1907年2月，孫中山和黃興因國旗圖式問題發(fā)生爭執(zhí)。孫中山主張沿用興中會的青天白日旗，理由是該旗為烈士陸?zhàn)〇|設計，無數(shù)先烈曾為此流血。黃興主張用井字旗，以示平均地權之意。他認為青天白日旗以日為表，是效法日本，必須毀棄。黃興這一意見使孫中山極為激動，他厲聲說：“仆在南洋，托命于是旗者數(shù)萬人，欲毀之，先擯仆可也。”^[1]黃興的激動也不下于孫中山，他發(fā)誓要脫離同盟會。
在這一爭執(zhí)中，宋教仁同情黃興。他認為孫中山待人做事，“不能開誠布公，虛心坦懷”,“近于專制跋扈”;同盟會成立以來，會員又多離心離德，將來不一定會有所作為，“不如另外早自為計，以免燒炭黨人之譏”^[2]。3月1日，他向孫中山要求，辭去代理庶務干事一職。
國旗圖案的分歧不是什么原則問題，黃興很快就冷靜下來，接受了孫中山的方案，雖然還不無勉強。
促使同盟會分裂的導火線是孫中山離日問題。萍、瀏、醴起義后，清政府即通過公使楊樞和日本政府交涉，要求逮捕并引渡孫中山^[3]。日本政府經(jīng)過研究，采取了既適當滿足清政府要求而又能討好中國革命黨人的方針：一面向清政府表示，同意驅逐孫中山出境；一面通過內(nèi)田良平、宮崎寅藏和孫中山商量，勸其自動離日。日本政府并贈孫路費五千元，同時，東京股票商人鈴木久五郎也贈送一萬元。孫中山當時正需要一筆軍事活動的經(jīng)費，便接受了這批款子。2月25日，內(nèi)田良平在東京赤坂區(qū)紅葉館設宴為孫中山送行。赴宴者有黃興、章炳麟、胡漢民、汪精衛(wèi)、劉師培、宋教仁、田桐、張繼、汪東以及宮崎寅藏、清藤幸七郎、和田三郎等。3月4日，孫中山攜胡漢民、汪精衛(wèi)、萱野長知、池亨吉等離日赴港，轉往南洋，同盟會會務交由黃興主持。
3月23日，宋教仁偕白逾桓、日人古川清離開東京赴遼東運動“馬賊”,企圖在東北起事。4月，黃興應孫中山召，赴香港，準備潛入廣東肇慶，運動清軍郭人漳部反正，同盟會庶務一職交劉揆一代理。
由于民報社經(jīng)費困難，孫中山離日前從鈴木久五郎贈送的一萬元中提出兩千元來存放于民報社，章炳麟嫌少，認為一萬元應全部留下。孫中山離日后，接受日本政府贈款一事傳出。參加同盟會的平山周、北一輝、和田三郎等首先和中介人宮崎寅藏等吵了起來。章炳麟、張繼、譚人鳳、田桐等也議論紛紛，張繼說：“說走就走，要他錢干什么！”^[4]章炳麟把掛在民報社的孫中山照片撕下來，批上“賣《民報》之孫文應即撤去”等字，寄到香港。他認為孫中山臨行前應該向日本政府示威，而不應該像“喪家犬”一般灰溜溜地離去^[5]。剛到日本不久的劉師培叫得最厲害，說是孫中山“受賄”了。一時滿城風雨，不可開交。宮崎寅藏雖曾進行調(diào)解，但效果不大。
就在這個時候，傳來了黃岡起義、七女湖起義先后失敗的消息。同盟會的內(nèi)部矛盾猶如火上加油，反對孫中山的人日益增多。張繼大鬧民報社，揚言“革命之前，必先革革命黨之命”^[6]。章炳麟等催逼劉揆一召集大會，革去孫中山的總理職務，改推黃興。劉師培自己想掌權，并企圖援引北一輝、和田三郎為同盟會干事。劉揆一抵制了章炳麟等人的要求。他認為孫中山接受贈款是為了供應起義軍需，出于不得已；當時又在籌備欽、廉起義，革除總理將會使起義軍陷入極大困境；因此，力排眾議，并和張繼扭打起來。
