國(guó)民政府是在北洋軍閥割據(jù)的基礎(chǔ)上建立起來(lái)的，一直處于半分裂狀態(tài)，派系林立，斗爭(zhēng)激烈，惟在表面上還維持著統(tǒng)一的名號(hào)。到日本投降后的國(guó)共決戰(zhàn)時(shí)期，隨著國(guó)民黨軍隊(duì)的迅速潰敗，這種表面上統(tǒng)一的格局也維持不下去了。1948年秋季以來(lái)，中共軍隊(duì)相繼占領(lǐng)東北、華北，直逼長(zhǎng)江北岸。國(guó)民黨統(tǒng)治集團(tuán)內(nèi)部主和之聲愈喊愈烈，桂系乘機(jī)逼蔣下臺(tái)。美國(guó)政府眼見(jiàn)援助泡湯，也想棄蔣換李。1949年1月21日，蔣介石宣告下野，由副總統(tǒng)李宗仁代行總統(tǒng)職權(quán)。蔣的下野，使得本已矛盾重重的國(guó)民政府更加四分五裂，最明顯的是總統(tǒng)府與行政院的分裂、代總統(tǒng)與引退總統(tǒng)的分裂以及由此引起的各個(gè)派系、各個(gè)機(jī)構(gòu)的分裂。
李宗仁一上臺(tái)，就遇到行政院長(zhǎng)孫科的抵制。
孫科在1948年4月競(jìng)選副總統(tǒng)時(shí)被對(duì)手李宗仁擊敗，同年12月接替翁文灝為行政院長(zhǎng)。他一直在尋找機(jī)會(huì)，報(bào)復(fù)李宗仁。李宗仁一上臺(tái)，就想改組內(nèi)閣，刷新內(nèi)政，希望張治中任行政院長(zhǎng)。當(dāng)張拒絕時(shí)，又幻想宋慶齡擔(dān)任。
1949年1月24日，李宗仁命令行政院辦理七件事，其中包括如取消戒嚴(yán)令、釋放政治犯、停止特務(wù)活動(dòng)等，以表示與共產(chǎn)黨談判的誠(chéng)意。孫科表面上都接受，但不同意取消戒嚴(yán)令。27日，李宗仁致電毛澤東，同意中共所提八項(xiàng)條件作為和談基礎(chǔ)，此事未與孫科商量。孫科組閣時(shí)，曾主張爭(zhēng)取“光榮的和平”,要求共產(chǎn)黨無(wú)條件停戰(zhàn)才能談判，因此對(duì)李宗仁的這一做法十分惱火。28至29日，他鼓動(dòng)內(nèi)閣要員悄悄離開(kāi)南京，趕赴上海。29日是農(nóng)歷初一，留在南京與李宗仁度歲的國(guó)民黨元老僅有監(jiān)察院院長(zhǎng)于右任、前司法院院長(zhǎng)居正兩人。
2月1日，李宗仁到上海挽留孫科內(nèi)閣返回南京，期冀府院一致，共支危局。孫科卻說(shuō)，行政院已決議遷往廣州。就在此日，蔣介石令國(guó)民黨中央黨部遷往廣州辦公，并與行政院密切聯(lián)系。5日，行政院及其各部正式遷至廣州。陳立夫也促使CC派立法委員步其后塵，凡立委愿赴穗者，許以船票一張，美金百元，每月特別津貼300元港幣，立法院終在廣州復(fù)會(huì)。不過(guò)，多數(shù)立委仍留在上海，支持李宗仁。各國(guó)駐華大使也多留在南京，只有蘇聯(lián)大使到了廣州。
