南京，別稱金陵，為數(shù)代君王之居所。中華民國成立，亦設(shè)臨時政府于此。以后，歷經(jīng)北京政府和廣州、武漢國民政府之變遷，南京于北伐末期復(fù)為中華民國的首都。九一八事變后，日軍進(jìn)犯上海。國民政府迫于戰(zhàn)爭，一度遷都洛陽。盧溝橋烽火既起，國內(nèi)也有遷都之議。尤其是虹橋機場事端發(fā)生，正值國民政府召開國防會議，與會者再次提出遷都的建議。8月12日，國民黨中常會議決，撤銷1937年初設(shè)立的國防委員會，改建國防最高會議，推舉蔣介石為陸?？哲娍偹玖睿攒娛挛瘑T會為最高統(tǒng)帥部。14日，國防最高會議舉行會議，通過兩項決定：1. 外侮雖告急迫，政府仍在首都，不必遷移；2.對日抗戰(zhàn)，但言自衛(wèi)，不采取宣戰(zhàn)絕交等方式。同日，國民政府發(fā)表自衛(wèi)聲明，全面抗戰(zhàn)由茲形成。
最高國防會議的設(shè)立，表明國民政府的中樞機構(gòu)已不能適應(yīng)戰(zhàn)時需要，成為抗戰(zhàn)初期領(lǐng)導(dǎo)機構(gòu)改組與調(diào)整之嚆矢。以后，隨著戰(zhàn)局發(fā)展，國民政府的中樞領(lǐng)導(dǎo)權(quán)更加集中。8月中下旬，國防最高會議和國民黨中央常務(wù)委員會決定，授權(quán)蔣介石組織大本營，行使陸海空軍最高統(tǒng)帥權(quán)。國民黨中常會并議決，如戰(zhàn)時不能按期舉行會議，可由常委三人先行批辦，再呈常委會追認(rèn)；中央政治會議應(yīng)辦之事，也可先由政治委員會主席批行，再報請中央政治會議追認(rèn)。依照法律國防最高會議應(yīng)對中政會負(fù)責(zé)，其決議案要報告中政會，或送請中政會備案。但是，中政會因戰(zhàn)時人事紛繁，不能經(jīng)常開會。11月26日，國民黨中常會索性在未撤銷中政會的情況下，由國防最高會議代行中政會職權(quán)。
國民政府遷都的決策，是在10月中下旬作出的。抗戰(zhàn)爆發(fā)后，經(jīng)過三個多月的作戰(zhàn)，國民黨軍在北方相繼丟失河北、察哈爾、綏遠(yuǎn)和山西、河南北部地區(qū)，退向黃河沿岸。在上海，經(jīng)過“持久消耗”也漸漸不支，開始全線撤退。盡管國民政府對“國際干預(yù)”抱有很大希望，卻很難得到西方國家的實際支持。在戰(zhàn)事不能很快結(jié)束的情況下，國民政府被迫接受準(zhǔn)備長期抗戰(zhàn)的事實，對戰(zhàn)時策略進(jìn)行重新調(diào)整。10月下旬，蔣介石在國防最高會議上提出將國民政府遷移重慶，并將此舉與堅持長期抗戰(zhàn)結(jié)合起來，開始作遷都準(zhǔn)備。
重慶是一座山城，位于四川盆地東南，正當(dāng)嘉陵江與長江匯合之處，交通便利，商業(yè)發(fā)達(dá)，為西南地區(qū)的重鎮(zhèn)。國民政府作出遷都重慶的決策，主要基于以下考慮：其一，北方戰(zhàn)事發(fā)展，使遷都洛陽已不可能；其二，遷都西安距陜甘寧邊區(qū)過近，并且缺少拱衛(wèi)之屏障；其三，四川四面環(huán)山，一條大江直抵中原，若挾地勢之利，便可抵御日軍入侵；其四，四川號稱“天府之國”,物產(chǎn)豐富，可以支持長期抗戰(zhàn)。可見，遷都重慶是符合當(dāng)時國民黨戰(zhàn)略需要的。
