政協(xié)會(huì)議通過(guò)了有關(guān)軍事問(wèn)題的決議，但軍事問(wèn)題的解決并未在會(huì)議上具體討論，而是在馬歇爾的直接參與下，會(huì)后由國(guó)共美三方談判解決。馬氏提出的對(duì)中國(guó)軍隊(duì)徹底改造的方案，強(qiáng)調(diào)按西方軍事傳統(tǒng)，在中國(guó)建立一支國(guó)家的、非政治化的、民主的軍隊(duì)，而非政爭(zhēng)的工具。軍政分離是他擬訂整軍方案的總原則^[1]。然而他的設(shè)想，首先在國(guó)共軍隊(duì)混編問(wèn)題上便碰了壁，中國(guó)的現(xiàn)實(shí)注定了馬氏的設(shè)想難以實(shí)現(xiàn)。
軍隊(duì)是中共最為關(guān)注的問(wèn)題，即使是在政協(xié)剛剛閉幕的樂(lè)觀氣氛中，中共對(duì)軍隊(duì)問(wèn)題也比對(duì)其他問(wèn)題更為小心。2月5日，周恩來(lái)向中共中央報(bào)告了馬歇爾的整軍方案，馬氏提出實(shí)行軍隊(duì)國(guó)家化，軍人不得兼任文職，平時(shí)軍隊(duì)只管訓(xùn)練，另劃補(bǔ)給區(qū)供給，軍隊(duì)不得隨意調(diào)動(dòng)；整編時(shí)間為18個(gè)月，第一步即實(shí)行國(guó)共軍隊(duì)以師為單位的初步混編。周恩來(lái)認(rèn)為馬氏提出的“建軍原則可同意，因他在基本上是限制統(tǒng)帥權(quán)的”;其“整軍原則，基本上亦可同意，因他之統(tǒng)一整編辦法，是公平的”。但在整軍程序上，周恩來(lái)認(rèn)為國(guó)共軍隊(duì)?wèi)?yīng)首先平行整編，混編應(yīng)待第二步再行^[2]。中共中央基本同意周恩來(lái)的意見(jiàn)，認(rèn)為：馬歇爾所提主張按西方民主制度改變中國(guó)軍隊(duì)制度及軍人思想的辦法，對(duì)破壞國(guó)民黨及許多軍隊(duì)的原系統(tǒng)是徹底的，但事實(shí)上今天行不通，可原則上贊成他的意見(jiàn)。對(duì)于馬氏的混編方案，中共認(rèn)為“其目的是企圖消滅或控制中共軍隊(duì)，故絕不能答應(yīng)”。因此，中共中央指示周恩來(lái)：“軍隊(duì)問(wèn)題是最重要的問(wèn)題，必須謹(jǐn)慎處理。為取得經(jīng)驗(yàn)并看清美國(guó)的意圖及當(dāng)前形勢(shì)來(lái)決定對(duì)軍隊(duì)的政策?！?sup>[3]
中共對(duì)馬歇爾整編方案的反應(yīng)尚在馬氏意料之中，令馬歇爾不解的是，國(guó)民黨也反對(duì)他的混編計(jì)劃，原因之一是非嫡系部隊(duì)及其長(zhǎng)官擔(dān)心因此而失去部隊(duì)的自主性，從而也就失去了諸多特權(quán)。直到晚年撰寫(xiě)回憶錄時(shí)，李宗仁尚憤憤于陳誠(chéng)企圖以混編“排除異己，培植私人勢(shì)力”,而且這樣一來(lái)，“原先本甚單純的軍事系統(tǒng)，反而弄得龐雜了，指揮不易，士氣消沉，戰(zhàn)斗力也因此喪失”(實(shí)際陳誠(chéng)并不主張立即實(shí)行混編，見(jiàn)下段)^[4],馬氏另外一個(gè)設(shè)想更是令國(guó)民黨莫明其妙。