1937年8月11日國民黨中央政治委員會決定設(shè)立的國防最高會議，既是政治和軍事領(lǐng)域大政方針的最高決策機(jī)構(gòu)，也是經(jīng)濟(jì)決策的最高機(jī)構(gòu)。國防最高會議的職權(quán)中包括對國防方針、國防經(jīng)費、國家總動員事項的決定^[1],在戰(zhàn)時當(dāng)然也包括了對重大經(jīng)濟(jì)問題的決策。至1939年1月，國民黨五屆五中全會設(shè)立了國防最高委員會，既取代了原國防最高會議，又明確代行中央政治委員之職權(quán)，國防最高委員會委員長對于黨政軍一切事務(wù)，得不依平時程序，以命令為便宜之措施^[2],經(jīng)濟(jì)決策權(quán)同樣也高度集中了，這是戰(zhàn)時經(jīng)濟(jì)體制進(jìn)一步完備的標(biāo)志。
從戰(zhàn)時經(jīng)濟(jì)具體機(jī)構(gòu)的設(shè)立和調(diào)整來看，起初國民政府試圖通過強(qiáng)化軍事部門的作用，來應(yīng)付大規(guī)模戰(zhàn)爭的爆發(fā)所帶來的經(jīng)濟(jì)問題。為了應(yīng)付戰(zhàn)爭爆發(fā)對經(jīng)濟(jì)造成的混亂局面，國民黨當(dāng)局決定對戰(zhàn)時經(jīng)濟(jì)“加以嚴(yán)密之組織，予以適當(dāng)之調(diào)整，濟(jì)以有力之援助”,以解除戰(zhàn)爭帶來的困難，促進(jìn)農(nóng)、礦、工商百業(yè)之發(fā)展。1937年10月，在蔣介石的提議下，經(jīng)國防最高會議議決，在軍事委員會下設(shè)農(nóng)業(yè)調(diào)整委員會、工礦調(diào)整委員會、貿(mào)易調(diào)整委員會。三個調(diào)整委員會的主要職責(zé)和使命，在于調(diào)劑農(nóng)村經(jīng)濟(jì)，保育實業(yè)生產(chǎn)，保持國際市場，并“各就主管范圍，督促管理，負(fù)責(zé)調(diào)整”^[3];另在軍事委員會設(shè)第三部管制礦產(chǎn)品和重工業(yè)品，設(shè)第四部管制農(nóng)產(chǎn)品和輕工業(yè)品，設(shè)第六部管理交通運輸，都體現(xiàn)了這方面的用意。
但是，上述軍事部門與已有仍在發(fā)揮其職能的政府經(jīng)濟(jì)部門，如實業(yè)部、全國經(jīng)濟(jì)委員會等，顯然有職權(quán)劃分不清、機(jī)構(gòu)重疊的問題，導(dǎo)致了經(jīng)濟(jì)決策和管理方面的混亂。為了適應(yīng)戰(zhàn)爭持久化的需要，國民政府開始對經(jīng)濟(jì)機(jī)構(gòu)進(jìn)行較系統(tǒng)的調(diào)整。
1938年1月1日，國民政府對行政院進(jìn)行改組，將實業(yè)部改組為經(jīng)濟(jì)部，為管理全國經(jīng)濟(jì)行政事務(wù)之機(jī)關(guān)，對于各地方最高行政長官執(zhí)行經(jīng)濟(jì)行政事務(wù)，有指示監(jiān)督之責(zé)^[4]。原直屬于國民政府的全國建設(shè)委員會、全國經(jīng)濟(jì)委員會之水利部分，歸并入經(jīng)濟(jì)部；原隸屬于軍事委員會與經(jīng)濟(jì)相關(guān)的若干機(jī)構(gòu)，即第三、第四兩部、資源委員會、農(nóng)業(yè)調(diào)整委員會、工礦調(diào)整委員會，也并入了經(jīng)濟(jì)部。在經(jīng)濟(jì)部內(nèi)，先后設(shè)置了農(nóng)林、水利、礦業(yè)、工業(yè)、電業(yè)、商業(yè)、企業(yè)、管制、總務(wù)等司，農(nóng)本、商標(biāo)、度量衡、采金、物資等局，工礦調(diào)整、燃料管理、平價購銷等處，資源、燃料等委員會。經(jīng)濟(jì)部的職權(quán)范圍一度包括了戰(zhàn)時中國主要生產(chǎn)領(lǐng)域(農(nóng)、礦、工業(yè))和商業(yè)領(lǐng)域，雖然下屬機(jī)構(gòu)眾多，但大體上代表了一種高度集中的戰(zhàn)時經(jīng)濟(jì)體制。
資源委員會由原屬于軍事委員會改隸經(jīng)濟(jì)部之后，職權(quán)范圍擴(kuò)大了，包括所有國營基本工業(yè)、動力工業(yè)和礦業(yè)企業(yè)的創(chuàng)辦、經(jīng)營和管理，統(tǒng)制所有戰(zhàn)略物資的生產(chǎn)、收購和運銷。戰(zhàn)時資源委員會先后建立了數(shù)百個電氣和工礦企業(yè)，是電力、燃料、礦產(chǎn)品和重工業(yè)品的主管機(jī)構(gòu)。