同年11月初，日軍在杭州灣登陸，完全撕開淞滬戰(zhàn)場防線。中旬，太原和上海相繼淪陷，國民黨軍紛紛向江蘇、浙江、安徽等地撤退，南京形勢危殆。16日，林森率國民政府部分成員首批向重慶遷移。20日，國民政府鄭重發(fā)表《遷都宣言》稱：“自盧溝橋事變以來，平津淪陷，戰(zhàn)事蔓延，國民政府鑒于暴日無止境之侵略，爰決定抗戰(zhàn)自衛(wèi)，全國民眾，敵愾同仇，全體將士，忠勇奮發(fā)，被侵各省，均有極急劇之奮斗，極壯烈之犧牲，而淞滬一隅，抗戰(zhàn)亙于三月，各地將士，聞義赴難，朝命夕至，其在前線，以血肉之軀筑成壕塹，有死無退，暴日傾其海陸空軍之力，連環(huán)攻擊，陣地雖化煨燼，軍心仍如金石，臨陣之勇，死事之烈，實足昭示民族獨立之精神，而奠定中華復(fù)興之基礎(chǔ)。邇者，暴日更肆貪黷，分兵西進(jìn)，逼我首都，察其用意，無非欲挾其暴力，要我為城下之盟，殊不知我國自決定抗戰(zhàn)自衛(wèi)之日，即已深知此為最后關(guān)頭，為國家生命計，為民族人格計，為國際信義與世界和平計，皆已無屈服之余地，凡有血氣，無不具寧為玉碎不為瓦全之決心，國民政府茲為適應(yīng)戰(zhàn)況，統(tǒng)籌全局，長期抗戰(zhàn)起見，本日移駐重慶，此后將以更大之規(guī)模，從事更持久之戰(zhàn)斗，以中華人民之眾，土地之廣，人人本必死之決心，以其熱血與土地凝結(jié)為一，任何暴力不能使之分離，外得國際之同情，內(nèi)有民眾之團結(jié)，繼續(xù)抵抗，必能達(dá)到維護國家民族生存獨立之目的，特此宣言，惟共勉之。”①南京失陷前夕，國民政府宣布于12月1日在重慶國府路辦公。7日，國民黨中央黨部也遷抵重慶曾家?guī)r。從此，重慶成為戰(zhàn)時陪都。
由于處在戰(zhàn)時條件下，國民政府遷都的情況比較復(fù)雜。最初，遷到重慶的只是國民政府和中央黨部兩個機關(guān)，國民黨的實際領(lǐng)導(dǎo)中心則先由南京遷到武漢，經(jīng)過武漢會戰(zhàn)以后才分路移向重慶，大致經(jīng)過了一年時間。這樣做的原因主要有兩點：一是戰(zhàn)時國民黨的領(lǐng)導(dǎo)中樞出現(xiàn)位移，黨務(wù)和行政工作要為軍事服務(wù)。自1937年11月，國防最高會議成為代替中政會的全國軍政最高決策機構(gòu)，蔣介石便集黨政軍大權(quán)于一身。武漢會戰(zhàn)中，蔣坐鎮(zhèn)武漢指揮軍事，國民政府各機關(guān)實際上也在武漢辦公，未真正遷至重慶；二是四川的情況復(fù)雜， 自護法以來，軍閥割據(jù)，戰(zhàn)亂頻仍，尤其是多年形成“川人治川”的局面，排外趨向比較嚴(yán)重，更反對外省人主持川政，以致政局尚未完全穩(wěn)定。為此，國民黨中央和國民政府在抗戰(zhàn)的同時，一面加強中央集權(quán)和地方機構(gòu)調(diào)整，一面改組四川省政府，并注意協(xié)調(diào)川軍各派的矛盾，為全面遷都做準(zhǔn)備。
1938年元旦，國民政府改組行政院，以孔祥熙為院長，張群為副院長，免教育、交通、鐵道部原部長職，分別由陳立夫、張嘉璈、翁文灝繼之。同時，為推進(jìn)軍事、經(jīng)濟及組織民眾工作，決定擴大國防參議會，將委員名額由30人增至75人。
1月10日，國防最高會議常務(wù)委員會通過決議，充實軍事委員，特任何應(yīng)欽兼軍事委員會參謀總長，白崇禧兼副參謀總長，徐永昌為軍令部長，白崇禧為軍訓(xùn)部長，陳誠為政治部長。
