元代掌管全國佛教事務和西藏地區(qū)軍政事務的機關。元初始置總制院，元世祖至元二十五年(1288年),因為總制院所統(tǒng)轄藏族地區(qū)軍民財賦事關重要，據(jù)唐代在宣政殿接待吐蕃來使的先例，改總制院名為宣政院。由帝師兼領，設院使、同知、副使等官，下轄藏族地區(qū)各宣慰司、招討司、萬戶府等地方行政機構。院使以下的各級職官，包括藏族地區(qū)各級官吏，由院自選或由帝師舉薦，僧俗并用。平時地方遇事，設行宣政院駐當?shù)靥幚?。凡重大軍政問題，則由宣政院會同樞密院議處。