在發(fā)動(dòng)政變逼走孫中山之后，陳炯明于8月15日以勝利者的姿態(tài)回到廣州，復(fù)任粵軍總司令，并在18日通過省議會(huì)任命香港買辦商人陳席儒為省長。陳席儒與孫中山和陳炯明都有聯(lián)絡(luò)，曾經(jīng)捐資支持革命，因?yàn)楫?dāng)時(shí)廣東地方財(cái)政困窘，而陳席儒自告奮勇出任省長，謂可籌得貸款，以作軍餉，故陳炯明以其為省長。但是，陳席儒在位時(shí)間甚短，格于各種內(nèi)外因素，不能根本解決廣東的財(cái)政困難，廣東紙幣貶值，社會(huì)動(dòng)蕩，不利于陳炯明穩(wěn)固其統(tǒng)治。
陳炯明在廣東重掌省政后，標(biāo)榜“軍民分治”,提倡“聯(lián)省自治”,并與北京政府和直系建立了聯(lián)系。對陳炯明將孫中山排擠出廣東，直系是支持的，但對其鼓吹“聯(lián)省自治”,直系又是反對的。9月5日，陳炯明致函北京政府陸軍總長張紹曾，表示“但使各方調(diào)協(xié)，則天下事固尚可為。炯雖無似，凡可輔成隆治者，亦極愿竭此綿薄”。張紹曾接信后，向曹錕、吳佩孚報(bào)告稱：“頃得陳競存(陳炯明)書，對于統(tǒng)一頗愿贊襄?！庇謴?fù)函陳炯明稱：“方今法統(tǒng)雖已重光，全局尚未統(tǒng)一，……鄙意以為非法政府取消之日，正吾共謀建設(shè)之時(shí)。為今之計(jì)，各省惟有一致以尊重憲法，共策政治之改良，為贊襄統(tǒng)一之舉。若仍各據(jù)一隅，以私見相峙，則國家不可救藥矣?！?sup>[1] 直系希望陳炯明早日歸順北京政府，完成“統(tǒng)一”大業(yè)，但陳炯明需要的是直系的實(shí)際支持，以加強(qiáng)其對廣東的統(tǒng)治，而對完全歸順北京政府，則又心不甘情不愿，雙方的關(guān)系頗為微妙?！?br>還不等陳炯明在廣東當(dāng)政有所施展，他的位置還沒坐熱，又要面臨孫中山發(fā)動(dòng)的軍事反攻。李厚基倒臺(tái)后，北伐粵軍在福建獲得了難得的休整之機(jī)。1922年10月，孫中山指示將北伐粵軍改編為東路討賊軍，任許崇智為總司令，蔣介石為參謀長，黃大偉為第一軍軍長，許崇智兼第二軍軍長，李福林為第三軍軍長，在閩粵邊界整軍經(jīng)武，準(zhǔn)備打回廣東。其后，孫中山又指示將駐守粵桂邊境的滇軍楊希閔、張開儒、朱培德部，桂軍劉震寰、沈鴻英(其時(shí)尚未投靠直系)部改編為西路討賊軍，準(zhǔn)備自東西兩路出兵夾擊陳炯明，使其“不能有東西兼顧之力量，即為我軍恢復(fù)百粵最良機(jī)會(huì)”;“惟有于最短期間，東西并舉，使陳賊不能兼顧”^[2]。同時(shí)在香港設(shè)辦事處，以鄒魯為特派員，鄧澤如為理財(cái)員，募集款項(xiàng)支持。
面對孫中山部署以東西兩路武力回粵的現(xiàn)實(shí)，以陳炯明有限的實(shí)力，確實(shí)無法“東西兼顧”,他遂將布防重點(diǎn)放在粵閩邊境，以洪兆麟為總司令，同時(shí)令楊坤如部防守北江，梁鴻楷、熊略等部防守西江，又拉攏舊桂系將領(lǐng)林虎出任援桂司令，并允其事后主政廣西。陳炯明的布防計(jì)劃偏東輕西，為孫中山的軍事反攻首先在西線取得突破創(chuàng)造了機(jī)會(huì)，因?yàn)椴挤涝诨浌疬吘澄鹘较虻幕涇姷谝粠熈壶櫩颗c陳炯明的關(guān)系本不深，其部將李濟(jì)深、鄧演達(dá)等因?yàn)樵瓗熼L鄧鏗的關(guān)系，與孫中山有較多聯(lián)絡(luò)，在軍中密謀發(fā)動(dòng)反陳起事，并得到孫中山的贊助。