據(jù)張治中回憶，馬歇爾最初曾提出中共陸軍占總兵力的三分之一，海空軍中共亦占至少30%份額的方案。蔣介石見(jiàn)到該方案后非常詫異，因?yàn)閲?guó)共軍隊(duì)比例雙方已有成議，即中共占總數(shù)的六分之一或七分之一，而?？哲妴?wèn)題中共從未提出過(guò)，蔣即要馬歇爾立予修改。馬氏最后提出的方案維持了中共軍隊(duì)占總數(shù)六分之一的原案，而未再提?？哲妴?wèn)題^[5]。大概馬歇爾當(dāng)時(shí)企圖對(duì)中共誘之以利，使中共盡早同意其整編方案。就馬氏本人而言，他自認(rèn)提出的方案對(duì)國(guó)共雙方不偏不倚，然而他是按美國(guó)人的思維邏輯考慮問(wèn)題的，因此他的方案沒(méi)有考慮到中國(guó)國(guó)情，沒(méi)有認(rèn)識(shí)到中國(guó)長(zhǎng)期你死我活的政治斗爭(zhēng)中，軍隊(duì)所起的舉足輕重的作用，因此他的方案遭到國(guó)共雙方的反對(duì)就不奇怪了。
2月14日，關(guān)于整編軍隊(duì)的三人小組會(huì)議在重慶開(kāi)始舉行。由于國(guó)共雙方在很多問(wèn)題上已經(jīng)有私下默契，也由于當(dāng)時(shí)的大環(huán)境，加上馬歇爾的調(diào)解，整軍談判總體而言是在較為和諧的氣氛中進(jìn)行的，在軍隊(duì)數(shù)量、統(tǒng)帥權(quán)、復(fù)員等問(wèn)題上很快達(dá)成了妥協(xié)^[6]。國(guó)共爭(zhēng)論較多的是馬歇爾提出的混編計(jì)劃。國(guó)民黨代表張治中最先提出的方案照抄了馬歇爾的方案，在第一期整編的十二個(gè)月內(nèi)，軍隊(duì)實(shí)行以師為基礎(chǔ)的初步混編，即每軍由政府軍二師和中共軍一師，或政府軍一師中共軍二師組成；十二個(gè)月后的第二期整編六個(gè)月內(nèi)，實(shí)行徹底混編，即不再有政府師和中共師的界限之分。中共代表周恩來(lái)反對(duì)此一方案，他提出第一期雙方各自編成，不相混合；第二期初步混編或稱統(tǒng)編；徹底混編則須視以后局勢(shì)進(jìn)展情形如何再議。他的理由是，兩支軍隊(duì)彼此對(duì)立了十八年，有著不同的制度和體系，不可能一下就合在一起。馬歇爾折衷雙方意見(jiàn)提出一個(gè)方案，第一期整編，前六個(gè)月各自編成，后六個(gè)月實(shí)行以軍為基礎(chǔ)的混編，第二期實(shí)行以師為基礎(chǔ)的混編，未提徹底混編問(wèn)題^[7]。實(shí)際混編的方案在國(guó)民黨內(nèi)亦遭反對(duì)，軍政部部長(zhǎng)陳誠(chéng)的意見(jiàn)是：“混合編軍辦法最值得研究，因國(guó)共軍隊(duì)今后雖均屬國(guó)軍，在理自無(wú)問(wèn)題，惟以種種思想問(wèn)題，以及各軍歷史性，尤其所處之環(huán)境及將領(lǐng)之生活等等，決非短期所能融合(此點(diǎn)尤需特別注意)?！睆堉沃性敿友芯亢?，認(rèn)為一年內(nèi)混編實(shí)屬利害參半，遂向蔣介石建議，不如順?biāo)浦?，　接受馬歇爾的折衷方案^[8]。結(jié)果馬氏的方案得到國(guó)共雙方的首肯。
