隨著護國戰(zhàn)爭的發(fā)展和袁世凱失敗前景的明朗化，北洋軍閥集團內(nèi)部的矛盾和分裂也進一步加劇，袁政府最終陷入了眾叛親離、土崩瓦解的境地。首先是段祺瑞、馮國璋這兩員北洋干將已不甘心作袁世凱的工具，轉(zhuǎn)而野心勃勃地企圖效法他辛亥年的老戲法，準備乘護國軍和全國人民迫其退位之機，取而代之。
4月中旬，袁世凱眼看和談陰謀破產(chǎn)，為鞏固其總統(tǒng)地位，決定任命在北洋軍閥集團內(nèi)部享有一定威望，而又為護國軍所注重的段祺瑞為國務(wù)卿，以代替3月21日上任以來在挽救危局方面迄無成效的徐世昌。他滿以為段是他一手提拔的，這點面子總不至于不給。萬沒料到段會向他提出改政事堂制為責(zé)任內(nèi)閣制的要求。袁意識到，這是四年前國民黨人限制其權(quán)力的老法子，心里不免窩火。但一想自己所處的地位已今非昔比，也只好忍氣吞聲于21日公布政府組織令，宣稱將“委任國務(wù)卿總理國務(wù)，組織政府”,“樹責(zé)任內(nèi)閣之先聲”^[1]。次日，他下令準徐世昌辭職，特任段祺瑞為國務(wù)卿。23日，任段兼陸軍總長，陸徵祥為外交總長，王揖唐(原名王賡)為內(nèi)務(wù)總長，孫寶琦為財政總長，劉冠雄為海軍總長，章宗祥為司法總長，張國淦為教育總長，金邦平為農(nóng)商總長，曹汝霖為交通總長，王士珍為參謀總長，以段祺瑞為首的新內(nèi)閣宣告成立。5月8日，又公布《修正政府組織法》,正式宣布撤消政事堂，恢復(fù)國務(wù)院和總理名稱。但是，段祺瑞所要求的是名副其實的責(zé)任內(nèi)閣制，因此他接任后不久，即要求袁世凱“裁撤總統(tǒng)府機要局、統(tǒng)率辦事處、軍政執(zhí)法處三機關(guān)”^[2],明目張膽地逼他交權(quán)。然而，袁的讓步也是有限度的，不但“三機關(guān)之裁撤終未實行，且暗囑梁士詒以掣其肘”^[3],從而更加深了段祺瑞的不滿。
正當袁世凱為段的背主自立而大傷腦筋之時，4月18日，馮國璋突然會同新任督理安徽軍務(wù)張勛、江蘇巡按使齊耀琳通電各省，提出總統(tǒng)留任、大赦黨人、懲辦奸黨等八項主張，請求同意^[4]。袁世凱對此雖不盡滿意，但總統(tǒng)留任一條卻是他求之不得的。相比之下，他覺得還是馮國璋可用，因而“頗欲置段而倚馮”^[5]。蔣雁行5月4日向馮透露：“現(xiàn)在大總統(tǒng)及北方同人，均深信我叔決無他項意見，并相望甚殷。侄看上邊意思，頗欲我叔說強硬之話，力為維持，以救大局?！?sup>[6]
然而，馮國璋對袁世凱并不比段祺瑞更忠實。帝制取消后，他不但繼續(xù)與梁啟超等護國人士保持聯(lián)系，反對袁世凱“以武力為后援”,甚至要求他“敝屣尊榮，預(yù)作退計”^[7],而且一直在利用護國軍和袁世凱雙方對他的依賴心理，積極聯(lián)絡(luò)、組織第三勢力，以奪取國家最高權(quán)力。4月25日，他致電未獨立各省，提議“各省聯(lián)絡(luò)，結(jié)成團體”,“擴充實力，責(zé)任同肩，對于四省(指南方獨立各省)與中央，可以左右為輕重”,并露骨地表示：“若四省仍顯違眾論，自當視同公敵，經(jīng)營力征；政府如有異同，亦當一致爭持，不少改易?！?sup>[8]5月1日，他又在先前與張勛、齊耀琳聯(lián)合所提八項主張的基礎(chǔ)上，依據(jù)所謂“法律”與“國情”,重擬關(guān)于總統(tǒng)、國會、憲法、經(jīng)濟、軍隊、官吏、禍首、黨人等八項主張，作為他們的共同綱領(lǐng)。