同盟會(huì)的內(nèi)部矛盾因陶成章去南洋募捐而進(jìn)一步加劇。
1908年秋，孫中山在新加坡設(shè)立同盟會(huì)南洋支部，宣稱“欲使南洋各處團(tuán)體互相聯(lián)絡(luò)，以成統(tǒng)一”^[1],委胡漢民為支部長(zhǎng)，下轄南洋各分會(huì)。南洋支部實(shí)際上成為與東京本部并峙的中心。
這一時(shí)期，革命黨人在經(jīng)濟(jì)上遭遇到極大困難。在南洋，因參加河口起義被逐出的人員達(dá)六七百，要安排他們的生計(jì)。南洋革命黨人為此焦頭爛額，孫中山自己也常常陷入衣食不周的窘境。在東京，《民報(bào)》經(jīng)費(fèi)支絀，章炳麟窮得并日而食，有時(shí)就靠啃幾塊麥餅過日子。
為了維持《民報(bào)》出版和籌措在江、浙等五省活動(dòng)的經(jīng)費(fèi)，同年9月，陶成章改名唐繼高，帶著章炳麟所印《民報(bào)》股票數(shù)百張赴南洋籌款。到達(dá)新加坡后，住在《中興日?qǐng)?bào)》館，撰文參加和《南洋總匯新報(bào)》的論戰(zhàn)。同時(shí)向?qū)O中山要求撥款三千元作為《民報(bào)》印刷費(fèi)，并要求增加股款及維持費(fèi)。孫中山和章炳麟不和，對(duì)章把《民報(bào)》辦成“佛報(bào)”不感興趣；陶成章支持章炳麟，孫中山對(duì)他南來活動(dòng)也有戒心。因而，沒有積極支持。最初，孫中山曾將自己的手表等物交陶成章變賣，其后，陶成章要求為他籌款五萬元，孫中山即“推以近日南洋經(jīng)濟(jì)恐慌，自顧不暇，斷難辦到”^[2]。陶要求孫中山寫信介紹他到各地籌款，孫中山應(yīng)允了。
在光復(fù)會(huì)并入同盟會(huì)的過程中，陶成章的行動(dòng)本來就是遲緩的。直到1907年1月4日，他才成為同盟會(huì)員。這時(shí)，更對(duì)孫中山產(chǎn)生了疑忌，便決計(jì)“獨(dú)自經(jīng)營(yíng)”。他和在檳港當(dāng)教員的原華興會(huì)會(huì)員李燮和計(jì)議，印刷光復(fù)會(huì)盟書，準(zhǔn)備在南洋大量發(fā)展會(huì)員。11月，陶成章至緬甸仰光，在《光華日?qǐng)?bào)》發(fā)表記述秋瑾、徐錫麟起義的《浙案紀(jì)略》,以為宣傳，同時(shí)，以江、浙、皖、贛、閩五省革命軍布置決行團(tuán)為名籌餉。發(fā)票正面加蓋的是“浙江同盟分會(huì)”印；背面，陶成章聲明：“光復(fù)會(huì)由來已久”,內(nèi)地“更改為難”^[3],為重新打出光復(fù)會(huì)旗號(hào)埋下了伏筆。
12月6日，陶成章帶著孫中山的介紹函到檳榔嶼籌款，不很順利，該地華僑僅認(rèn)捐三百元；到壩羅，亦僅認(rèn)捐三百數(shù)十元。陶成章懷疑孫中山在暗中搗鬼，開始攻擊孫中山。其后，陶成章準(zhǔn)備向各地收款，再次向?qū)O中山索取介紹函，孫中山?jīng)]有給。因此，陶成章便去到爪哇泗水，在浙人王文慶等的支持下，成立光復(fù)會(huì)，和同盟會(huì)南洋支部對(duì)立。
泗水光復(fù)會(huì)成立后，各地分會(huì)陸續(xù)成立。新加坡參加者有許雪湫，文島有李燮和及僑商曾連慶等。由于許雪湫等在黃岡起義失敗后群居南洋，對(duì)孫中山及其左右采取的善后措施頗多非議，便大力支持陶成章，因此，南洋光復(fù)會(huì)中以潮州、嘉應(yīng)人為多。
