1944年9月1日，統(tǒng)治新疆十多年的盛世才調(diào)任農(nóng)林部長，吳忠信出任新疆省政府主席。盛世才治新期間，實行政治高壓政策，濫興冤獄，苛稅繁重，貪污腐敗，積累下一系列尖銳的社會矛盾。吳上任伊始，采取了清理監(jiān)獄，宣撫地方，敦睦邦交等政策，以緩和這些矛盾。然而問題不可能在短時間內(nèi)得到解決，相反，由于吳的統(tǒng)治措施從高壓一變而為寬松，使多年積累的民怨突然找到了一個宣泄口，新疆的局勢反呈惡化之勢。吳忠信是一個所謂“耆年碩德”的老官僚，對應付新疆復雜的局勢顯然缺乏準備，以至國民黨中央對新疆事變的爆發(fā)頗感突然。新疆在地理、民族、經(jīng)濟上與蘇聯(lián)一直有密切的聯(lián)系，蘇聯(lián)也把新疆視為后院，對國民黨和英、美勢力在新疆的拓展抱著懷疑態(tài)度，而對反對派勢力則表同情與支持^[1]。所有這些因素導致了新疆事變的發(fā)生與遲遲不得解決。
戰(zhàn)后新疆問題源于伊寧事變的爆發(fā)。伊寧是新疆伊犁區(qū)的首府，設有專員公署、保安司令部及蘇聯(lián)領事館，為新疆西北部政治經(jīng)濟文化中心。伊犁區(qū)轄十一個縣和一個設治局，地形險要，農(nóng)牧業(yè)發(fā)達，糧食產(chǎn)量占全疆的五分之一，一旦有變，勢必影響全疆。1944年9月，伊犁區(qū)鞏哈縣(今尼勒克縣)哈族牧民首先起事。11月7日，伊寧城內(nèi)發(fā)生事變，起事者圍攻城內(nèi)各政府機關，國民黨政府軍困守若干據(jù)點，堅持至次年1月30日被迫突圍而遭全殲。與此同時，伊犁區(qū)除精河外，各縣全告失守。
伊寧發(fā)生事變，省府迪化(今烏魯木齊)震動。坐鎮(zhèn)迪化的第八戰(zhàn)區(qū)司令長官朱紹良緊急調(diào)兵增援，但因兵力有限，且缺乏塞外作戰(zhàn)經(jīng)驗，兼之天寒地凍，未見成效。吳忠信則進一步實行政治安撫政策，組織宣撫委員會到各地，優(yōu)遇各族頭領，以圖穩(wěn)定局勢。然而，伊犁方面的事態(tài)仍在發(fā)展。1945年4月8日伊犁、塔城、阿山三區(qū)民族軍成立，隨后三路出擊，北路進攻塔城、阿山，中路進攻精河、烏蘇，南路進攻拜城、阿克蘇。到9月，占領了北疆伊、塔、阿三區(qū)全部及烏蘇、精河與拜城，并成立政府，通過施政綱領，與省政府對抗^[2]。此時迪化人心浮動，已有人主張省府撤至哈密，朱紹良、吳忠信決定堅守迪化，同時連電重慶告急。蔣介石接電后，即令第五戰(zhàn)區(qū)副司令長官郭寄嶠入新，代理第八戰(zhàn)區(qū)司令長官兼新疆警備總司令，并自青海調(diào)馬呈祥騎五軍入新，以穩(wěn)定局勢。
新疆事變的消息傳到重慶，國民黨中央感到了局勢的嚴重，尤其是新疆問題牽涉到對蘇關系，處理不當，極易為蘇聯(lián)利用，反過來又會影響國內(nèi)政治。前此，在中蘇條約談判時，蔣介石已提出新疆對蘇方針是，以新疆對蘇經(jīng)濟合作為條件，換取蘇聯(lián)在新疆內(nèi)部問題上對國民黨的支持^[3]。為此，在中蘇條約附件中，蘇聯(lián)承諾“關于新疆最近事變，蘇聯(lián)政府重申，如同盟友好條約第五條所云，無干涉中國內(nèi)政之意”^[4]。