整軍談判中另外一個(gè)引起爭(zhēng)議的問(wèn)題，是一般人不太注意的憲兵與護(hù)路隊(duì)的地位。周恩來(lái)認(rèn)為此兩者人數(shù)及武裝均不少(憲兵有20個(gè)團(tuán)，護(hù)路隊(duì)有18個(gè)總隊(duì)),考慮到他們對(duì)中國(guó)政治民主化進(jìn)程的影響，應(yīng)予限制。張治中則表示，憲兵編制小，部署分散，且無(wú)重武器，不能稱為武裝力量，護(hù)路隊(duì)則不屬于軍政部管轄，因此這兩者不在討論范圍之內(nèi)，不應(yīng)提出。周恩來(lái)又表示，憲兵問(wèn)題非純關(guān)力量對(duì)比，而是憲兵到處干涉人民，影響民主政治。馬歇爾建議將此問(wèn)題留給政治方面解決。張治中就此問(wèn)題向蔣請(qǐng)示時(shí)認(rèn)為：“整編共軍最主要的為統(tǒng)編及駐地問(wèn)題，但如能于六個(gè)月后，即以軍為單位開(kāi)始統(tǒng)編，則駐地問(wèn)題亦可隨而解決，似屬于我有利。至憲兵及護(hù)路隊(duì)問(wèn)題，自仍以堅(jiān)決拒絕商談為宜。”^[9]最終這兩個(gè)問(wèn)題未在協(xié)議中寫(xiě)明。
2月25日，張治中、周恩來(lái)、馬歇爾簽署了《關(guān)于軍隊(duì)整編及統(tǒng)編中共部隊(duì)為國(guó)軍之基本方案》(通稱“整軍方案”),主要內(nèi)容為：1.國(guó)民政府主席為陸?？哲娮罡呓y(tǒng)帥，但在撤免中共部隊(duì)軍官時(shí)，應(yīng)由政府內(nèi)的中共代表提名；2.陸軍每軍由三個(gè)師組成，全國(guó)劃為八個(gè)補(bǔ)給區(qū)，負(fù)責(zé)軍隊(duì)補(bǔ)給；3.本協(xié)定公布后十二個(gè)月內(nèi)，政府應(yīng)將九十個(gè)師、中共應(yīng)將十八個(gè)師以外之各部隊(duì)復(fù)員，三到六個(gè)星期內(nèi)，政府與中共應(yīng)交出保留各師表冊(cè)及復(fù)員部隊(duì)次序，十二個(gè)月完畢后之六個(gè)月，政府軍應(yīng)縮編為五十個(gè)師，中共軍應(yīng)縮編為十個(gè)師，合共六十個(gè)師，編為二十個(gè)軍；4.自整編開(kāi)始六個(gè)月后，由政府軍和中共軍編成集團(tuán)軍，十二個(gè)月終了時(shí)，配置如下，東北，政府五個(gè)軍，中共一個(gè)軍。西北，政府五個(gè)軍。華北，政府三個(gè)軍，另四個(gè)集團(tuán)軍，各包含政府一個(gè)軍、中共一個(gè)軍，雙方各擔(dān)任二個(gè)集團(tuán)軍總司令。華中，政府九個(gè)軍，中共一個(gè)軍。華南，政府四個(gè)軍。十八個(gè)月終了時(shí)，取消集團(tuán)軍，配置如下，東北，政府四個(gè)軍，另一個(gè)軍，包括政府二個(gè)師，中共一個(gè)師，政府軍官任軍長(zhǎng)。西北，政府三個(gè)軍。華北，政府二個(gè)軍，另三個(gè)軍，每軍包括政府一個(gè)師，中共二個(gè)師，中共軍官任軍長(zhǎng)，一個(gè)軍，政府二個(gè)師，中共一個(gè)師，政府軍官任軍長(zhǎng)。華中，政府三個(gè)軍，另一個(gè)軍，包括中共二個(gè)師，政府一個(gè)師，中共軍官任軍長(zhǎng)。華南，政府二個(gè)軍；5.省保安部隊(duì)不得超過(guò)1.5萬(wàn)人，以輕武器為限；6.軍調(diào)部為本協(xié)定執(zhí)行機(jī)關(guān)，協(xié)定生效后，政府及任何黨派組織不得保持或支持任何秘密或獨(dú)立武力，偽軍及非正規(guī)軍應(yīng)盡速解除武裝并解散之^[10]。