孫科到廣州后，就與李宗仁唱起對(duì)臺(tái)戲，聲稱對(duì)政府的過(guò)去應(yīng)重新檢討，反對(duì)李宗仁的和談聲明。雙方爭(zhēng)執(zhí)不休，混亂非常。在美國(guó)，各種關(guān)于中國(guó)的新聞報(bào)道已轉(zhuǎn)向府院分裂的話題。國(guó)民黨駐美官員與行政院各部的聯(lián)系都出現(xiàn)了困難。軍事機(jī)構(gòu)也跟著亂了陣腳，駐美空軍購(gòu)料委員會(huì)主任毛邦初“連當(dāng)時(shí)國(guó)防部的下落也無(wú)從得知。他既不了解國(guó)防部是在南京、廣州抑或在其他地方，也不清楚誰(shuí)在當(dāng)國(guó)防部長(zhǎng)”①。
李宗仁仍繼續(xù)催促行政院回南京，以維護(hù)代總統(tǒng)的統(tǒng)治地位。2月8日，廣西省政府主席黃旭初攜李宗仁函訪孫科，促其返京。他還廣泛聯(lián)絡(luò)粵系將領(lǐng)張發(fā)奎、余漢謀、薛岳、陳濟(jì)棠等，主張罷免孫科，改組行政院。海南特別區(qū)行政長(zhǎng)官李漢魂到南京，做了總統(tǒng)府的參軍長(zhǎng)。12日，李宗仁又派監(jiān)察院長(zhǎng)于右任、立法院長(zhǎng)童冠賢勸孫科返京。14日，命令行政院回京。孫科一而再再而三地表示拒絕。在上海的立法委員聯(lián)名電責(zé)孫科瀆職，監(jiān)察院首先在南京復(fù)會(huì)。上海、南京輿論界都要求立法院在南京復(fù)會(huì)，行政院返京辦公。17日，閻錫山到溪口見(jiàn)蔣，建議在國(guó)府與政院之外另選一人擔(dān)任中央政治委員會(huì)代委員長(zhǎng)，調(diào)劑府院沖突。蔣介石說(shuō)，既然李宗仁有意調(diào)換孫科，就由其決定人選，用不著設(shè)代委員長(zhǎng)。行政院機(jī)構(gòu)仍在廣州，各部主管駐南京，立法院也應(yīng)設(shè)在廣州。20日，李宗仁突飛廣州，與孫科當(dāng)面會(huì)談，又經(jīng)過(guò)張發(fā)奎、余漢謀、薛岳、陳濟(jì)棠從旁施加壓力，孫科被迫同意將行政院遷回南京。28日，行政院又回到南京。
監(jiān)察院對(duì)孫科“敝眷”藍(lán)妮的顏料案，②準(zhǔn)備提出彈劾。立法院也要于3月8日的院會(huì)中對(duì)孫科提出“質(zhì)詢”,要其答復(fù)擅自把行政院遷往廣州的罪行。孫科被迫于3月8日辭職。
孫科辭職后，李宗仁決定顧孟余、何應(yīng)欽和居正為行政院長(zhǎng)前三名繼任人選，依次提出征求。顧孟余無(wú)心擔(dān)任，何應(yīng)欽也不敢拜命。何認(rèn)為此事關(guān)系重大，須征得蔣介石的同意。蔣同意后，何又建議以黃少谷為行政院秘書(shū)長(zhǎng)，借以表示自己愿意受蔣監(jiān)督。何當(dāng)行政院長(zhǎng)期間，白崇禧說(shuō)他“真像一個(gè)童養(yǎng)媳，他在老蔣這個(gè)惡家婆面前，時(shí)刻心驚膽戰(zhàn)，嚇得發(fā)抖”③。