6月17日，孫中山派萱野長知回日和宮崎寅藏、三上豐夷等秘密購買槍械并租船運輸。經(jīng)過和廠商洽談，購得村田式快槍二千支，每支帶彈六百發(fā)。村田式在當時的日本已經(jīng)落后，但在中國，還不失為先進武器。事為平山周、和田三郎、北一輝等得知，轉告章炳麟和被張繼從遼東叫回來的宋教仁，立即又激起了一場風波。章炳麟吵吵嚷嚷地說：“孫某所購軍火是村田式，這種式子在日本老早不用了，用到中國去不是使同志白白丟了性命嗎？可見得孫某實在不是道理，我們要破壞他！”^[7]于是章炳麟便用明碼電告香港《中國日報》,說是械劣難用，請停止另購。由于用的是明碼，孫中山等認為泄露了軍事機密，非常惱火，便由胡漢民寫信至本部譴責，聲言要執(zhí)行紀律。不久，又派林文返回東京，禁止章炳麟、宋教仁，不讓他們再干預軍事問題^[8]。9月13日，孫中山致函宮崎寅藏，表示自此不再信任平山周、北一輝、和田等，關于運動日本方面的工作，要宮崎一人“力任其難”,同盟會本部、民報社中人，均不必與之商議^[9]。
在東京同盟會嚴重混亂的情況下，劉揆一寫信告知黃興，又寫信給馮自由、胡漢民，引用萬方有罪、罪在一人的譬語，要求馮、胡勸孫中山向東京同盟會本部引咎謝罪。孫中山復函謂：“黨內(nèi)糾紛，惟事實足以解決，無引咎之理由可言。”^[10]他表示，可以辭去總理一職，但必須在同盟會本部及章炳麟承認不是之時^[11]。黃興復函則謂：“革命為黨員生死問題，而非個人名位問題。孫總理德高望重，諸君如求革命得有成功，乞勿誤會而傾心擁護，且免陷興于不義”^[12],表現(xiàn)了維護團結的正確態(tài)度。
經(jīng)過這次風潮之后，孫中山就不大愿意過問同盟會本部的工作了。
同盟會的內(nèi)部矛盾雖然爆發(fā)在幾個具體問題上，卻反映了深刻的思想分歧，有著特定的歷史背景。
當時，在俄國1905年革命影響下，日本社會主義運動正處于活躍階段。1906年，社會民主黨以社會黨的名義重新建立。1907年，罷工斗爭進入高潮。同年2月，日本社會黨分裂為兩派。片山潛、田添鐵二提出議會政策論，主張通過爭取普通選舉權和議會斗爭來實現(xiàn)革命，成立社會主義研究會。無政府主義者幸德秋水、堺利彥、山川均、大杉榮等則提出直接行動論，完全反對議會斗爭，主張以總同盟罷工和暗殺來實行革命，成立金曜(星期五)講演會。
在孫中山離日風潮中鬧得最歡的章炳麟、張繼、劉師培等接受了幸德秋水等一派的影響。他們反對帝國主義、資本主義，激烈地批判議會制度，醉心于無政府主義或佛教虛無主義，逐漸表現(xiàn)出和孫中山等不同的政治傾向。
1907年4月，幸德秋水在《平民新聞》上發(fā)表文章，提倡中國的革命家應與日本的社會運動家攜手，東洋各國的社會黨應當聯(lián)合起來。張繼、劉師培贊同幸德秋水的意見，聯(lián)絡流亡在日本的印度革命黨人，共同發(fā)起組織亞洲和親會，推章炳麟起草宣言書^[13]。宣言書用中英兩種文字印成，中文定名為《亞洲和親會約章》,其主要內(nèi)容為：
