臺灣各部分的土著民族宗教信仰與漢人不盡相同。他們多保持原始宗教信仰和祭祀儀式。荷蘭和西班牙殖民者侵占臺灣，曾強迫他們信仰天主教和基督教，但他們始終未改變對原始宗教的信仰。原始宗教信仰主要有以下幾方面。
(1) 靈魂觀念和祖先崇拜。土著族民眾認為，人有魂和魄，即為靈魂，靈魂附于人體，人能活動；靈魂脫離肉體人即死；惡神劫去人的靈魂，使人生病。人的靈魂不可滅，生時為生魂，死后為死魂。死魂有兩種，一是歸魂，即歸于靈界(那是快樂之界),二是不歸靈界而留人界的，稱“幽魂”,那是死于非命者或惡人死后的靈魂。有的人還有輪回觀念，甚至認為人死后不葬埋，其靈魂可附于其他動物身上，使人死后成為動物。土著族中有的還認為，人的靈魂中又以自己的祖先為中心，于是出現(xiàn)祖先崇拜。對祖先崇拜主要通過各種祭拜來表達自己的心情。祭拜除了祖先祭，還有通過占卜、禁忌等來表達。
(2) 對其他神靈的崇拜。土著族民眾除了崇拜祖先，也崇拜其他神靈，是謂多神信仰。在他們看來，神有善惡之分，善神給人帶來福，惡神給人帶來禍，所以祭善神為了祈求賜福，祭惡神為免災禍、去病痛。他們還認為，有時祖先死后會變成動物，因此也要崇拜動物。有的甚至認為樹木，各種雜物也都有靈魂也應成為崇拜對象。由于萬物皆有靈魂這個觀念的存在，于是產生種種迷信思想和行動。因為迷信，凡事都要問卜于神靈，開墾、出獵、建筑、祭祀、生病等都要占卜。占卜有鳥占、水占、竹占、草占、飯占等，遇旱祈雨，遇雨又祈晴。
(3) 與迷信一起的還有禁忌。土著族的禁忌形式眾多，舉不勝舉，大體可分為視覺上的禁忌、觸覺上的禁忌、行為上的禁忌和特殊禁忌。視覺禁忌如不可看動物交配。觸覺禁忌如不可接觸死者遺物，不可接觸神樹神物等。行為禁忌如不食動物的頭和尾，同族男女不相奸。特殊禁忌如女人忌用男人用的武器，不能進入男人會所等；男人忌用女人用的工具、家具等。孕婦的禁忌更多。禁忌中，當眾放屁、打噴嚏和摸小孩的頭，特別引人注目。有人當眾放屁受人指責是免不了的，而誰要打噴嚏了，表明不吉利，這一天就什么事都不可做，否則會有災難臨頭。摸小孩頭據說會使小孩癡呆甚至長不大。如此等等，雖然可笑，但已成習俗，人們只得遵守。