隨著新疆局勢的不斷惡化，國民黨尤其需要蘇聯(lián)的支持，蔣介石此時一心考慮如何對付中共，不希望被新疆問題牽扯過多力量。9月11日，蔣決定對新疆的方針是，“只可暫時忍受，不能立即作積極之抵抗”,外交對蘇“只作應有與合理之表示，而不加以刺激，勿使其有所借口”、“對新疆政治與宗族之改革，則作積極之準備”^[5]。恰好此時，原定到東北任職的張治中因為受熊式輝的排擠而無法前往，蔣介石有意讓其到西北任職，遂先派他到新疆調(diào)查情況，提出解決方案。
9月13日，張治中銜命飛往新疆，與朱紹良、吳忠信等探討解決新疆問題的方法，并與蘇聯(lián)駐新疆總領事會見。他在給蔣介石的電報中認為：此間情況萬分緊急，除非伊寧軍隊停止前進，迪化殊無把握確保。目前只有通過外交一途從事和平解決，否則迪化一失，則局勢全非，今后即能恢復，亦須費極大力量與極長時間。夜長夢多，變化難測，恐影響中央威信太大。應請當機立斷，不要拘于外交常規(guī)……請?zhí)K聯(lián)方面出來調(diào)停^[6]。
國民黨要求蘇聯(lián)調(diào)停的信息，很快便得到了蘇聯(lián)方面的回應。蘇聯(lián)駐華大使彼得洛夫向中國外交部發(fā)出照會，稱新疆三區(qū)代表“希望俄國出面為中間人，擔任調(diào)停彼等與中國當局所發(fā)生之沖突”,“蘇聯(lián)政府因關切其與新疆接壤地區(qū)之安寧和秩序，如中國政府愿意，則準備委派住伊寧領事，試對中國政府提供可能之協(xié)助，以便調(diào)整新疆已造成之局勢”。外交部隨即答復稱：“蘇聯(lián)駐伊寧領事愿意協(xié)助，請即代為通知并令介紹彼等到迪化晉謁張部長，商洽進行和平解決辦法?！?sup>[7]至此，國民黨與三區(qū)方面談判的渠道已經(jīng)打通。
張治中回到重慶后，向蔣介石匯報了新疆的情況，并綜合與各方商談的結(jié)果，建議：新疆人民歷史上備受高壓，當前應改變過去的作法，保證新疆人民的政治經(jīng)濟權利；新疆與內(nèi)地路途遙遠，增兵不易，補給困難，不能動武；新疆與蘇聯(lián)有歷史淵源，關系密切，不能反蘇；因此，只能用和平的方法解決問題。張的看法得到了蔣的首肯，蔣遂授權張全權處理新疆問題^[8]。
1945年10月，張治中以中央政府代表身份飛往迪化，隨行的有國防最高委員會副秘書長梁寒操，國民黨中央組織部副部長彭昭賢，政治部一廳廳長鄧文儀，三青團秘書處長劉孟純，陜西省建設廳長屈武等人。17日，張治中與先期到達的三區(qū)代表阿合買提江、賴希木江首次會見，張在談話中將雙方關系形容為“兄弟手足”,表示：“本人這次代表中央到這里來，很希望弟兄間的感情很快的能夠恢復，新省的問題很快的能夠得到解決，使一切恢復正常狀態(tài)?！?sup>[9]張的談話為其后的談判定下了基調(diào)，即在不損害國家主權、不違反三民主義、不違背中央法令的前提下，“充分予地方自治發(fā)展”。在張治中給三區(qū)方面的《中央對新疆局部事變的提示案》中提出：扶助新疆人民政治、經(jīng)濟、文化之平衡發(fā)展；尊重各族之宗教信仰；尊重各族固有文化風俗習慣；保障各族人民身體、財產(chǎn)、行動、居住、出版、集會、結(jié)社自由；減輕賦稅，嚴禁攤派。