蒙醫(yī)蒙藥是蒙古族民間文化的重要組成部分。在遠古時代，就產(chǎn)生了蒙古醫(yī)學的萌芽。有元一代，蒙醫(yī)蒙藥獲得了長足的發(fā)展。成吉思汗的《大札撒》規(guī)定：“免除醫(yī)生的稅賦?！痹雷嬖O宮廷太醫(yī)四人，特別是元太醫(yī)忽思慧用漢文編寫了《飲膳正要》一書，是蒙醫(yī)學飲食療法的總結。草原特產(chǎn)的藥物深受中亞及阿拉伯地區(qū)人民的歡迎。16世紀以后喇嘛教的傳入使蒙醫(yī)蒙藥吸收了藏醫(yī)的精華，在理論研究和臨床實踐上都進入了一個嶄新的階段。在學術上形成了各具特點的三個學派——古代蒙醫(yī)學派，藏醫(yī)學派，近代蒙醫(yī)學派。這一時期，有《白露醫(yī)法從新》《甘露點滴》《蒙醫(yī)藥選編》《珊瑚驗方》《觀者之喜》等十幾部臨床醫(yī)學專著問世。繼17世紀方劑學巨著《方?！穯柺篮螅?8世紀蒙藥學巨著《認藥學》、《認藥白晶藥簽》,19世紀《蒙藥正典》等相繼問世。其中《蒙藥正典》一書就載入879種藥物，附有藥物插圖576張，蒙古族的醫(yī)學、藥學已發(fā)展到相當完備的程度。
蒙醫(yī)學的知識體系，來自中醫(yī)學的陰陽五行學說和醫(yī)療經(jīng)驗、藥物方劑。但經(jīng)過蒙醫(yī)學家在實踐中的發(fā)展，已不完全同于中醫(yī)學。蒙醫(yī)學的部分理論雖源于藏醫(yī)學，但又并非照搬藏醫(yī)學的全部理論。
蒙醫(yī)成功地借鑒了藏醫(yī)的三要素學說，其三要素學說為龍、赤巴，培根。龍屬風、氣，其功能為維持生命，包括肢體運動、氣血運動，支配呼吸、消化功能。赤巴屬火，有調節(jié)體溫、主管饑渴與視覺功能。培根屬水、土，有調節(jié)胖瘦、睡眠等功能。蒙醫(yī)在此基礎上，發(fā)展成為赫那、希那、巴達干、血、蟲、黃水六因辯證學說。在臨床醫(yī)學上，形成的三根學說、陰陽學說、五大元素學說、寒熱對立統(tǒng)一學說，七元三穢學說，六因辯證學說，肺腑脈絡學說等綜合運用構成了蒙醫(yī)學獨特的理論特色。蒙醫(yī)看病采用望、聞、切、問四診，與藏醫(yī)一樣是用雙手切脈的。不同的是，蒙醫(yī)切脈時，一手的三指即食指、中指、無名指按在患者的小臂上面，名曰切五臟六腑，另一手的三指在下面，名曰切神經(jīng)系統(tǒng)。
其傳統(tǒng)治療疾病包括：
刺血療法
刺血療法是蒙醫(yī)傳統(tǒng)外治技術之一。據(jù)近代方志《蒙古風俗鑒》載：“自古治病有在額頭或手腕放血的，不論什么病，如果來的特別快，就放血治好。”大約公元8世紀左右，蒙古族傳統(tǒng)的治血療法傳至西藏。
針灸療法
據(jù)《內經(jīng)·異法方宜論》云：“北方者，天地所閉藏之地也，其地高陵居，風寒冰冽。其民樂野處而乳食。藏寒生滿病，其治宜焫，亦從北方來?！本臒x即灸療。
治療骨傷之法
蒙古族治療骨傷的方法來源已久。據(jù)《元史》記載，成吉思汗的名將布智兒曾“身中數(shù)矢，太祖命取一牛，剖其腹，納布智兒于牛腹浸熱血中，移時遂蘇?！贝耸怯脽嵫熤渭齻姆椒?。在古代，還有用燒紅的烙鐵烙治流血傷口、用蒸氣熱罨活血療法，用牛留在胃內的反芻物做熱罨療法。
皮療法
皮療法就是用剛殺死的牲畜皮置于病人身上或裹患部以做治療之用。內蒙地區(qū)常用羊皮、艾虎皮治療疾病。
飲食療法