何應(yīng)欽組閣遇到前所未有的難題。李宗仁已請(qǐng)立法院裁掉五個(gè)部，只留八個(gè)部和兩個(gè)委員會(huì)，藉示精簡(jiǎn)，但仍找不到人當(dāng)部長(zhǎng)，因?yàn)榫謩?shì)艱難，無(wú)人愿跳火坑。如財(cái)政部，前部長(zhǎng)徐堪已辭職，不愿再回來(lái)，著名銀行家陳光甫、張公權(quán)也拒絕擔(dān)任。經(jīng)過(guò)李宗仁等做工作，中央銀行總裁劉攻蕓才接受此職。原擬由薛篤弼當(dāng)行政院副院長(zhǎng)，薛薦賈景德以自代；擬由梅貽琦任教育部長(zhǎng)，梅薦杭立武代替。費(fèi)了不少周折，何應(yīng)欽內(nèi)閣才勉強(qiáng)成立。
如果說(shuō)李宗仁與孫科的分裂隨著孫科的倒臺(tái)而結(jié)束，那么他與下野總統(tǒng)蔣介石的矛盾則貫穿始終。
蔣介石是迫于形勢(shì)才從臺(tái)前退居幕后的，但他的下野是暫時(shí)的，更不是辭職。他表面上倘佯于故里溪口的山水之間，一副頤養(yǎng)天年的架勢(shì)，實(shí)際上從未停止對(duì)軍政要人和軍政大事的操縱和指揮。為此，在溪口設(shè)七部電臺(tái)，供其遙控。李宗仁身邊的衛(wèi)士，也都是蔣介石的人，以便監(jiān)視。外交部長(zhǎng)吳鐵城坦白地承認(rèn)：“一個(gè)當(dāng)權(quán)這么久的人要他一下子就袖手不管，這是困難的。”④
蔣介石仍擔(dān)任國(guó)民黨總裁，可以“以黨控政”。1949年1月24日，國(guó)民黨中央執(zhí)行委員會(huì)向黨內(nèi)發(fā)出秘密指示：“無(wú)論總裁行止如何，全黨同志均應(yīng)竭誠(chéng)盡力，接受領(lǐng)導(dǎo)，繼續(xù)奮斗。”⑤
蔣介石給李宗仁出的第一道難題是，將國(guó)庫(kù)所存大量的金銀外匯運(yùn)往臺(tái)灣，使李宗仁上臺(tái)后，手頭上一文不名。
蔣介石在下野之前，就有大陸不保，退守臺(tái)灣的打算。1948年12月底，蔣介石令行政院長(zhǎng)孫科任陳誠(chéng)為臺(tái)灣省主席，授以退守臺(tái)灣的準(zhǔn)備工作。蔣直接命令中央銀行總裁俞鴻鈞秘密將庫(kù)存的金銀美鈔押運(yùn)臺(tái)灣，既未通知政府，也沒(méi)有通知財(cái)政部。據(jù)當(dāng)時(shí)監(jiān)察院財(cái)政委員會(huì)秘密會(huì)議報(bào)告，以中國(guó)公開(kāi)市場(chǎng)價(jià)格計(jì)算，庫(kù)存金鈔共值3.3億美元。到2月10日，除留給湯恩伯20萬(wàn)兩黃金作為軍費(fèi)，幾乎全部運(yùn)往臺(tái)灣和廈門，蔣介石還手令提取中國(guó)銀行所存美金1 000萬(wàn)，匯交駐美空軍購(gòu)料委員會(huì)主任毛邦初，囑毛將該款以及毛在紐約中國(guó)銀行的余款，改以毛的私人名義存入美國(guó)銀行。
李宗仁多次命行政院飭財(cái)政部將運(yùn)臺(tái)的金鈔運(yùn)回一部分備用。陳誠(chéng)受蔣介石暗示，充耳不聞，無(wú)言抗命。因救窮乏術(shù)，國(guó)民政府惟有大量印發(fā)早已一文不值的金圓券，幣價(jià)貶值更一瀉千里。李宗仁寄望于增加美援，司徒雷登表示拒絕，他認(rèn)為中國(guó)政府內(nèi)部不團(tuán)結(jié)，李與孫科相互扯皮，蔣介石又在幕后操縱，不能援助如此缺乏效能的政府。