1922年10月，鄧演達(dá)作為軍中同仁的代表，秘密到上海見孫中山，孫中山指示他：“首先發(fā)動(dòng)現(xiàn)在廣西徘徊的張開儒滇軍，劉震寰和沈鴻英的桂軍，聯(lián)合可靠的粵軍，討伐陳炯明，奪回廣東革命根據(jù)地，再作第二步計(jì)劃?！逼浜螽?dāng)他們被調(diào)派西江布防后，即與當(dāng)面滇桂軍“暗中與其聯(lián)絡(luò)，訂定條件，并接濟(jì)其軍餉”,“在后方做內(nèi)應(yīng)工作”,準(zhǔn)備在時(shí)機(jī)成熟時(shí)對陳炯明反戈相向^[3]。駐守梧州的粵軍第四師，其中一部分原為許崇智舊部，對陳炯明派親信熊略任師長頗為不服，旅長兼梧州衛(wèi)戍司令莫雄遂秘密聯(lián)絡(luò)滇桂軍，并派人向在上海的孫中山及其駐港辦事處報(bào)告，建立了經(jīng)常聯(lián)系。陳炯明請舊桂系軍人領(lǐng)軍的舉動(dòng)，更使駐守西江的粵軍上下均不滿，堅(jiān)定了他們反對陳炯明的決心。
1922年12月25日至26日，滇、桂、粵軍三方代表在廣西藤縣大湟江白馬寺開會(huì)(即“白馬會(huì)盟”),商議聯(lián)合討伐陳炯明的部署^[4]。27日，滇桂軍率先發(fā)起進(jìn)攻，粵軍主動(dòng)后退。28日，滇軍楊希閔部、桂軍劉震寰部進(jìn)據(jù)西江重鎮(zhèn)——梧州。31日，滇、桂、粵各軍誓師討陳，然后兵分三路，滇軍楊希閔等部沿西江北岸，桂軍劉震寰等部沿西江南岸，直進(jìn)廣州，桂軍沈鴻英部則向北江方向出動(dòng)，抄陳炯明部之后。
1923年1月4日，孫中山發(fā)布《討伐陳炯明通電》,聲討陳炯明“半載以來，倒行逆施，紀(jì)綱蕩然，驕兵悍將，貪官污吏，以百姓為魚肉；尤復(fù)陰弛賭禁，操縱金融，以致民生憔悴，不可終日，禍粵之罪，更不容誅”。號(hào)令“諸軍將士奮勇殺賊，為民除害，凡我粵人，務(wù)宜同仇敵愾，以成撥亂反正之功?！覐V東全省人民既備受陳逆之毒害，必深知陳逆之詐偽，際此義師奮發(fā)，叛徒喪膽，當(dāng)急起直前，以人心為士氣之后盾，俾膚功早奏，四境又安，有厚望焉”^[5]。此后，西路討賊軍順西江而下，陳炯明急派葉舉擔(dān)任西江前敵總指揮，還向直系曹吳、湖南趙恒惕、云南唐繼堯等求援，但因討賊軍進(jìn)展迅速，各方都未伸出援手，而取觀望態(tài)度。1月9日，西路討賊軍占肇慶。次日占三水，逼近廣州，陳炯明部軍心渙散，無力再戰(zhàn)，各部紛紛棄陳而去。1月15日，被陳炯明視為心腹親信的洪兆麟，也在汕頭宣告脫離陳炯明，迫使陳炯明不得不在當(dāng)日發(fā)表通電，“宣告解職，完全下野，以謝父老”^[6]。隨后他離開廣州赴惠州，轉(zhuǎn)道于30日到香港。
討伐陳炯明的戰(zhàn)爭出乎意料的順利，討陳聯(lián)軍未經(jīng)激烈戰(zhàn)斗即拿下廣州，說明陳炯明在廣東的統(tǒng)治非常不穩(wěn)固，但是也為孫中山帶來了新的問題。原本被孫中山倚為回粵依靠的東路討賊軍許崇智部，雖然在1月9日通電宣布即日返師回粵討賊，2月初離閩回粵，卻被洪兆麟部所阻，滯留于粵東潮汕一帶，未能在討陳戰(zhàn)爭中發(fā)揮重要作用。滇軍比較親近孫中山的朱培德部也還滯留在廣西，首先進(jìn)入廣州的是桂軍劉震寰、沈鴻英等部和滇軍中與孫中山關(guān)系相對疏遠(yuǎn)的楊希閔等部，他們以戰(zhàn)勝者自居，在廣州占據(jù)公產(chǎn)，橫行霸道，紀(jì)律松弛，擾商滋事，引起廣東社會(huì)各界、輿論及粵軍力量的反感，何況廣州民眾對桂系在廣東多年統(tǒng)治的負(fù)面印象難除，對桂軍更沒有好印象；再者，他們隨意擴(kuò)充軍隊(duì)，擴(kuò)張個(gè)人勢力，分割地盤，也為其后廣東的穩(wěn)定帶來隱患。