關(guān)于總統(tǒng)問題，他荒謬地提出：“民國四年以后，大總統(tǒng)固已失其地位，副總統(tǒng)名義亦當同歸消滅，中國目前實一無政府無法律之國?！薄敖裆崛ゴ罂偨y(tǒng)而以副總統(tǒng)行使職權(quán)，牽入約法條文，殊為【與】事實不合。不如根據(jù)清室交付原案，承認袁大總統(tǒng)對于民國應(yīng)暫負維持責(zé)任，以顧大局；并回復(fù)副總統(tǒng)名義，強其出任國事，方可補濟法律之窮。一面迅籌國會銳進辦法，提前召集，仍由袁大總統(tǒng)于事前宣布明令，一俟國會開幕，即行辭職。是未來之大總統(tǒng)可以依法產(chǎn)出；而實行內(nèi)閣制，組織新政府，皆得次第建設(shè)?！?sup>[9]可見，馮國璋所以承認袁世凱暫負總統(tǒng)責(zé)任，不過是為了抵制黎元洪以副總統(tǒng)資格繼任大總統(tǒng)；而他所以抵制黎繼任，正是因為他自己要當總統(tǒng)。
為此，馮國璋于5月5日親赴徐州疏通張勛；過蚌埠時，又邀新任長江巡閱副使兼署安徽巡按使倪嗣沖同行。6日晨，馮、倪抵徐，與張勛晤商，一致同意發(fā)起南京會議，以決國是。同日，他們一面急電袁世凱，請他“切勿輕聽流言，灰心退位”^[10];一面電請未獨立各省各派全權(quán)代表一人，于15日以前齊集南京，“開會協(xié)議，共圖進止，庶免紛歧，而期實際”^[11]。但是，他們對會議所抱的希望卻各不相同。馮國璋意在借此確立其盟主地位，為提前召集國會，選舉他為總統(tǒng)奠定基礎(chǔ)。當時輿論指出：南京會議“表面上系為維持現(xiàn)總統(tǒng)袁氏，其實黑幕中實為馮華甫利用此會……籠絡(luò)未獨立各省結(jié)一大團體(各將軍為自己地位起見，亦無〈不〉趨而擁戴馮氏),以為將來執(zhí)牛耳，提出條件，效辛亥袁氏之故事”^[12]。張勛則企圖乘馮國璋承認袁世凱的總統(tǒng)地位為清室所委任之機，妄圖復(fù)辟清朝廢帝，而倪嗣沖卻是“洪憲”王朝的孤臣孽子。這就注定了南京會議不會有什么結(jié)果。
袁世凱對馮國璋的這一陰謀早就看在眼里，他私下對王士珍說過：“此次南京會議，明為北方勢力，實不啻由予手中攘奪大柄，其結(jié)果予早洞悉。”^[13]因此，他表面裝作對馮十分信任，許以特權(quán)三端：“1.和局之解決，準其有自由斷決之權(quán)；2.政府關(guān)于和局提出之議案，準其有酌核之權(quán)；3.和局不成，倘出以決裂，準其有參預(yù)重要軍政之權(quán)?！?sup>[14]他甚至假惺惺地電馮等說：“予自退隱田園，無心問世”,“近日唐繼堯、劉顯世、陸榮廷、龍濟光等以退位為要求，陳宧亦相勸以休息，均之實獲我心。予德薄能鮮，自感困苦，亟盼遂我初服之愿，決無貪戀權(quán)位之意。然茍不妥籌善后，而撒手即去，聽國危亡，固非我救國之本愿，尤覺無以對國民。目下最要在研考善后之道，一有妥善辦法，立可解決。該上將軍等現(xiàn)約同各省代表，就近齊集討論大計，無任欣慰。時局危迫，內(nèi)外險惡相逼而來，望將善后辦法切實研求，速定方針，隨時與政府會商，妥定各員責(zé)任，使國家得以安全，不致立見傾覆，幸盼曷極?！?sup>[15]但他暗中卻一面指派蔣雁行前往南京監(jiān)視會議，一面派阮忠樞等人前往徐州搬弄是非，擴大馮、張矛盾，極盡操縱、破壞之能事。