在實施地方自治方面，提示案規(guī)定：三個月內(nèi)進行鄉(xiāng)鎮(zhèn)保甲選舉，六個月內(nèi)進行縣參議會選舉；縣參議會成立六個月后，可選出二人，由省府擇一為縣長；各區(qū)行政專員由省府保薦，中央任命，亦可任用地方人士。提示案要求變亂區(qū)域停止軍事行動，限一個月內(nèi)恢復事變前狀態(tài)，取消不合法組織，參加人員資遣回籍或考核任用，免予追究^[10]。張治中認為，此一提案對三區(qū)方面作了不少讓步，尤其是關于地方自治的規(guī)定，內(nèi)地尚未實行。三區(qū)代表當時未作答復，只表示須攜回研究。
11月13日，談判重開。三區(qū)代表帶來了對中央提示案的對案，認為中央提示案“未能滿足吾人之要求”,故“要求真正的高度自治權”。該對案與張的提案最重要的分歧之處在于，它要求各級行政官吏由選舉產(chǎn)生，并規(guī)定省府的組織形式，還要求組織民族軍隊。張治中先同意縣級選舉時間可提前三個月，三區(qū)部隊可以團為單位編為保安部隊，后又在省府組織形式上作了重大讓步，同意將省府委員名額擴大一倍，其中地方可保薦十分之六，包括副主席一人及二位廳長，而三區(qū)方面可在其中保薦廳長一人，委員可占地方名額的十分之四。作為談判中間人的蘇聯(lián)領事認為此案比原案“顯示了極大的進步”,但三區(qū)代表表示還需要回伊寧研究。
12月25日，三區(qū)代表第三次來到迪化。他們先提出了三項要求，最重要者為1945年內(nèi)國民黨新增軍隊于簽約后全部撤回。張治中認為這是“節(jié)外生枝，沒有商談的余地，即席堅決拒絕”^[11]。經(jīng)過蘇聯(lián)領事的疏通，三區(qū)代表同意暫時不提這幾條，雙方的談判回到上一次的兩個分歧點上。關于軍隊問題，沒能達成協(xié)議，雙方同意以后再談。關于省府組織，張同意增加一名三區(qū)副主席，三區(qū)同意主席由中央任命。
1946年1月2日，《中央政府代表與新疆暴動區(qū)域人民代表之間以和平方式解決武裝沖突之條款》在迪化簽字。該協(xié)定共十一條，主要內(nèi)容為：事變解決后三個月內(nèi)選舉縣參議會，由參議會選舉縣長，副縣長由縣長委用；區(qū)專員由當?shù)乇Ｋ]，省府核定；縣參議會選舉省參議員；省府委員25人，中央直接派定10人，各區(qū)保薦15人，其中包括副主席兩人，副秘書長兩人，教育、建設廳長，民政、財政副廳長，及衛(wèi)生處長、社會處副處長。附文(一)規(guī)定，三區(qū)可保薦省府委員六人，包括副主席、副秘書長、廳長、副廳長各一人，處長或副處長一人。關于成立民族軍隊問題，規(guī)定由三區(qū)部隊進行改編，具體辦法由附文(二)決定^[12]。這個協(xié)定基本滿足了三區(qū)方面的要求，當?shù)剌浾撜J為，“由于張氏誠摯開明態(tài)度之感動，與其負責精神及非常之忍耐心，使此一困難問題終于獲得解決”^[13]。