原屬于軍事委員會的貿(mào)易調(diào)整委員會于1938年改隸于財政部，易名貿(mào)易委員會，主要職權(quán)為管制進(jìn)出口貿(mào)易，推進(jìn)對外貿(mào)易的發(fā)展，管理外匯、借款、易貨償債，從國外購貨，對日偽進(jìn)行經(jīng)濟(jì)封鎖，自日偽占領(lǐng)區(qū)搶購重要物資等。
戰(zhàn)前，國民政府行政院下設(shè)交通部和鐵道部。1938年1月1日，鐵道部被撤銷，所經(jīng)營管理之鐵道事業(yè)歸并入交通部；此外，全國經(jīng)濟(jì)委員會所屬的公路處和軍事委員會下屬的水陸運輸聯(lián)合辦事處，也都劃入交通部。自此，交通部的職權(quán)范圍大為擴(kuò)展，全面負(fù)責(zé)國有鐵路、公路、電信、郵政、航政事業(yè)的規(guī)劃、建設(shè)和管理，對地方經(jīng)辦及民營之交通事業(yè)，亦有監(jiān)督之責(zé)。
1938年初所進(jìn)行的調(diào)整，是抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)以來國民黨當(dāng)局對中央經(jīng)濟(jì)行政機(jī)構(gòu)所作的最全面、最系統(tǒng)的大調(diào)整。其結(jié)果是經(jīng)濟(jì)、行政職能基本上從軍事機(jī)構(gòu)中劃分出來，統(tǒng)一于行政院系統(tǒng)。這并非意味著淡化經(jīng)濟(jì)的戰(zhàn)時特征，恰恰相反，它實際上是為了適應(yīng)戰(zhàn)爭持久化的需要，不再人為劃分經(jīng)濟(jì)的“戰(zhàn)時”和“非戰(zhàn)時”性質(zhì)，而是把所有經(jīng)濟(jì)機(jī)構(gòu)都定位于為戰(zhàn)爭服務(wù)，從而大大加強(qiáng)了戰(zhàn)時中央經(jīng)濟(jì)職能和權(quán)限的集中，有助于經(jīng)濟(jì)行政效率的提高，對戰(zhàn)時后方各地社會經(jīng)濟(jì)的運作有著直接的影響。
隨著戰(zhàn)爭的進(jìn)展，特別是經(jīng)濟(jì)統(tǒng)制的全面實施，要求經(jīng)濟(jì)決策的集中統(tǒng)一和貫徹實施的高效率，再次提上議事日程。1940年10月，在國防最高委員會內(nèi)設(shè)立了中央設(shè)計局，蔣介石兼總裁，其中集中了一批專門人才，掌管全國政治、軍事、經(jīng)濟(jì)建設(shè)計劃和預(yù)算之設(shè)計與審議^[5]。這還只是個綜合性的高層決策咨詢機(jī)構(gòu)。同年12月，決定在行政院內(nèi)設(shè)立經(jīng)濟(jì)會議，1941年2月8日，行政院經(jīng)濟(jì)會議正式成立，開始辦公，每星期開會一次，其職權(quán)范圍為：“統(tǒng)籌戰(zhàn)時經(jīng)濟(jì)”、“政府一切經(jīng)濟(jì)設(shè)施概由經(jīng)濟(jì)會議審定”,凡經(jīng)濟(jì)會議之議決案，以行政院之命令行之^[6]。經(jīng)濟(jì)會議以行政院院長(當(dāng)時為蔣介石)為主席，行政院副院長(當(dāng)時為孔祥熙)為副主席，委員包括財政、經(jīng)濟(jì)、軍政、交通、農(nóng)林、社會各部的部長，行政院秘書長和政務(wù)處處長，軍事委員會參謀本部總長和次長、軍令部部長、后方勤務(wù)部部長、軍事委員會侍從室各處的主任，中央設(shè)計局秘書長，全國糧食管理局局長，中央銀行總裁、副總裁，四聯(lián)總處秘書長，資源委員會主任委員，貿(mào)易委員會主任委員，軍需署署長，兵工署署長。指派侍從室第一處主任賀耀組為秘書長。行政院經(jīng)濟(jì)會議設(shè)各專門委員會，指派專門人員組織之。另在秘書處下設(shè)政務(wù)、糧食、物資、工資、運輸、金融、貿(mào)易、合作、調(diào)查、檢察、軍事等組，分理各項事務(wù)。如檢察組可派員前往各地，執(zhí)行經(jīng)濟(jì)檢察任務(wù)，以貫徹實施經(jīng)濟(jì)統(tǒng)制政策。
1942年3月29日，國民政府公布了《國家總動員法》,實施全面的戰(zhàn)時統(tǒng)制。4月，行政院經(jīng)濟(jì)會議也相應(yīng)改為國家總動員會議。此后，國民政府戰(zhàn)時中央經(jīng)濟(jì)機(jī)構(gòu)相對穩(wěn)定，未再作大的調(diào)整。