李宗仁上臺(tái)后，想釋放張學(xué)良和楊虎城，指飭參謀總長(zhǎng)顧祝同辦理。但誰(shuí)都知道，蔣介石是不準(zhǔn)別人過(guò)問(wèn)這件事的。顧祝同將球踢到陳誠(chéng)和重慶綏靖公署主任張群那里。陳、張也都借口囚禁張、楊是保密局主管，它直接聽(tīng)命于蔣介石，非地方當(dāng)局所能過(guò)問(wèn)，只好作罷。
至于孫科內(nèi)閣南遷廣州，與李宗仁對(duì)著干，也是受蔣介石指使。直至行政院遷回南京以前，國(guó)民政府出現(xiàn)了“一國(guó)三公”的奇觀。
浙江省政府主席陳儀被撤職逮捕，也是蔣介石幕后操縱。湯恩伯告陳儀通共，蔣介石令湯將陳儀拘押撤職，由湯部第七十五軍軍長(zhǎng)周碞接替。近在咫尺的李宗仁是報(bào)紙刊出此事才知道的，行政院長(zhǎng)孫科也不知內(nèi)情。事后，蔣介石命孫科在行政院會(huì)議上提出追認(rèn)。李宗仁認(rèn)為，身為京滬杭警備總司令的湯恩伯無(wú)權(quán)拘捕和撤換省主席，擬查明事實(shí)，嚴(yán)辦湯恩伯。孫科、何應(yīng)欽等文武官員紛紛來(lái)勸，說(shuō)湯是按蔣介石旨意辦的，查辦他豈不是不給蔣介石面子，與蔣鬧翻了，事情更不好辦。李宗仁只好忍氣吞聲，不了了之。
對(duì)于國(guó)共北平談判，蔣介石更為關(guān)注。行政院長(zhǎng)何應(yīng)欽主持制定了和談腹案，國(guó)民黨和談代表團(tuán)首席代表張治中在李宗仁不太樂(lè)意的情況下，赴溪口請(qǐng)求蔣介石。張認(rèn)為蔣是國(guó)民黨總裁，有請(qǐng)示的必要。在和談期間，沒(méi)有蔣的同意，李宗仁不敢發(fā)表定奪意見(jiàn)。
蔣介石對(duì)軍事控制甚緊。在下野前，就調(diào)整人事，任湯恩伯為京滬杭警備司令部總司令，張群為重慶綏靖公署主任，朱紹良為福州綏靖公署主任，余漢謀為廣州綏靖公署主任，陳誠(chéng)為臺(tái)灣省政府主席兼警備司令，薛岳為廣東省政府主席。蔣介石將京滬杭武裝力量掌握在自己手里，使李宗仁當(dāng)代總統(tǒng)后仍在其勢(shì)力范圍內(nèi)受其控制。參謀總長(zhǎng)顧祝同在李宗仁上臺(tái)后仍聽(tīng)命于蔣介石的指揮。李宗仁在2月份宴請(qǐng)高級(jí)軍政人員，一席未終，顧祝同先后接了三次溪口的電話，“由此可見(jiàn)蔣先生對(duì)各項(xiàng)軍政大事控制的嚴(yán)密”⑥。
在長(zhǎng)江防衛(wèi)戰(zhàn)上，蔣介石及其心腹根本不聽(tīng)他人意見(jiàn)，一意孤行。蔣的作戰(zhàn)計(jì)劃是以長(zhǎng)江防線為外圍，以京滬杭三角地帶為重點(diǎn)，以淞滬為核心，與臺(tái)灣遙相呼應(yīng)。他命令湯恩伯將江寧要塞的大炮秘密拆運(yùn)上海，把主力部隊(duì)置于鎮(zhèn)江以東。國(guó)防部曾就守江計(jì)劃展開(kāi)討論，李宗仁應(yīng)邀列席。作戰(zhàn)廳長(zhǎng)蔡文治提出，江防主力應(yīng)自南京向上下游延伸，江陰以下江面極闊，不易偷渡，故不必用重兵防守。