宗旨：在反抗帝國主義，期使亞洲已失主權之民族，各得獨立。
會員：凡亞洲人，除主張侵略主義者，無論民族主義、共和主義、社會主義、無政府主義，皆得入會。
義務：1.亞洲諸國，或為外人侵食之魚肉，或為異族支配之傭奴，其陵夷悲慘已甚，故本會義務，當以互相扶助，使各得獨立自由為旨。2.亞洲諸國，如一國有革命事，余國同會者應互相協(xié)助，不論直接間接，總以功能所及為限。
《約章》規(guī)定會員每月聚會一次。由于受了無政府主義的影響，“和親會”不設會長、干事一類職務，聲明“各會員皆有平均利權”,“各宜以親睦平權之精神，盡相等之能力”^[14]。
1907年7月，亞洲和親會正式成立，參加者有中國、日本、印度、菲律賓、安南諸國的革命者。中國方面入會者有章炳麟、張繼、劉師培、何震、蘇曼殊、陳獨秀、呂復、樊光、陶鑄(冶公)等數(shù)十人；日本方面入會者有幸德秋水、山川均、大杉榮、堺利彥、竹內(nèi)善朔等人。
正是在這樣的情況下，章炳麟反對孫中山爭取帝國主義國家援助的行為，斥之為“藉援強國，冀以自全，在品格則為下劣，在事實則無秋毫之效”^[15]。對《民報》六大主義中的“要求世界列國贊成中國之革新事業(yè)”一條，章炳麟表示：“此本含混言之，要之列國政府必不贊成?！?sup>[16]
在成立亞洲和親會的同時，張繼和劉師培又發(fā)起組織“社會主義講習會”?！睹駡蟆返?5號刊出的廣告稱：“近世以來，社會主義盛于西歐，蔓延于日本，而中國學者則鮮聞其說。雖有志之士間倡民族主義，然僅辨民族之異同，不復計民生之休戚，即使光復之說果見實行，亦恐以暴易暴，不知其非?！彼麄儽硎疽八鸭瘱|西前哲諸學術，參互考驗，發(fā)揮光大，以餉我國民”^[17]。8月31日，社會主義講習會成立，幸德秋水等到會并演說。
張繼和劉師培標榜研究社會主義，實為提倡無政府主義。劉師培聲稱于顛覆滿洲之后就要實行無政府，決不讓歐美、日本之偽文明推行于中國。
“社會主義講習會”每星期集會一次。除幸德秋水外，宮崎寅藏以及日本無政府主義者堺利彥、山川均、大杉榮等都參加了活動。
講習會的機關刊物是《天義報》。該刊發(fā)表過《共產(chǎn)黨宣言》的序言和第一章以及恩格斯的《家庭、私有制和國家起源》的片斷。它稱贊馬克思的階級斗爭學說“最有裨于歷史”^[18],是“不易”之說^[19],但又從根本上攻擊馬克思主義的國家學說和無產(chǎn)階級專政理論，要求建立一個“完全平等”的人類社會。劉師培等不僅不要政府，而且不要團體，不要任何“在上之人”,不要社會生產(chǎn)的組織者和管理者。他在《戒學政法歌》中甚至破口大罵：“侈說合群真放屁?！?sup>[20]
對孫中山的三大主義，劉師培等完全否認其在當時歷史條件下的進步性。民族主義，被斥為“不合公理之最甚者”^[21];共和政體，被斥為“不共不和”^[22];平均地權，被斥為和王莽改制一樣的愚民政策^[23]。
“社會主義講習會”附設農(nóng)民疾苦調(diào)查會。劉師培等斥責田主為“大盜”,主張通過完全自發(fā)的無組織、無領導的“農(nóng)人革命”以沒收豪富的土地，使每個人都擁有一定的份額^[24]。但是，劉師培等又認為中國封建社會和無政府主義的理想最相近，因此，“若于政府尚存之日，則維新不如守舊，立憲不如專制”^[25]。一個筋斗，劉師培從“左”的極端翻到了右的極端。