11日，軍委會召開開封會議，蔣介石在會上報告《抗戰(zhàn)檢討與必勝要訣》,撤職并逮捕了不遵命令，擅棄國土的第三集團軍總司令兼山東省主席韓復(fù)榘，以正軍威。
17日，國民政府修正公布《軍事委員會組織大綱》,對軍委會實行改組。改組后，軍委會設(shè)軍令、軍政、軍訓(xùn)、政治四部，航空委員會、后方勤務(wù)部及辦公廳依舊。蔣介石任委員長，何應(yīng)欽任參謀總長，以程潛為第一戰(zhàn)區(qū)司令長官，轄平漢方面；以閻錫山為第二戰(zhàn)區(qū)司令長官，轄山西方面；以顧祝同為第三戰(zhàn)區(qū)司令長官，轄蘇浙方面；以何應(yīng)欽兼第四戰(zhàn)區(qū)司令長官，余漢謀副之，轄兩廣方面；以李宗仁為第五戰(zhàn)區(qū)司令長官，轄津浦方面，以蔣介石兼第八戰(zhàn)區(qū)司令長官，朱紹良副之，轄甘寧青方面。以陳誠為武漢衛(wèi)戍總司令、蔣鼎文為西安行營主任、陳儀為福建綏靖公署主任。
2月6日，軍委會成立政治部，部長陳誠，副部長周恩來、黃琪翔，秘書長張厲生，第一、第二、第三廳廳長分由賀衷寒、康澤、郭沫若擔(dān)任。
為進(jìn)一步加強中央集權(quán)，國民黨于1938年3月29日至4月1日在武昌召開臨時全國代表大會，通過《抗戰(zhàn)建國綱領(lǐng)》,并對國民黨的領(lǐng)導(dǎo)體制作了重大改變?！犊箲?zhàn)建國綱領(lǐng)》是國民黨在抗戰(zhàn)時期的施政綱領(lǐng)，除前言外，分總則、外交、軍事、政治、經(jīng)濟、民眾運動、教育7項，共32條。前言提出“抗戰(zhàn)必勝，建國必成”的口號?？倓t規(guī)定，以三民主義為最高準(zhǔn)繩，全國抗戰(zhàn)力量必須置于國民黨領(lǐng)導(dǎo)之下。在外交一項中，提出“獨立自主”與“和平正義”的原則，“聯(lián)合一切反對日本帝國主義侵略之勢力，制止日本侵略”,明確否認(rèn)日軍以武力在中國炮制的“一切偽政治組織”,在軍事一項中，提出加緊軍隊政治訓(xùn)練和民眾武力訓(xùn)練，并“援助各地武裝人民”,開展敵后游擊戰(zhàn)爭。在政治一項中，提出改善政治機構(gòu)以適合戰(zhàn)時需要，嚴(yán)懲貪官污吏和“不忠職守，貽誤抗戰(zhàn)者”,并組織國民參政機關(guān)和“加速完成地方自治”。在經(jīng)濟一項中，提出“以軍事為中心”,發(fā)展農(nóng)業(yè)、工礦業(yè)和手工業(yè)，實行計劃經(jīng)濟，推行戰(zhàn)時稅制，改革財務(wù)行政，加強對商業(yè)和進(jìn)出口貿(mào)易的管理，整理發(fā)展交通事業(yè)”,“注意改善人民生活”。在民眾運動一項中，提出在一定范圍內(nèi)發(fā)動民眾抗日，組織群眾團體。在教育一項中，提出實行戰(zhàn)時教育，訓(xùn)練青年、婦女和各種專門技術(shù)人員，“以應(yīng)抗戰(zhàn)需要”。②