1909年5月，陶成章在文島等地散布流言，聲稱孫中山將各處同志捐款攫為己有，家中發(fā)了大財(cái)，河口起義所用不過千余元等等。9月，陶成章去到檳港，糾合李燮和等五六人，以川、廣、湘、鄂、江、浙、閩七省同志的名義起草了一份《孫文罪狀》,指責(zé)孫中山“謊騙營(yíng)私”,有“殘賊同志”、“蒙蔽同志”、“敗壞全體名譽(yù)”等“罪狀”三種十二項(xiàng)，并提出善后辦法九條，要求“開除孫文總理之名，發(fā)表罪狀，遍告海內(nèi)外”。同時(shí)要求廢除南洋支部章程，另訂新章，使南洋各同盟會(huì)分會(huì)直屬東京總會(huì)?！睹駡?bào)》已于1908年10月被日本政府封禁，《罪狀》要求重開《民報(bào)》機(jī)關(guān)，附設(shè)旬報(bào)，凡《中興報(bào)》發(fā)行的地方，該報(bào)都要“蹤尋之而往”?！蹲餇睢凡⒄_蔑孫中山在香港、上海匯豐銀行貯款二十萬，孫眉在九龍起造屋宇，孫中山匯款助建云云。陶成章還帶著這份罪狀趕赴東京，找到黃興，要求同盟會(huì)本部開會(huì)討論。
《孫文罪狀》純系不實(shí)之詞。它得到了章炳麟和江、浙少數(shù)人的支持，但卻遭到了黃興等的堅(jiān)決拒絕。黃興、譚人鳳、劉揆一聯(lián)名發(fā)表長(zhǎng)達(dá)千余言的致李燮和等公函，逐條為孫中山辯解。因此，黃興也遭到陶成章的攻擊。隨后，在爪哇的陳威濤將《孫文罪狀》印刷百余份，郵寄中外各報(bào)，將對(duì)孫中山的攻擊公之于世。
當(dāng)時(shí)，黃興、汪精衛(wèi)正在東京籌備續(xù)出《民報(bào)》。陶成章認(rèn)為它只能為孫中山“虛張聲勢(shì)”^[4],非先革除孫中山的總理職務(wù)不能辦報(bào)。這一要求也遭到了黃興的拒絕。陶成章便運(yùn)動(dòng)章炳麟刊印傳單《偽〈民報(bào)〉檢舉狀》,分送南洋、美洲各地，攻擊孫中山“懷挾巨資，而用之公務(wù)者十不及一”。傳單說：“昔之《民報(bào)》為革命黨所集成，今之《民報(bào)》為孫文、汪精衛(wèi)所私有，豈欲伸明大義，振起頑聾，實(shí)以掩從前之詐偽，便數(shù)子之私圖。諸君若為孫氏一家計(jì)，助以余資，增其富厚可也；若為中國(guó)計(jì)者，何苦擲勞苦之余財(cái)，以盈饕餮窮奇之欲！”11月6日，?；逝傻摹赌涎罂倕R新報(bào)》發(fā)表了這份傳單。11日、27日、29日，又分三天連載了《孫文罪狀》,借機(jī)攻擊說：“自革命邪說流毒南洋以來，一般之勞動(dòng)社會(huì)，幾于盡為所惑，誠(chéng)足為風(fēng)俗人心之大害。茲特將此傳單錄出，欲使華僑知革黨之內(nèi)容如是如是，則已入迷途者宜急早回頭，將入而未入者更宜視之若浼。大之為國(guó)家培無限之正氣，小之為華僑惜有限之資財(cái)。”^[5]與陶成章、章炳麟相呼應(yīng)，在法國(guó)的張繼則要求孫中山“退隱深山”,或“布告天下，辭退同盟會(huì)總理”^[6]。
當(dāng)陶成章、章炳麟大肆攻擊之際，孫中山正在倫敦。10月22日，他致函在布魯塞爾的同盟會(huì)員王子匡，指出這是革命前途的大不幸，對(duì)于聯(lián)絡(luò)華僑“大有阻礙”^[7]。同時(shí)，又致函主辦《新世紀(jì)》的吳稚暉，要求吳為長(zhǎng)文一篇，為公道之評(píng)判。
陶、章對(duì)孫中山的無理攻擊激起了革命黨人的義憤。東京方面，黃興等決定不和章炳麟計(jì)較，只在即將續(xù)刊的《民報(bào)》上登一啟事，宣布章為“神經(jīng)癥”之人。他要孫中山“海量涵之”,表示“陶等雖悍，弟當(dāng)以身力拒”^[8]。為了給孫中山赴美活動(dòng)掃除障礙，黃興又發(fā)函美洲，指出有人從東京發(fā)函攻擊孫中山，“用心險(xiǎn)毒，殊為可憤”,要求美洲同志乘孫中山到美機(jī)會(huì)，同心協(xié)力，共謀團(tuán)體進(jìn)步^[9]。安南方面，中國(guó)革命黨人發(fā)表《河內(nèi)公函》,詳述發(fā)動(dòng)云南、廣西起義的情況，針對(duì)陶成章的誹謗，一一予以駁斥。南洋方面，革命黨人焚毀了陶、章散發(fā)的印刷品，并派人調(diào)查，發(fā)現(xiàn)孫中山在九龍的家除幾間舊房外，別無所有；孫眉自己蓋了草房子在那里種地。于是，將調(diào)查實(shí)情公布，真相大白。