南京會議本定5月15日召開，由于袁世凱的干預(yù)與破壞，張、倪日漸消極，各省代表，所到無多，延至18日才舉行第一次會議，出席代表二十三人，公推馮國璋為主席。討論的第一個議題就是袁世凱的去留問題。山東代表丁世嶧首先發(fā)言說：“大局危迫，宜吁請總統(tǒng)暫棄尊榮，使天下早日息兵，以救危亡。”^[16]接著，湖南、山西代表表示贊同，其他代表也相繼附和，主張袁氏退位之說占了上風(fēng)。袁世凱見勢不好，急命倪嗣沖親自出馬，力挽危局。倪率衛(wèi)隊三營于當晚趕到南京，次日搶先發(fā)言，主張維持袁的總統(tǒng)地位，并力圖變南京會議為“征剿”護國軍的軍事動員會議。在倪的訛詐與威脅下，原主張袁世凱退位的代表，大都噤若寒蟬，有的甚至改變初衷，反主袁留任了。為挽救敗局，馮國璋借口退位問題本會無權(quán)表決，提議由國會解決。接著又接過丁世嶧的建議，提出電邀南方獨立各省派代表出席會議，以解決總統(tǒng)問題，幻想借助護國軍之力打擊倪嗣沖等人的囂張氣焰。豈料南方獨立各省早已不滿于他5月1日所提仍承認袁世凱為過渡總統(tǒng)的八項主張，斷然拒絕派代表赴會。而張勛、倪嗣沖二人則有意散布他也是擁袁留任的主戰(zhàn)派，大違馮的本心。馮以希望落空，遂于30日宣布保境安民，解散南京會議。
但是，北洋軍閥集團的內(nèi)部爭奪，并沒有隨南京會議的解散而結(jié)束。正如李大釗當時所指出：“南京會議雖無結(jié)果，馮之態(tài)度仍有希望，其部下尤為鮮明?？创饲樾?，長江流域戰(zhàn)云漫郁，倪、張與馮已隱成敵國。”^[17]這種爭奪極有利于護國事業(yè)的進行，而對袁世凱則十分不利。他沮喪地供認：“滇黔反側(cè)，遠在邊地，尚非緊要。浙粵之變，余亦另有把握。馮乃我手下最有力量之人，彼竟公然宣布叛言，遂使各省皆為搖動，大事益為棘手，令予進退維谷?！?sup>[18]
與段、馮逼袁交權(quán)的同時，曾自命為袁世凱“屏藩”的陜西將軍陸建章，為了自身的生命財產(chǎn)，竟也不顧袁的總統(tǒng)地位岌岌可危，而聽任陜北鎮(zhèn)守使陳樹藩自任護國軍總司令，宣布陜西獨立。
陸建章入主陜西以來，“除奉迎袁政府及販賣煙土外，殆無余事”^[19]。他一面適應(yīng)袁世凱的需要，大力撤換與裁遣受過辛亥革命戰(zhàn)斗洗禮的陜西陸軍官兵，擴充隨他入陜鎮(zhèn)壓白朗起義的北洋軍；一面仿效袁世凱，大搞特務(wù)統(tǒng)治，“以多數(shù)皖人為偵探，多方羅織，冤獄屢見”,“極力摧殘民黨”^[20]。袁世凱稱帝后，他是最早幾個俯首稱臣者之一。1916年1月5日，他與幫理陜西軍務(wù)劉承恩、巡按使呂調(diào)元等聯(lián)名上奏說：“唐繼堯等怙惡不悛，斷非口舌所可感化，伏懇速即登極，以定名分，而慰人心，并明降諭旨，聲罪致討。臣等謹當整飭勁旅，以為前驅(qū)?！?sup>[21]3月18日，他一次就殘殺在西安密謀響應(yīng)云南護國起義的王紹文、南南軒、陳德卿、郭子余、吳鵬、趙貞吉、姚南熏、李桂森、袁守禮、焦林、杜守信、南風(fēng)熏、胡德明、楊景震、章雨蒼、張鎮(zhèn)方、陳宗卿、齊子乾十八人，真不愧為“陸屠戶”。
但是，4、5月以后，全國和陜西的形勢都發(fā)生了對袁世凱更為不利的變化。就全國而言，如上所述，獨立省份已發(fā)展到滇、黔、桂、粵、浙等五省，并成立了與袁政府相對峙的臨時統(tǒng)一機構(gòu)軍務(wù)院，堅持袁世凱不退位，即不罷兵。就陜西而言，廣大人民群眾非但沒有被陸建章的屠殺政策所嚇倒，而且在全國討袁形勢的鼓舞和陜西革命黨人及其他進步人士的領(lǐng)導(dǎo)下，掀起了更大規(guī)模的反袁逐陸斗爭，僅渭北一處就集結(jié)會黨、“刀客”和退伍軍士兩萬余人。他們分編為兩個軍，公推郭浤為第一軍總司令，蕭榮綬為參謀長，焦子靜為第二軍總司令，曹世英為參謀長，于4月1日傳檄討袁，布告四方，并先后占領(lǐng)了朝邑、郃陽、韓城和富平、蒲城、白水等縣。不到兩月，“自三原以北，東至黃河，西至隴境，北盡綏米，此數(shù)十縣中，幾無一為陸建章勢力所能及”^[22]。
