武漢撤守后，國民政府軍事委員會隨即對抗日軍事行動作出調(diào)整。為總結(jié)前一階段的作戰(zhàn)經(jīng)驗與教訓(xùn)，部署相持階段的抗日作戰(zhàn)，蔣介石于1938年11月18日手令召集第三、第九戰(zhàn)區(qū)已抽調(diào)到后方之各部隊師長以上高級將領(lǐng)、各軍師政訓(xùn)處長會議開會，預(yù)定會議目錄共十九項，包括：甲、此次作戰(zhàn)死傷官兵數(shù)；乙、各級官兵之有功與有過者之賞罰升降及其姓名；丙、武器現(xiàn)有數(shù)目與損失數(shù)目(損失原因),等等^[1]。11月25日至28日，第三、第九戰(zhàn)區(qū)各集團(tuán)軍總司令、軍團(tuán)長、軍長、師長等100余人在湖南南岳舉行軍事會議，進(jìn)行具體研討。中共中央代表周恩來、葉劍英等也應(yīng)邀與會。
11月25日，第一次會議召開，蔣介石作了開幕講話。他結(jié)合自盧溝橋事變以來17個月的開戰(zhàn)實踐，闡述了對抗戰(zhàn)過程的基本設(shè)想，修正了以往關(guān)于抗戰(zhàn)的分期，第一次提出了中國抗戰(zhàn)按照預(yù)定的戰(zhàn)略政略劃分，可分為兩個時期，即從1937年7月開戰(zhàn)到武漢撤退、岳州淪陷是抗戰(zhàn)第一時期，此后則進(jìn)入第二期抗戰(zhàn)。在第一期抗戰(zhàn)中，中國軍隊各方面均處于劣勢，“不但各種技術(shù)裝具和一切準(zhǔn)備，都不如敵人，就是我們自己的學(xué)問能力與種種計劃，我們自覺也都比敵人差次”,從軍事進(jìn)退上看是失敗了，但從整個長期的戰(zhàn)局上說，“我們已經(jīng)依照我們預(yù)定的戰(zhàn)略陷敵軍于困敝失敗莫能自拔的地位”,做到了以“劣勢的軍備”來“逐次消耗優(yōu)勢的敵軍”,并且“根據(jù)抗戰(zhàn)的經(jīng)驗來培養(yǎng)我們自己的力量，以逐漸完成我們最后戰(zhàn)勝的布置”。所以，第二期抗戰(zhàn)就是中方“轉(zhuǎn)守為攻、轉(zhuǎn)敗為勝”的時期。為此，南岳會議需要制訂“一個以后作戰(zhàn)可操必勝的具體方案，然后以萬眾一心協(xié)同一致的精神徹底實施，以完成我們第二期抗戰(zhàn)的使命”^[2]。蔣介石講話之后，各師師長或參謀長分別作了軍事報告。
在11月26日上午舉行的第二次會議上，蔣介石在講評中具體指出了中國軍隊以往在戰(zhàn)略和戰(zhàn)術(shù)的種種缺失即恥辱，要求與會各將領(lǐng)“加以研究，制成具體方案，以便確實施行”^[3]。下午，蔣介石出席第三次會議，在講話中強(qiáng)調(diào)應(yīng)特別注意研究的事項，包括研究學(xué)習(xí)過去戰(zhàn)爭失敗和不能擴(kuò)張戰(zhàn)果之原因，健全各級司令部之要件，改進(jìn)通訊聯(lián)絡(luò)，部隊接防手續(xù)與監(jiān)督方法之規(guī)定與施行，部隊銜接處與薄弱點應(yīng)定補(bǔ)救辦法，嚴(yán)格整飭軍風(fēng)紀(jì)，趕造戰(zhàn)斗詳報，部隊教育，賞罰公布施行，清報公布經(jīng)費，充實編制，還在會上提出抗戰(zhàn)“四要”實施綱領(lǐng)，即軍隊要提高士氣、收攬民心、愛惜物力、撫養(yǎng)傷病^[4]。11月27日，蔣介石出席第四次會議，重點分析日軍的作戰(zhàn)優(yōu)點，以為借鏡。28日，蔣又出席第五次會議，說明南岳軍事會議的最大目的，在于整軍建軍，即以軍官為重心，由軍官負(fù)起建軍的責(zé)任。整軍包含兩個要點：一是全國部隊擬分三期輪流至后方進(jìn)行整訓(xùn)，每期整訓(xùn)暫定為4個月，全國軍隊的整訓(xùn)限在一年之內(nèi)完成。整訓(xùn)的具體步驟是：將全國部隊的三分之一配備在游擊區(qū)域——敵軍的后方擔(dān)任游擊，以三分之一的部隊布置在前方對敵抗戰(zhàn)，而抽調(diào)三分之一部隊到后方整訓(xùn)。第一批部隊整訓(xùn)完成，仍調(diào)回前方作戰(zhàn)，或擔(dān)任游擊。此后調(diào)換第二批部隊到后方繼續(xù)整訓(xùn)，其他部隊依次進(jìn)行。二是補(bǔ)充點驗事務(wù)應(yīng)于軍部或師部設(shè)補(bǔ)充點驗處專司其事，以便核實補(bǔ)充，增進(jìn)效能^[5]。