章炳麟和張繼、劉師培關系密切，積極參預了社會主義講習會的活動。他曾在會上“痛斥國家學說之荒謬”,認為“無論君主立憲、民主立憲均一無可采”^[26],“國家之事業(yè)，是最鄙賤者”^[27];又曾大力批判資本主義文明，認為“愈文明之人愈惡”,“愈野蠻，其惡愈減”,主張倒退回去學猴子，“擬猿可也”^[28]。
章炳麟受過深刻的佛學影響。他將無政府主義和佛教虛無主義結合起來，提出了“無政府、無聚落、無人類、無眾生、無世界”的“五無論”,以之作為圓滿的最高理想。
章炳麟認為，這個最高理想不可以“飛躍”而至，“還以隨順有邊為初階”,開始時，必須設立共和政府。為了減輕政府的禍害，同時制訂四項辦法：一、均配土田，使耕者不為佃奴；二、官立工場，使傭人得分贏利；三、限制相續(xù)，使富厚不傳子孫；四、解散議員，使政黨不敢納賄。章炳麟表示，如果沒有這四項，君主立憲、民主立憲都不如實行專制^[29]。他有時覺得，中國的專制制度也還不壞，“盛唐專制之政，非不可以致理”^[30];甚至說：“今之專制，直刑罰不中為害，佗猶少病”^[31],“所惡于滿洲政府者，非在制度不良，在所好與所令異”^[32]。
二十世紀初年，世界資本主義已經(jīng)發(fā)展到帝國主義階段，孫中山企圖以他的“主觀社會主義”來免除資本主義的經(jīng)濟禍害，這固然虛妄；但是，他仍然堅持資產(chǎn)階級民主共和國的理想，滿懷信心地為之奮斗。章炳麟、劉師培等則對這一理想也持懷疑或否定態(tài)度，由醉心于無政府主義或“五無”轉而歌頌封建專制主義。這樣，他們自然就格格不入了。
由于和孫中山的矛盾日益加深，佛教虛無主義的影響也日益加重，章炳麟對中國革命一度感到失望，想到印度去做和尚。為了解決路費等問題，他曾通過張之洞的女婿、清政府駐長崎領事卞綍昌和張之洞聯(lián)系^[33]。1907年底至1908年初，又先后給短期回國的劉師培夫婦寫過若干封信，托他們通過佛教居士楊仁山向端方運動^[34]。章炳麟沒有想到，劉師培夫婦這時已決計叛變革命。劉到上海后，即向端方寫信自首，自稱“大恨往日革命之非”,愿獻“弭亂”之策，保證設法使《民報》停刊，在三年之內(nèi)斃殺孫中山、黃興^[35]。1908年2月，劉師培夫婦回到東京，一面作暗探，經(jīng)常向端方密報黨人情況，同時通過北一輝等策動同盟會員程家檉，“欲以十萬金而鬻孫文之首”^[36];一面以更為“左”傾的姿態(tài)創(chuàng)辦《衡報》,提出綱領四條：顛覆人治，實行共產(chǎn)；提倡非軍備主義及總同盟罷工；記錄民生疾苦；聯(lián)絡世界勞動團體及直接行動派之民黨^[37]。同年4月，章炳麟、劉師培之間也吵翻了。11月，《衡報》被日本政府封禁，劉師培夫婦回到上海，一面繼續(xù)以革命黨人的面目招搖撞騙，一面將章炳麟六封信的“真跡照片”寄給黃興等人，以在革命黨內(nèi)部制造猜疑和糾紛。同盟會的內(nèi)部矛盾因而更加復雜化了。