李宗仁、顧祝同與何應(yīng)欽均表贊同。湯恩伯卻聲言，這種方案大違總裁意旨，應(yīng)當(dāng)以上海為中心，集中防守江陰以下地段。蔡文治認(rèn)為此屬自殺戰(zhàn)略，并以李宗仁、何應(yīng)欽和顧祝同同意作戰(zhàn)廳方案壓湯。湯恩伯厲聲喊叫，總裁怎么吩咐就怎么做，聲言槍斃蔡文治再說(shuō)。李宗仁有心撤換湯恩伯，但何應(yīng)欽、顧祝同不敢這樣做。
4月22日，在南京馬上就要失守之際，李宗仁赴杭州參加蔣介石召集的會(huì)議。行前，李宗仁與白崇禧商議向蔣攤牌，即蔣介石既已引退，應(yīng)將人事權(quán)、指揮權(quán)和財(cái)權(quán)全部交出。蔣介石仍假意支持李宗仁的領(lǐng)導(dǎo)，李說(shuō)：“現(xiàn)在這種政出多門，一國(guó)三公的情形，誰(shuí)也不能做事，我如何能領(lǐng)導(dǎo)？!”⑦蔣滿口答應(yīng)李的各種要求，李宗仁礙著面子沒(méi)再說(shuō)別的。
南京失守后，行政院、國(guó)防部及其他官員紛紛南下廣州。李宗仁認(rèn)為，政府不管遷往何處，終要受蔣介石的控制，因此直接飛往桂林。居正、閻錫山、朱家驊、陳濟(jì)棠等來(lái)桂催促李宗仁赴穗，蔣介石又答應(yīng)交出一切權(quán)力，五年之內(nèi)不復(fù)過(guò)問(wèn)政治。5月7日，李宗仁飛赴廣州。但蔣介石所開(kāi)的仍是空頭支票，根本不與李宗仁合作。行政院派副院長(zhǎng)朱家驊兩度飛臺(tái)謁蔣，要求動(dòng)用存臺(tái)的金鈔，以安定金融，均無(wú)結(jié)果。立法院又一次分裂，立委有三分之一在廣州，三分之一在臺(tái)灣，分開(kāi)的兩處各自都能達(dá)到法定人數(shù)，都能舉行立法院會(huì)議。
在戰(zhàn)事上，蔣介石繼續(xù)操縱嫡系部隊(duì)的行動(dòng)。國(guó)防部重新厘定華中戰(zhàn)區(qū)的作戰(zhàn)地境，擬將江西劃歸白崇禧指揮。蔣介石卻強(qiáng)迫國(guó)防部另成立一個(gè)東南軍政長(zhǎng)官公署，由陳誠(chéng)負(fù)責(zé)，江西歸其指揮。當(dāng)中共軍隊(duì)進(jìn)入浙西、贛東一帶，有南下切斷浙贛路的跡象時(shí)，白崇禧商承國(guó)防部同意，命駐守上饒的胡璉兵團(tuán)撤往贛江上游地區(qū)，協(xié)同華中區(qū)白崇禧作戰(zhàn)，并劃歸其指揮。胡璉卻奉蔣介石密令，南退潮汕，以保存實(shí)力。劉安琪兵團(tuán)擅自從青島撤往海南島，國(guó)防部連電北調(diào)，劉抗不從命。湯恩伯部撤守上海后，退入舟山、大陳，也不奉命入粵。蔣介石將防衛(wèi)重點(diǎn)放在沿海據(jù)點(diǎn)，而非廣州。何應(yīng)欽命長(zhǎng)沙的宋希濂部撤至常德、芷江一帶，作為華中區(qū)部隊(duì)的左翼，阻止林彪部隊(duì)南下。宋希濂竟聽(tīng)蔣介石的命令，將部隊(duì)撤至鄂川邊境的恩施，說(shuō)根本不知道什么行政院長(zhǎng)、國(guó)防部長(zhǎng)，氣得何應(yīng)欽面孔發(fā)紫。