新疆簽約的第二天，張治中飛回重慶參加國共談判。在此期間，他在國民黨六屆二中全會上作了有關新疆談判的報告，提出今后解決新疆問題的方針是：以三民主義力量保障新疆，以修明政治安定新疆，以充分經(jīng)濟力量建設新疆。同時，為了便利新疆問題的解決，國民黨對西北人事作了調(diào)整。2月15日，調(diào)朱紹良為軍委會副參謀總長兼辦公廳主任，撤銷第八戰(zhàn)區(qū)。3月1日，吳忠信以述職為由離開迪化。同月29日，張治中被任命為西北行營主任兼新疆省政府主席，并于當天離開重慶，飛往新疆，主持西北政務。
張治中主政新疆，首先調(diào)整人事，調(diào)跟隨自己多年的劉孟純?nèi)问「貢L，作風穩(wěn)健的陶峙岳為新疆警備總司令，以保證自己的權力運作少受干擾，同時“對省府改組事宜，刻正積極著手辦理”,“對施政方針將開始擬定具體草案……方針將本中央之一貫民主精神，配合地方情形樹立憲政基礎，予各宗族人民以合理之平等自由與人權之絕對保障”^[14]。在這樣的氣氛下，他和三區(qū)方面繼續(xù)就上次未能達成協(xié)議的有關軍事條款進行商談。三區(qū)方面要求，部隊編為騎兵十個團，步兵三個團，住地除三區(qū)外，還要住在南疆喀什、阿克蘇、庫車與省府迪化，這與張治中的編二個團與三個保安大隊且全住于三區(qū)的方案相差甚大。雙方對此進行了反復的討價還價，張只同意部隊數(shù)字可以讓到六個團，但堅決不同意住地擴大到三區(qū)之外。三區(qū)代表最后同意了張的方案，但張也允諾三區(qū)部隊可設統(tǒng)一指揮官。6月6日，新疆和平協(xié)定的附文(二)《關于事變部隊改編與住地的補充條款》簽訂，規(guī)定三區(qū)部隊編為步、騎各三個團，人數(shù)以1.2萬為限；指揮官兼省保安副司令；住地以三區(qū)為限。協(xié)定簽訂后，中央社在發(fā)自當?shù)氐膱蟮乐蟹Q，“商談已逾八月，計正式商談十八次，非正式商談不下數(shù)十次，經(jīng)歷無數(shù)挫折，其間且曾有三度陷于僵局”的新疆和平談判，終于“獲得最后之協(xié)議”,“經(jīng)歷一年又八個月之伊寧事變問題，至此已告和平解決，新疆全省人民于殷切盼望歡欣鼓舞之下進入和平建設之時期”^[15]。
7月1日，改組后的新疆省政府宣誓就職。根據(jù)事先的協(xié)議，張治中仍任省主席，三區(qū)方面的阿合買提江任副主席，阿巴索夫任副秘書長，賽福鼎任教育廳長，賴希木江任民政廳副廳長，其余各區(qū)推薦的包爾漢任副主席，薩力士任副秘書長，伊敏任建設廳長，馬廷驤任財政廳副廳長。中央派定的成員為，秘書長劉孟純，民政廳長王曾善，財政廳長盧郁文。這可說是當時全國獨一無二的聯(lián)合省政府，成員既有政治上的革命派(三區(qū)),也有中間派(包爾漢等),還有保守派(伊敏等),而張治中則以中央大員身份操控省府的運作過程。
新疆聯(lián)合政府成立之初，尚能保持合作局面。7月18日，省府全體會議通過了《新疆省政府綱領》,提出政治上保證人民自由，各民族一律平等；經(jīng)濟上扶植自耕農(nóng)，保護佃權；對外增進中蘇親善。各方對這個綱領頗有好評，然而因為種種原因，各方對這個綱領都可謂言大于行，最后只能束之高閣。不僅如此，因為聯(lián)合政府成立而暫時被掩蓋的矛盾也在隨時間的推移而凸顯。國民黨與三區(qū)方面圍繞三區(qū)地位及選舉等一系列問題產(chǎn)生了矛盾。此時，國共內(nèi)戰(zhàn)已經(jīng)爆發(fā)，三區(qū)方面與中共建立了聯(lián)系，實際成為中共領導的反國民黨陣營的一個組成部分^[16]。而國民黨也對三區(qū)形同獨立的存在很不滿意，11月，宋希濂出任新疆警備總司令，力主對三區(qū)采取強硬態(tài)度，雙方的沖突不可避免。