國民黨臨代會對領(lǐng)導(dǎo)體制的變更，突出的是在全黨確立了領(lǐng)袖總裁制，改變了自孫中山開始的“總理制”。大會通過的國民黨黨章，規(guī)定國民黨設(shè)總裁一人，副總裁一人，由全國代表大會選舉產(chǎn)生，以代行總理職權(quán)。國民黨的總理制，在1924年1月國民黨一大時已有規(guī)定：孫中山為總理，黨員必須服從總理指導(dǎo)，總理為全國代表大會及中央執(zhí)行委員會主席，對全國代表大會的決議有復(fù)議權(quán)，對中央執(zhí)行委員會的決議有最后決定權(quán)。總理制原是因?qū)O中山在國民黨內(nèi)的地位和威信而立，“舍中山先生存在外，無總理制存在”。因此，孫中山逝世后不再設(shè)總理。國民黨臨代會通過設(shè)立總裁制，選舉蔣介石為總裁，汪精衛(wèi)為副總裁，規(guī)定中央常務(wù)委員會會議由總裁主持，大會閉幕期間常委會對總裁負(fù)責(zé)；中央執(zhí)行委員會下設(shè)的黨務(wù)委員會和政治委員會的一切議案，由總裁最后決定；兩委員會的委員由總裁提名交中央執(zhí)行委員會通過；中央執(zhí)行委員會的秘書長，各部部長、副部長及委員會的主任委員，均由總裁提經(jīng)中央執(zhí)行委員會通過。這就使國民黨的黨權(quán)更加高度集中，使總裁成為與總理完全相等，凌駕于國民黨一切組織上的領(lǐng)袖，從而將國民黨一黨專政發(fā)展為個人獨裁。
4月6日至8日，國民黨召開五屆四中全會，組成總裁領(lǐng)導(dǎo)下的國民黨中央黨部，中央常務(wù)委員會有丁惟汾、居正、于右任、戴季陶、孔祥熙、孫科、閻錫山、馮玉祥、葉楚傖、鄒魯、陳果夫、何應(yīng)欽、李文范、白崇禧、陳公博共15人。組織部長張厲生，宣傳部長顧孟馀、社會部長陳立夫，海外部長陳樹人，秘書長兼黨務(wù)委員會主任朱家驊。
在加強中央集權(quán)的同時，國民黨中央和國民政府對各地政府也進(jìn)行了變更和調(diào)整。從1937年11月至1938年3月，相繼改組了湖南、湖北、貴州、安徽、江蘇、浙江、山東、四川、青海等省政府。其中，對四川省政府的改組，波折起伏，反復(fù)最大，與國民政府遷都的關(guān)系最為密切。
四川地跨青藏高原東緣及四川盆地，其東部古有蜀郡、蜀國，故簡稱蜀。境內(nèi)群峰環(huán)抱，土地肥沃，氣候溫濕，極宜農(nóng)林業(yè)發(fā)展，物產(chǎn)十分豐饒，鐵、煤、天然氣、磷等礦產(chǎn)資源豐富，素稱“天府”。由于地理條件比較特殊，四川與東部地區(qū)聯(lián)系較少，川人排外心理也比較明顯。 自辛亥以后，四川長期處于軍閥割據(jù)混戰(zhàn)的局面中，先是滇人、黔人治川，后是川人治川，至1933年劉湘和劉文輝混戰(zhàn)，四川共進(jìn)行軍閥之戰(zhàn)四百七十余次。在“二劉之戰(zhàn)”中，劉湘以蔣介石為后臺，打敗劉文輝而獨霸全川。隨后，國民黨軍借追堵紅軍之名逐漸侵入川軍防地，進(jìn)而對川軍各部進(jìn)行統(tǒng)一編制。盧溝橋事變后，劉湘通電全國抗日。8月，他參加南京國防會議，表示四川可以“出兵30萬，供給壯丁500萬和糧食若干萬石”。9月，劉湘被委任為第七戰(zhàn)區(qū)司令長官，負(fù)責(zé)長江下游津浦、江浙之間作戰(zhàn)，川軍先頭部隊陸續(xù)離川抗日。川康綏靖主任一職由總參議鐘體乾代理，省主席由原秘書長鄧漢祥代理，四川局勢開始動蕩。11月20日，國民政府發(fā)表移駐重慶宣言。21日，劉湘代表全省民眾致電國民政府主席林森，稱“頃讀我政府宣言，知為適應(yīng)戰(zhàn)況，長期抗戰(zhàn)起見，移駐重慶。有此堅決之表示，益昭抗日之精神；復(fù)興既得根據(jù)，勝負(fù)終自我操，不特可得國際之同情，抑且愈勵川民之忠愛。欣誦之余，謹(jǐn)率7000萬人，翹首歡迎……”③孰料，劉湘于24日在南京突然生病，急轉(zhuǎn)入漢口萬國醫(yī)院，至1938年1月，死于漢口。