何應(yīng)欽對(duì)蔣介石的操縱很不滿意，又不敢絲毫違背，加以政治、經(jīng)濟(jì)諸多問(wèn)題無(wú)法解決，遂堅(jiān)請(qǐng)辭職。6月2日，閻錫山繼任行政院長(zhǎng)。徐堪重主財(cái)政部，7月初主持發(fā)行銀元券，計(jì)劃以臺(tái)灣的庫(kù)存作銀元券的兌換準(zhǔn)備金，又被蔣拒絕。李宗仁鑒于駐美大使顧維鈞受蔣指揮，未能解決美援問(wèn)題，就派甘介侯為私人代表赴美，與美國(guó)政府直接交涉。因各有其主，顧維鈞與甘介侯時(shí)相爭(zhēng)斗。蔣經(jīng)國(guó)對(duì)李宗仁的做法甚是不滿，罵甘介侯“在美國(guó)公然對(duì)父親多方誹謗，并羅致一切不滿分子，從事所謂‘反蔣’工作，以破壞美國(guó)對(duì)我政府之支援”⑧。閻錫山也派潘朝英為私人代表赴美，替他工作。廣州國(guó)民政府又出現(xiàn)一個(gè)“一國(guó)三公”的局面。美國(guó)國(guó)務(wù)院認(rèn)為：“廣州政局分裂已在華盛頓反映出來(lái)。每個(gè)中國(guó)領(lǐng)袖在華盛頓都派駐有自己的特別代表，分頭去拜訪美國(guó)政府和國(guó)會(huì)的領(lǐng)袖?！雹?br>7月16日，蔣介石召集中央常會(huì)，宣布正式成立中央非常委員會(huì)，自兼主席。李宗仁認(rèn)為這是蔣介石為加強(qiáng)對(duì)黨政軍的直接控制而特地設(shè)置的疊床架屋的機(jī)構(gòu)，更感痛心和失望，遂決定出巡，經(jīng)衡陽(yáng)、福州和臺(tái)北之后，返回廣州。
蔣介石對(duì)地方政治的控制到了無(wú)以復(fù)加的地步。8月中旬，蔣派湯恩伯持其手令到福州，突然宣布撤福建省主席朱紹良之職，由湯接替。行政院與總統(tǒng)府根本不知此事。事后，蔣又命閻錫山在行政院政務(wù)會(huì)議中追認(rèn)這一既成事實(shí)。李宗仁認(rèn)為這是自毀法統(tǒng)，閻錫山讓他忍耐了事。李將任命狀壓在總統(tǒng)府有六七天之久，算是無(wú)言的抗議。
10月12日，廣州失守，國(guó)民政府遷至重慶。翌日，李宗仁抵渝。重慶城防及川東防務(wù)全系蔣介石的嫡系部隊(duì)，李宗仁的命令不發(fā)生絲毫效力。CC派和政學(xué)系控制的報(bào)紙已不再以總裁稱呼蔣介石，而是徑呼“總統(tǒng)”了。吳忠信、張群等甚至希望李宗仁引退，勸蔣介石復(fù)職。11月1日后，李宗仁出巡昆明、桂林、海南島，返回廣西。此時(shí)，蔣介石由臺(tái)灣飛渝，電促李宗仁返回重慶。20日，李宗仁以治病為名飛香港，國(guó)民黨中常會(huì)兩度派人勸請(qǐng)回渝，未果。12月5日，李宗仁帶著滿腔失望，飛往美國(guó)，與蔣介石分道揚(yáng)鑣。
李宗仁到美國(guó)以后，仍保留“代總統(tǒng)”的名號(hào)，但已毫無(wú)影響，蔣介石徹底從幕后走到前臺(tái)，繼續(xù)指揮殘余勢(shì)力，負(fù)隅頑抗。最終，已經(jīng)分裂的國(guó)民政府?dāng)⊥伺_(tái)灣。