自抗戰(zhàn)中后期起，軍隊(duì)問(wèn)題就一直是國(guó)共之間爭(zhēng)執(zhí)不下、最難妥協(xié)的關(guān)鍵問(wèn)題之一，在馬歇爾的調(diào)停下，國(guó)共雙方達(dá)成整軍協(xié)定，這是繼達(dá)成停戰(zhàn)協(xié)議和政協(xié)決議之后，中國(guó)政治民主化進(jìn)程的又一重大收獲。在整軍協(xié)定簽訂時(shí)，國(guó)共美三方代表均給予了肯定的評(píng)價(jià)。張治中稱，政治協(xié)商會(huì)議之成功，乃在達(dá)成政治民主化之目標(biāo)，此一文件，則將奠定軍隊(duì)國(guó)家化之基礎(chǔ)。今后我國(guó)當(dāng)可本和平建設(shè)之大方針，以建設(shè)三民主義之新中國(guó)。本人代表政府簽此方案，并百分之百保證其執(zhí)行，使達(dá)成逐步軍隊(duì)國(guó)家化之目的。周恩來(lái)稱，只要政府和中共，乃至全國(guó)人民都能堅(jiān)守和擁護(hù)此一方案，相信任何困難阻礙，都不能妨礙此方案之實(shí)施。我代表中國(guó)共產(chǎn)黨，向諸位，向全國(guó)人民，向世界友邦保證，凡我們簽訂的文件，特別要包含這次簽訂的整軍基本方案，我都要使他百分之百的實(shí)現(xiàn)。馬歇爾稱，此協(xié)定為中國(guó)之希望。吾相信其將不為少數(shù)頑固分子所污損，蓋此少數(shù)頑固分子，自利自私，即摧毀中國(guó)大多數(shù)人民所渴望之和平及繁榮生存權(quán)利而不顧也^[11]。根據(jù)馬歇爾擬訂原則達(dá)成的整軍協(xié)定，與政協(xié)決議精神是相符合的，即在一個(gè)西方式民主政體下，建立一支真正的國(guó)家軍隊(duì)?？紤]到軍隊(duì)在中國(guó)政治中的特殊重要性，整軍協(xié)定的實(shí)行較之政協(xié)決議更為困難，更有賴于整個(gè)政治環(huán)境的支持，然而此時(shí)的政治環(huán)境較之一個(gè)月以前已經(jīng)有了某種變化，國(guó)民黨內(nèi)對(duì)于政協(xié)決議的反彈正在浮現(xiàn)，從整軍協(xié)定在反蘇游行的余波中簽訂這一事實(shí)^[12],多少已可預(yù)知其未來(lái)的命運(yùn)未可樂(lè)觀。
整軍協(xié)定雖得到了蔣介石的同意，但他對(duì)此并不滿意，他自記所感曰：“整編時(shí)期定為一年半，乃全照共黨之意見(jiàn)而定，又華北五省，政府只可駐七個(gè)軍，而中共反可駐四個(gè)軍，初尚以為只限于冀魯兩省，殊不料其所談?wù)呦抵溉A北五省也，甚矣！文白(張治中)之足以誤事也?！?sup>[13]更為蔣介石不滿的是，美國(guó)提出在整軍期間建立一所軍事學(xué)校，訓(xùn)練中共軍隊(duì)，并以美國(guó)武器裝備中共部隊(duì)十個(gè)師。在美國(guó)看來(lái)這是對(duì)中國(guó)軍隊(duì)一視同仁，并且可以借此籠絡(luò)、控制中共部隊(duì)，但在蔣介石眼中，這無(wú)異于使自己的老對(duì)手如虎添翼。