由于雙方日益對(duì)立，加上劉師培通敵叛變所造成的復(fù)雜情況，東京的革命黨人未經(jīng)冷靜分析即公布了章炳麟致劉師培、何震六函，指責(zé)章炳麟為端方的偵探。11月下旬，《中國(guó)日?qǐng)?bào)》發(fā)表《章炳麟與劉光漢之關(guān)系歷史》及《為章炳麟叛黨事答復(fù)投書諸君》二文，指責(zé)章炳麟為“兩截人物”,是“中國(guó)革命黨之罪人”,“東京《民報(bào)》之罪人”。12月，孫中山得悉保皇派報(bào)紙發(fā)表了章炳麟的《偽〈民報(bào)〉檢舉狀》,認(rèn)為章炳麟“破壞黨事，已不留余地”,要求吳稚暉將劉師培“發(fā)露太炎同謀通奸之筆跡照片”寄給他^[10]。同月21日，吳稚暉在信中向?qū)O中山表示，要將章炳麟的“行為心術(shù)，詳為發(fā)覆”^[11]。在此前后，新加坡《中興日?qǐng)?bào)》、香港《公益報(bào)》、巴黎《新世紀(jì)》、美國(guó)《少年中國(guó)晨報(bào)》先后發(fā)表了章炳麟致劉師培、何震的幾封信和其他答辯文章。這樣，關(guān)系就無可挽回地惡化了。
陶成章初到東京時(shí)就對(duì)章炳麟說：“逸仙難與圖事。吾輩主張光復(fù)，本在江上，事亦在同盟會(huì)先，曷分設(shè)光復(fù)會(huì)？”^[12]章炳麟表示同意。1910年2月，光復(fù)會(huì)總部成立于東京。章炳麟任會(huì)長(zhǎng)，陶成章任副會(huì)長(zhǎng)；在南洋設(shè)行總部，代行東京本部職權(quán)，李燮和、沈鈞業(yè)、魏蘭為辦事人員。3月10日，章炳麟、陶成章在東京發(fā)刊《教育今語雜志》,宣稱以“保存國(guó)故，振興學(xué)藝，提倡平民教育為宗旨”^[13]。
后期光復(fù)會(huì)反對(duì)孫中山的武裝起義路線，譏為“東放一把火，西散一盤沙”,說是“喪民費(fèi)財(cái)，禍莫大焉，一有不慎，必引外國(guó)人之干涉，后事益難著手矣”^[14]。它提倡經(jīng)商以積聚款項(xiàng)，又提倡教育和暗殺，聲稱“專主個(gè)人運(yùn)動(dòng)，以教育為根本”^[15],“實(shí)事求是，以圖漸進(jìn)”^[16]。陶成章甚至想入非非，計(jì)劃在北京開設(shè)妓院，以美人誘惑滿清貴族，席間下毒，一網(wǎng)打盡。這一時(shí)期，他雖然還懷著“排滿”的總目的，但在進(jìn)行方針上，卻已經(jīng)和改良派相差無幾了。
1911年初，陶成章因感到在東京“實(shí)在難以過日”^[17],寫信給李燮和，表示愿到南洋找一個(gè)寺院寄居，多著幾部歷史、地理教科書。4月，陶成章重到爪哇泗水。
與陶成章等重建光復(fù)會(huì)的同時(shí)，孫中山也在著手改組同盟會(huì)。1909年冬，他在到達(dá)美國(guó)后復(fù)函張繼，聲稱：“所云重新組織團(tuán)體，弟在南洋已自行之，是以南洋之組織與東京同盟會(huì)不為同物?！庇终f：“(東京)同盟會(huì)及太炎至今未自認(rèn)過，則弟已不承為彼等之總理者久矣。前去兩年，兩廣、云南之起兵，皆奉革命黨本部之名義，并未一用同盟會(huì)名義也?！?sup>[18]1910年2月，他在舊金山建立同盟會(huì)分會(huì)，改十六字綱領(lǐng)為“廢滅韃虜清朝，創(chuàng)立中華民國(guó)，實(shí)行民生主義”,盟書中的“中國(guó)同盟會(huì)會(huì)員”也改為“中華革命黨黨員”。同年秋，孫中山抵達(dá)檳榔嶼，通知南洋各地同盟會(huì)分會(huì)一律照改^[19]。1911年春，美洲《少年中國(guó)晨報(bào)》發(fā)表《中華革命黨三民主義》一文，將這一變動(dòng)公之于世，聲稱：“中華革命黨總機(jī)關(guān)雖設(shè)在外洋，而黨事之發(fā)達(dá)尤以內(nèi)地各省為最盛。”^[20]但是，同盟會(huì)已在群眾中留下了深刻的影響，“中華革命黨”的名稱始終沒有傳播開來。
光復(fù)、同盟兩會(huì)之間的矛盾糾纏最久，一直延續(xù)到辛亥革命以后。它嚴(yán)重地?fù)p害了革命黨人的威信，分散和瓦解了革命的力量。