蒙古族重視飲食療法。元代著名的營養(yǎng)學家忽思慧所著《飲膳正要》一書，就是集蒙古族智慧之大成。該書提出飲食與身體健康的重要關系。其序云：“保養(yǎng)之法莫若守中，守中則無過與不及之病。調順四時，節(jié)慎飲食，起居不妄，使以五味調和五臟，五臟和平，則氣血資榮，精神健爽，心志安定，諸邪都不能入，寒暑不能襲，人乃怡安。”
《飲膳正要》對我國各民族的傳統(tǒng)食品的做法、食用價值從醫(yī)學角度做了全面、系統(tǒng)的總結，尤其是對蒙古族的傳統(tǒng)食品做了全面詳細介紹。例如在第一卷第六部分所講的九十四種膳食用羊肉作原料的就有七十五種。有一種叫“頗兒必湯”,其原料是“羊辟膝骨”,做法為熬湯澄濾凝固而成，有“主男女虛勞、寒中贏瘦，陰氣不足，利血脈，益經(jīng)氣”之用。書中又介紹了我國北方游牧民族所喜愛的食品“馬思哥油”。其制法為“取凈牛奶子，不任手用阿赤(系打油木器也)打取浮凝者，為馬思哥油，今亦云白酥油”?！八钟汀薄Ｄ讨腥「∧?，熬而為酥”。并指出其對人體之價值。
在蒙醫(yī)飲食療法中，馬奶酒療法占有非常重要的地位。常用馬奶酒治療被毒蛇和狂犬咬傷，救治受傷大出血而昏厥的病人。在《飲膳正要》中，指出馬奶酒有性溫、解毒、消熱、助消化、強體等功能。用現(xiàn)代醫(yī)學觀點看來，它能預防和治療各種胃腸道疾病，可降低血脂、膽固醇，對動脈硬化、冠心病、高血壓等有一定療效。
正骨
馬背上的民族往往出現(xiàn)騎馬摔傷、骨折、脫位、腦震蕩等外傷。蒙古古代勞動人民對治療這些外傷積累了豐富的經(jīng)驗。在清代蒙古醫(yī)士以正骨而著名。據(jù)《嘯亭雜錄》續(xù)卷一載：“定制，選上三旗士卒之明正骨法者，每旗十人，隸上駟院，名‘蒙古醫(yī)士’,凡禁廷執(zhí)事人有跌損者，咸命其醫(yī)治，限以日期報愈，愈其則懲治焉。齊息園侍郎墜馬傷首，腦涔涔然。蒙古醫(yī)士嘗以牛脬蒙其首以治之，其創(chuàng)立愈。故時有秘方能立奏效。非岐黃家所能及者。近最著名有覺羅伊桑阿者，以正骨起家，至于鉅富。其授徒法，先將筆管戕削數(shù)段，令徒包紙摩挲，皆使其節(jié)合接如未破者，然后如法接骨，皆奏效焉。”這高超的醫(yī)術是建立在對人體解剖深入了解的基礎上。
藥物治療
蒙古古代人民早就利用草原上生長的豐富的植物制藥。據(jù)統(tǒng)計，蒙古藥材有一千三百余種，取材于動物、植物、礦物等。藥物的種類繁多，有丸藥、靈藥、散藥、洗藥、熏藥、膏藥、喝藥、服藥等。蒙古醫(yī)學的藥物療法，分作清、解、溫、補、和、汗、吐、下、靜、養(yǎng)等十種。對于一些慢性疾病、傳染病及北方草原民族所患的病，都有一定的療效。
此外，蒙古民族早就運用醫(yī)療器具，據(jù)《蒙古風俗鑒》載：“醫(yī)生使用的器具有針、拔火罐、灸艾子。”從內蒙地區(qū)發(fā)掘的文物中，有遠古和中古時代的砭針、骨針、銅刀、銅針、搗缽、藥勺、拔火罐等。近代蒙古族醫(yī)學家伊希金旺吉拉生前制過許多醫(yī)療器具，其中一件為銀藥勺，長22.5厘米，勺柄前窄后寬，勺頭部呈半圓形，直徑0.8厘米，凈重40克。勺柄上刻有一只桃樹和一只兔子。桃樹上結五棵桃子和六片葉子，分別代表五臟六腑，兔代表十二地支中的“卯”,古代蒙醫(yī)行醫(yī)很講究卯時，藥臼也有要用兔爪刷洗的習俗。蒙醫(yī)所用的藥箱為木頭制做，里面分成數(shù)十個小方格，每個格子里面放一只圓而長的羊皮小口袋，用銀質長柄的小圓勺在皮袋內搗藥末，此為古代蒙醫(yī)的傳統(tǒng)。漢族月神神話有白兔搗藥的內容，二者之間的聯(lián)系，尚需研究(參看李汶忠編著《中國蒙古族科學技術史簡編》)。