當(dāng)時(shí)孫中山在上海還沒有做好立即回粵的準(zhǔn)備，1月17日，他任命胡漢民、李烈鈞、許崇智、鄒魯、魏邦平為全權(quán)代行大總統(tǒng)職權(quán)，希望依靠他們和魏邦平的粵軍穩(wěn)定廣州秩序。18日，鄒魯?shù)扰c粵軍、海軍首領(lǐng)開會(huì)，推魏邦平為討賊軍司令，決定設(shè)立海陸軍警聯(lián)合維持治安辦事處，推魏邦平為主任，決定已入廣州各軍由各軍長統(tǒng)御而維持治安，軍費(fèi)臨時(shí)由商務(wù)總會(huì)及其他各處借入，確定滇桂軍駐屯地點(diǎn)，電請孫中山任命各長官。1月21日胡漢民與李烈鈞抵廣州，25日胡漢民就任省長，惟次日即發(fā)生江防司令部會(huì)議之變。沈鴻英以楊希閔、劉震寰名義，邀請胡漢民、鄒魯、魏邦平等到滇軍駐地長堤江防司令部會(huì)議，討論地方善后等問題，及至胡漢民、魏邦平、鄒魯?shù)鹊綍?huì)場后，沈部第一軍軍長李易標(biāo)等尋釁生事，詰問：“陳炯明已走，何以又有粵軍討賊總司令之設(shè)立？是否以滇、桂軍為賊？”一言不合即開槍動(dòng)武，胡漢民衛(wèi)士兩人被打死，胡漢民和鄒魯在滇軍人員護(hù)衛(wèi)下逃出，翌日轉(zhuǎn)赴香港，魏邦平被執(zhí)扣押。由于事發(fā)后孫中山急令許崇智部東路討賊軍和朱培德部滇軍速向廣州集中，令廣州周邊粵軍嚴(yán)密監(jiān)視，并爭取到廣州楊希閔部滇軍和劉震寰部桂軍的支持，迫使沈鴻英未敢決裂，于2月6日釋放了魏邦平，將其部撤出廣州。此事凸顯了廣東政局在驅(qū)陳之后的不穩(wěn)與復(fù)雜，并將在不短的時(shí)間里始終困擾著孫中山及其繼任者。如時(shí)論所言：“廣東境內(nèi)之內(nèi)外政派軍閥，其關(guān)系似頗復(fù)雜，而迭次勃發(fā)變亂者，多因軍人輩欲自握權(quán)勢之野心所致。彼輩概系簡單之武人，毫無政治思想，原欲藉武力一時(shí)鎮(zhèn)壓反對派，以恣達(dá)其政權(quán)欲望，并不知現(xiàn)代政治非如斯簡單之物也?！?sup>[7]
因?yàn)閺V東政局的動(dòng)蕩，各界更期待孫中山速回，以穩(wěn)定局勢。1923年2月15日，孫中山離滬返粵，17日抵香港，21日到廣州，在當(dāng)晚滇桂軍舉行的歡迎宴會(huì)上，孫中山發(fā)表演說，宣示“要統(tǒng)一滇桂粵諸軍，造成統(tǒng)一的中華民國”;“整頓內(nèi)部，以廣東為模范，統(tǒng)一西南；以西南為模范，統(tǒng)一中國”;“我們自今晚起，要把這個(gè)責(zé)任擔(dān)負(fù)起來，大家向前奮斗，另外造成一個(gè)新局面?！?sup>[8]
此次回粵，孫中山不再提“護(hù)法”,也不再成立政府恢復(fù)國會(huì)，表示他對“護(hù)法”和國會(huì)等等的失望。他在3月2日成立海陸軍大元帥大本營，自任大元帥，任命程潛為軍政部長，譚延闿為內(nèi)政部長，廖仲愷為財(cái)政部長，鄧澤如為建設(shè)部長。大元帥不經(jīng)國會(huì)選舉產(chǎn)生，不對國會(huì)負(fù)責(zé)，有權(quán)任命官員，發(fā)布命令，指揮軍隊(duì)，處理一切重要政務(wù)，實(shí)際上廣州政府的主要權(quán)力集中于大元帥一人之手，孫中山的革命生涯因此而翻開了新的一頁^[9]。