古木參天的孔林里，有許多奇異的景物和有趣的傳說，其中最奇特的莫過秦代“空墳”?！翱諌灐庇纸小坝秃t墓”、“牛欄墳”、“孝子墳”、“喜墳”。這種墳?zāi)箍谛⊙ù?，?nèi)置坐臥設(shè)備，供活人居住。相傳秦朝時人到六十要活埋，子女不愿活埋自己的父母，就挖這種“油簍墳”,讓老人住在里面，每天夜間子女用竹籃子吊著給老人送飯。另一種說法是，秦朝有一種刑罰叫“坑埋”,家中長者若觸犯刑律，處罰方式即坑埋?？资虾笠岵蝗逃H人被坑，花錢買通官吏，獲允回家自坑，于是便出現(xiàn)了“空墳住活人”的奇觀。當時孔氏家族中這種墳?zāi)购芏唷?br>孔林的風水被視為與“國運”攸關(guān)，“斷不可輕信更改”。光緒三十年(1904),津浦鐵路的勘測計劃中預(yù)定經(jīng)孔林西墻附近，因七十六代衍圣公孔令貽向朝廷呈文說鐵路將“震動圣墓”,“破壞圣脈”,結(jié)果只好讓鐵路繞個大彎，逶迤而行。
孔氏家族對孔子墓也有許多神奇的傳說，比如說，皇帝的墓一般是正北，因此只能是一朝一代的貴族；孔子的墳不是正北，而有點斜，所以能保住子子孫孫，使孔氏家族千年不衰。又說，孔子的墳上雜草不生，是因孔子死后有靈而顯圣的結(jié)果。
孔林里的水草木石都被認為是有靈性的。從前卜筮要使用蓍草，人們說用孔林里的蓍草占卜最靈驗，于是孔林里這種開白色小花的野草便成了算命先生夢寐以求的神物?？琢掷镞€遍地長著靈芝，林外卻一點不長?？琢掷锏牧钟蟾且唤^，這種野山芋可以充當糧食，人們說這是祖先的“恩德”,過去曾是孔府給皇宮的貢物。