，原40萬農(nóng)民軍只剩下幾萬人。在抗清斗爭失利后，大順軍劉體純和袁宗第于1650年從湘西轉(zhuǎn)入到川東巫山地區(qū)，李過病死。1651年，高一功、李來亨和郝?lián)u旗在廣西北部會師后，經(jīng)湘黔邊界，轉(zhuǎn)移至川東一帶。高一功由廣西進入貴州的途中，受到孫可望的襲擊而戰(zhàn)死。余部在李來亨、賀錦等人的率領下由貴州向巴東進發(fā)。