1916年5月初，陸建章派其子陸承武率混成一旅前往渭北鎮(zhèn)壓曹世英、郭堅、楊景娃等部討袁民軍，7日，陸承武行至富平，與陜軍陳樹藩旅胡景翼營遇。陸部“行為素暴”,陜?nèi)吮竞拗牍?。加上當時有人傳言，“謂承武之行，名為拒敵，實欲收回胡之槍械”^[23]。胡景翼憤恨之余，遂與開戰(zhàn)，惡斗竟夕，“大獲全勝，竟生擒陸承武，虜其全部炮械”^[24]。接著，胡營所在旅長陳樹藩也宣布獨立。消息傳到西安，陸建章驚懼萬狀，為給自己留條后路，只好棄袁自保，與陳“舍戰(zhàn)言和”。
陳樹藩，字伯生，陜西安康人，保定軍官學(xué)堂畢業(yè)生，與段祺瑞有師生關(guān)系。辛亥革命時任陜西東路招討使，民國成立后為陜軍第一混成旅旅長，因鎮(zhèn)壓白朗起義有功，1915年初升任為陜南鎮(zhèn)守使。但是，北洋軍閥對異己勢力的信任畢竟有限。云南起義后不久，陸恐陳“不穩(wěn)，由漢中搗四川，且渭北民軍已將動，陸自知棘手，乃欲委之于陳”,遂改調(diào)陳為陜北鎮(zhèn)守使。陳“知己之遭忌，故自保之心，無時或忘”^[25]。他表面奉命唯謹，對陜北之任毫無異言，但暗中卻利用渭北民軍來鞏固自己的地位。他到達陜北后，“陽奉政府，陰與民黨聯(lián)絡(luò)，資給軍械，補助軍費”^[26],甚至對手下兩名團長王飛虎和嚴錫龍加入民軍也毫不介意。及至所部營長胡景翼活捉陸承武后，即于5月9日在蒲城自任護國軍總司令，宣布陜西獨立。并以陸承武為人質(zhì)，一面會合郭浤、焦子靜所部，分別由三河口、渭橋、草灘渡河，擺出三路圍攻西安的架勢；一面電請陸建章“俯順輿情，改稱都督，為地方保護治安，與中央脫離關(guān)系”^[27]。陸感于袁世凱二十年豢養(yǎng)之恩，雖“不敢贊同”,但攝于討袁民軍的威力，也不敢反對。在多次向袁“乞休未允”的情況下，陸遂派代表至三原與陳樹藩達成如下協(xié)議：陜西全省治安，由陳樹藩“以都督兼民政長名義，擔(dān)負完全責(zé)任”,陸建章“當遄返都門，束身待罪”,而陜西護國軍總司令一職即由“建章長子陸承武任之”^[28]。16日，陳樹藩率部進駐西安，18日“以陜西都督兼民政長名義布告大眾”^[29]。25日，陸建章雇車二百余輛，滿載其入陜以來所搜刮的民脂民膏，在陳樹藩所派軍隊的護送下離開西安，最終放棄了袁世凱對陜西的統(tǒng)治。
陳樹藩的“獨立”,并不能與陜西人民的護國討袁事業(yè)相提并論，只不過是地方小軍閥利用人民群眾的護國討袁熱情，在勝利可望的條件下所發(fā)動的一場個人權(quán)利之爭。但是，陜西畢竟是云南起義后繼起獨立的第五個省，而且是袁世凱所恃為根據(jù)地的北五省之一。陳樹藩雖懷個人野心，畢竟未另樹旗幟，因此其影響同樣是不可低估的。當時《時報》評論說：陳樹藩“宣言陜西全省獨立，其與云、貴、兩廣稍異其趣，固可勿論，而非為自樹一幟，如世上所傳，乃系加入于南方派者，則將開潼關(guān)，以臨中原。以陜西之地勢易守而利于進取，則進出河南當不甚難，一旦進出河南，則中斷延長達八千里(實際是二千四百余里)之京漢鐵路亦復(fù)易易”?！坝纱艘杂^，則陜西之獨立固與北京政府以莫大之打擊已”^[30]。正因為如此，所以黃興、肇慶軍務(wù)院和各有關(guān)方面對陜西的獨立，都十分重視，不僅紛紛致電祝賀，且要求蔡鍔就近“設(shè)法救濟”^[31]。