魏德邁在3月27日以備忘錄致蔣介石，擬先裝備中共部隊(duì)十個(gè)步兵營(yíng)，十一個(gè)山炮連。蔣介石批示以下述意見(jiàn)轉(zhuǎn)告魏德邁：“在中共部隊(duì)未依照規(guī)定整編完畢以前，似不宜將此項(xiàng)裝備即行移交?！?sup>[14]馬歇爾回中國(guó)后，對(duì)蔣的決定頗為不滿，他在給蔣的備忘錄中指出，此項(xiàng)裝備為供給設(shè)在張家口的中共軍事學(xué)校培訓(xùn)之用，以使其部隊(duì)在整編時(shí)得有適當(dāng)組織與訓(xùn)練，非為野戰(zhàn)使用，“現(xiàn)得見(jiàn)鈞座之訓(xùn)令，勢(shì)將中止上述辦法，于是實(shí)施整編統(tǒng)編之協(xié)定，亦必中止，故此事自極嚴(yán)重也”。國(guó)民黨方面經(jīng)過(guò)研究，認(rèn)為訓(xùn)練與裝備應(yīng)該分開(kāi)，訓(xùn)練所用之必須裝備可以同意供應(yīng)，但應(yīng)先交由國(guó)方保管，至于“裝備共軍部隊(duì)，須俟統(tǒng)編后能統(tǒng)一指揮，方可開(kāi)始，否則，危險(xiǎn)性大，我方擬堅(jiān)持此項(xiàng)原則”^[15]。由于形勢(shì)的變化，馬歇爾以后未再堅(jiān)持前議，此事遂不了了之。
整軍協(xié)定達(dá)成后，張治中、周恩來(lái)、馬歇爾三人偕軍調(diào)部三方委員于2月28日至3月6日巡視了北平、張家口、集寧、濟(jì)南、徐州、新鄉(xiāng)、太原、歸綏、延安、武漢十處，會(huì)見(jiàn)了中共領(lǐng)導(dǎo)人毛澤東、劉少奇、朱德和國(guó)共雙方高級(jí)軍事將領(lǐng)，解決了若干未決問(wèn)題^[16]。此次三人小組視察體現(xiàn)出的合作精神，不僅是軍事調(diào)處，而且可以說(shuō)是1946年早春中國(guó)政治民主化進(jìn)程的最高峰。在延安，毛澤東向馬歇爾保證，中共將盡其可能地遵守已經(jīng)達(dá)成的協(xié)議，在美國(guó)朋友的幫助下，這些協(xié)議定能付諸實(shí)施，完成中國(guó)的復(fù)興重建工作。馬氏顯然為毛的表示所打動(dòng)，特意告訴他，因?yàn)閲?guó)民黨是執(zhí)政黨，因此其黨內(nèi)的自私派別自然不愿交出權(quán)力，然而這一定不會(huì)被大家所容忍。隨后，馬歇爾自信地告訴杜魯門(mén)：“通過(guò)他們的巡視，各地的所有問(wèn)題已經(jīng)得到澄清，并促進(jìn)了普遍的理解。一切都表明，事情將迅速得以解決，交通將重新恢復(fù)，平民的正常生活實(shí)際正在恢復(fù)之中?！?sup>[17]他因此而認(rèn)為，事態(tài)的發(fā)展都在他的計(jì)劃之中，他可以放心地回國(guó)述職，安排貸款、援華等事宜。然而馬歇爾過(guò)于自信了，他沒(méi)有料到的是，就在他返美前后，國(guó)民黨六屆二中全會(huì)對(duì)政協(xié)決議的反動(dòng)，導(dǎo)致了這一民主化進(jìn)程的停滯和逆轉(zhuǎn)。等他一個(gè)月之后自美返華，中國(guó)的政治軍事形勢(shì)與他走前相比已經(jīng)面目全非了。