劉湘死后，蔣介石認(rèn)為川軍各部將領(lǐng)大部已被分化、收買，四川已是群龍無首，遂以國民政府名義發(fā)表明令，任命張群為四川省政府主席，卻遭到四川省保安處長、代理全川保安司令王陵基等反對。劉湘部隊中的核心組織——武德學(xué)友會約請鐘體乾、張舟、彭煥章等商議，認(rèn)為蔣不與四川有關(guān)人士商洽，即任命張群來川是趁火打劫。于是，他們組織成都全城張貼反對張群來川的標(biāo)語，并舉行示威游行。劉湘部師長彭煥章領(lǐng)銜，率留守四川的17名旅長聯(lián)名電蔣，請收回任命張群為四川省主席的成命，使蔣頗感震驚。蔣介石考慮到：四川已成為抗戰(zhàn)的大后方，若是動蕩不安，國民政府便無法在四川存在，再者，國民黨的勢力在四川尚很單薄，無力左右四川政局。于是，他采取了緩沖的辦法，一面致電四川省府秘書長鄧漢祥，囑張主席未到任以前暫代省府事務(wù)，一面復(fù)電彭煥章等“劉故主席部屬即中正之部屬，決一視同仁，希各安心”。為分化川軍，蔣發(fā)表以總參議鐘體乾暫代川康綏靖公署主任，還派傅常、劉航琛、盧作孚回成都疏通，對川軍高級將領(lǐng)分別給予撫慰。結(jié)果，傅、劉、盧的疏通不僅沒有效果，還激化了四川將領(lǐng)的誤解。蔣介石見張群不能入川，遂擬改任重慶行營主任顧祝同繼張群主持川政。
顧祝同對入川主政頗費腦筋：成都為劉湘部隊控制，劉文輝和鄧錫侯的留川部隊又與劉湘部形成一致對外的局面，很不好對付。于是，他通過第四十三軍軍長郭汝棟向劉湘系統(tǒng)的實力派潘文華疏通。潘赴成都找到鐘體乾和喬毅夫，獲悉這次反對張群就是反對蔣介石，也覺得難辦。后來，他索性尊重鐘體乾的意見，買通劉湘夫人劉書周，被指定為劉湘的繼承人。潘文華不僅得到彭煥章等川軍將領(lǐng)的支持，還當(dāng)上了武德學(xué)友會會長。
蔣介石直接控制四川政局不成，便千方百計分化劉湘的嫡系，封官許愿收買川軍各將領(lǐng)。3月2日，蔣以國民政府名義委鄧錫侯為川康綏靖公署主任；16日，潘文華升任第二十八集團軍總司令；第四十四軍軍長王纘緒升任第二十九集團軍總司令；23日，王陵基也被委任為第三十集團軍總司令。對劉文輝，蔣先派為重慶行轅副主任，繼而委為西康建省委員會委員長。經(jīng)過對川軍實力派的安撫，四川局勢逐漸穩(wěn)定下來。
此后，王纘緒獲得潘文華的支持，謀取四川省主席一職。由于川軍態(tài)度堅決，蔣介石被迫打消由顧祝同主川的念頭。4月中旬，蔣介石在漢口召集會議，決定派賀國光為四川省主席，再遭川軍反對。漢口、成都的四川軍政人員連電蔣介石，反對賀國光赴任。同時，王纘緒也四處活動，獲得蔣的信任，被準(zhǔn)代理四川省政府主席。
4月26日，國民政府行政院議決，張主席一時不克赴川就職，改派王纘緒代理四川省政府主席。8月1日，行政院決定正式改組四川省政府，議決：1.四川省政府委員兼主席張群呈請辭職，應(yīng)予照準(zhǔn)；2.任命四川省政府委員兼代理主席王纘緒兼任四川省政府主席。同日，國民政府軍委會委任張群為軍委會委員長重慶行營主任。隨后，川軍實力派相繼聲明，表示擁護中央。至此，國民政府才真正穩(wěn)定了四川的政局。
8月1日，汪精衛(wèi)在武漢宣布國民黨中央的決定：中央黨部及國民政府各院、部、會駐武漢辦事處一律撤銷，限期遷移重慶。 自4日起，國民黨中央和國民政府駐漢口各機關(guān)開始遷至重慶辦公，至年底遷都工作全部完成。