第一次南岳軍事會議對抗日戰(zhàn)爭進(jìn)行了新的分期，相應(yīng)提出第二期的抗日戰(zhàn)略，強(qiáng)調(diào)整訓(xùn)軍隊、提高軍隊素質(zhì)、增強(qiáng)作戰(zhàn)能力，立足于依靠自己的力量爭取反攻階段的到來。通過這次會議，正面戰(zhàn)場完成了從戰(zhàn)略防御向戰(zhàn)略相持的過渡。
南岳軍事會議之后，蔣介石于1939年1月在陜西武功再次召集軍事會議，對第一期作戰(zhàn)之得失和第二期作戰(zhàn)特點，作進(jìn)一步的研討和部署。
根據(jù)上述會議的判斷與指示，軍事委員會制訂頒行《國軍第二期作戰(zhàn)指導(dǎo)方案》,將作戰(zhàn)方針確定為：“國軍應(yīng)以一部增強(qiáng)被敵占領(lǐng)地區(qū)內(nèi)力量，積極展開廣大游擊戰(zhàn)，以牽制、消耗敵人。主力應(yīng)配置于浙贛、湘贛、湘西、粵漢、平漢、隴海、豫西、鄂西各要線，極力保持現(xiàn)在態(tài)勢。不得已時，亦應(yīng)在現(xiàn)地線附近，盡量牽制敵人，獲取時間之余裕，俟新戰(zhàn)力培養(yǎng)完成，再行策動大規(guī)模攻勢?！?sup>[6]第二期作戰(zhàn)方針突出強(qiáng)調(diào)了敵后游擊戰(zhàn)的重要性，力圖消耗日軍戰(zhàn)力。軍事委員會的戰(zhàn)略構(gòu)想是：“國軍連續(xù)發(fā)動有限度之攻勢與反擊，以牽制消耗敵人，策應(yīng)敵后之游擊戰(zhàn)，加強(qiáng)敵后方之控制與襲擾，化敵后方為前方，迫敵局促于點線，阻止其全面統(tǒng)制與物資掠奪，粉碎其以華制華，以戰(zhàn)養(yǎng)戰(zhàn)之企圖，同時抽調(diào)部隊，輪流整訓(xùn)，強(qiáng)化戰(zhàn)力，準(zhǔn)備總反攻?！?sup>[7]此后中國軍隊在正面戰(zhàn)場的繼續(xù)作戰(zhàn)，大體上就是按照上述作戰(zhàn)方針與戰(zhàn)略構(gòu)想開展的。
為了適應(yīng)第二期作戰(zhàn)的需要，國民政府軍事委員會還將全國重新劃分為十個戰(zhàn)區(qū)，增設(shè)蘇魯、冀察兩個游擊戰(zhàn)區(qū)，以加強(qiáng)對敵后戰(zhàn)場的指揮，國軍戰(zhàn)斗序列也得到調(diào)整。軍事委員會還取消了軍事委員會委員長駐廣州、西安、重慶各行營，改設(shè)桂林行營、天水行營，分別由白崇禧、程潛任主任，負(fù)責(zé)指揮南北兩戰(zhàn)場各地區(qū)之作戰(zhàn)^[8]。各戰(zhàn)區(qū)劃分情況概括如下：
第一戰(zhàn)區(qū)司令長官衛(wèi)立煌，下轄第二、三集團(tuán)軍，轄區(qū)為豫境及安徽之一部；
第二戰(zhàn)區(qū)司令長官閻錫山，下轄第四、五、六、七、十四、十八集團(tuán)軍，轄區(qū)為山西及陜西之一部；
第三戰(zhàn)區(qū)司令長官顧祝同，下轄第十、二十三、二十五、三十二集團(tuán)軍，轄區(qū)為蘇南、皖南及浙、閩兩省；
第四戰(zhàn)區(qū)司令長官張發(fā)奎，下轄第九、十二、十六集團(tuán)軍，轄區(qū)為廣東、廣西兩省；
第五戰(zhàn)區(qū)司令長官李宗仁，下轄第十一、二十二、二十九、三十三集團(tuán)軍以及豫鄂邊區(qū)游擊總隊，轄區(qū)為皖西、鄂北及豫南；
第八戰(zhàn)區(qū)司令長官朱紹良，下轄第七、十七集團(tuán)軍，轄區(qū)為甘肅、寧夏、青海及綏遠(yuǎn)；
第九戰(zhàn)區(qū)司令長官薛岳(代),下轄第一、十九、二十、二十七、三十、三十一集團(tuán)軍，以及湘鄂贛邊區(qū)游擊總隊，轄區(qū)為贛北、鄂南及湖南省；
第十戰(zhàn)區(qū)司令長官蔣鼎文，下轄第三十四集團(tuán)軍，轄區(qū)為陜西??；
蘇魯戰(zhàn)區(qū)總司令于學(xué)忠，下轄第五十一、五十七、八十九軍，轄區(qū)為山東省及蘇北地區(qū)；
冀察戰(zhàn)區(qū)總司令鹿鐘麟，下轄第六十九、九十九、新編第五軍，以及河北民軍，轄區(qū)為河北、察哈爾省。
當(dāng)時，中國的總兵力共計191個步兵師，29個步兵旅，12個騎兵師，10個騎兵旅，其他特種及游擊部隊尚不在此內(nèi)。根據(jù)當(dāng)時的敵我形勢，國民政府軍事委員會將重兵配置于第五、第九兩戰(zhàn)區(qū)方面迎敵^[9]。