1947年2月20日起，迪化連續(xù)三天發(fā)生示威請愿，參加者向省府提出中央軍隊撤離新疆、重新舉行選舉、在南疆成立民族軍等要求，有著明顯的三區(qū)背景，因而引起國民黨勢力的強烈反彈。24日，迪化出現(xiàn)國民黨勢力操縱的擁護中央、要求取消地方特殊化的游行。次日，游行群眾至省府請愿，與支持三區(qū)的群眾發(fā)生沖突，互有死傷，一時迪化人心恐慌，當局宣布全市戒嚴。此時，張治中正在南京，他對省府主政者未能控制局面很為不滿。3月16日，他回到迪化，25日發(fā)表告全省民眾書，表示：“我們的堅決的態(tài)度是，從積極方面說，我們誓以全力貫徹和平條款和施政綱領全部不折不扣實現(xiàn)；從消極方面說，我們誓以全力采取最嚴厲而有效的辦法來制裁破壞和平條款和施政綱領的分子和挑撥者。”^[17]“二二五”事件后的緊張局勢得到暫時緩和。但是隨后張治中為地方選舉問題于5月去南疆巡視，受到群眾圍攻，他認為此事得到三區(qū)方面支持，使原本顯得超然的張治中也開始對三區(qū)方面不滿，他態(tài)度的變化，使本來表面上尚能一致的聯(lián)合政府滑向了解體的邊緣。
新疆聯(lián)合政府的破裂，是從省政府改組開始的。為了實行地方自治，張治中推出維吾爾族人麥斯武德?lián)问≈飨準鲜菄顸h內(nèi)維吾爾族頭面人物，政治立場與三區(qū)方面對立，因而遭到三區(qū)方面的強烈反對，決定“寧可不要和平條款，也要堅持我黨的政治立場，絕不與大土耳其分子合作”^[18]。5月28日，麥斯武德宣誓就職，三區(qū)方面省府成員拒絕出席，此后并拒絕出席麥氏主持的省府會議。張治中事后也認為，他“堅辭省主席保薦麥斯武德一舉，終于演成與伊寧方面再度分裂的開端”^[19]。麥氏就職的當天，民選產(chǎn)生的省參議會開幕，但也因為在省主席問題上分為兩派，經(jīng)過一個多月協(xié)商仍未能達成一致，結(jié)果一次大會未開便宣告休會，聯(lián)合政府的命運岌岌可危。
7月中旬，迪化以東的吐魯番、鄯善、托克遜三縣發(fā)生三區(qū)支持的武力襲擊當?shù)伛v軍的事件，這三個縣位置重要，一旦為三區(qū)控制，既可以控制出疆通道，又可對迪化形成夾攻之勢，還會影響南疆局勢，張治中再三猶豫之后，覺得不能再讓，遂告宋希濂，“堅決鎮(zhèn)壓，徹底肅清，交你全權處理”^[20]。由于國民黨軍隊兵力居優(yōu)，不出幾天，便平息了三縣武裝事變。
吐、鄯、托暴動迅速被國民黨軍隊平息，使三區(qū)方面深感唇亡齒寒，決裂不可避免。8月12日，代表三區(qū)方面出任省府副主席的阿合買提江離開迪化回伊寧，隨后三區(qū)方面成員陸續(xù)撤離，維持了一年多的新疆省聯(lián)合政府最終破裂。此后，新疆局面處于不戰(zhàn)不和的僵持狀態(tài)中。