繼廣東、浙江宣布獨立之后，獨立各省為統(tǒng)一軍事和“對外取得戰(zhàn)團承認”^[1],又進一步聯(lián)合起來，在廣東肇慶正式成立一軍務(wù)院，與北京袁世凱政府相對抗。
軍務(wù)院的成立，經(jīng)歷了一個曲折的過程。最初，唐繼堯等云南首義領(lǐng)導(dǎo)人以為云南一動，各省必然響應(yīng)，袁世凱很快就會垮臺，本不打算在戰(zhàn)爭進行過程中建立政府，只待袁世凱推翻后，再舉黎元洪為總統(tǒng)，行內(nèi)閣制，以梁啟超為總理，“屆時發(fā)表，庶不失先后程序”^[2]?？墒?，首義一月有余，除貴州劉顯世外，“各省將軍仍復(fù)擁兵觀望，未即望風(fēng)響應(yīng)。雖有蒙古稱兵，又聞其以擁護清室為幟者”^[3]。加上駐滇外人又屢諷以“既與袁政府斷絕關(guān)系，當然自樹”^[4]。于是，唐繼堯于2月中旬致函上海梁啟超，提議略變前計，“按照約法，將舉黃陂為總統(tǒng)一層，及組織中央政府大概情形，先行發(fā)表”,并要他盡快撰一稿寄滇，同時“寄登上海、日本各報，一以引起各省之響應(yīng)，一以消弭蒙古之異謀”^[5]。但是不久，隨著廣西宣布獨立和袁世凱取消帝制，形勢開始發(fā)生新的變化，護國軍不但渡過了它最困難的時期，而且似乎勝利也在望了。于是，唐繼堯?qū)ο刃薪M織政府一事又不那么以為然了，轉(zhuǎn)而同意劉顯世的意見，“我輩為收拾全局，鞏固國基計，但使袁氏引咎退職，國家無恙，自宜與段(祺瑞)、馮(國璋)兩公聯(lián)絡(luò)一氣，速謀根本解決之法。似不必別設(shè)臨時統(tǒng)一機關(guān)，蹈分立之嫌，成相逼之勢，致段、馮兩將軍與各方鎮(zhèn)各自為謀，轉(zhuǎn)生種種障礙”^[6]。
然而，梁啟超卻與此相反，他早在天津策劃反袁起義時就懷有組織臨時政府的主張，所以接唐繼堯函后，立即開始了緊張的策劃活動。他先與上海各有關(guān)方面協(xié)商，大家都贊成“早立”。3月8日，他應(yīng)邀赴桂，到達香港時，又與李根源、楊永泰、林虎、文群等人進一步“商及元首問題，決定擁戴黎公”^[7]。他們認為設(shè)立臨時統(tǒng)一機關(guān)與聯(lián)絡(luò)段、馮并不矛盾：“吾輩即欲聯(lián)絡(luò)段、馮，共襄國事，亦須速謀發(fā)展實力，至少須以先達揚子江流域為第一步，俾南方位置日益鞏固，然后居間轉(zhuǎn)移之，段、馮始有所恃，以與袁氏周旋。”^[8]隨后，梁啟超在密赴海防的日本運煤船妙義山丸上，起草了護國軍軍政府宣言、致黎元洪電、致各國公使團和領(lǐng)事團電及軍務(wù)院布告與組織條例等文電。接著，他一面派遣隨員黃群帶著他的“手書及計劃組織臨時機關(guān)各稿”,前往云南征求唐繼堯的意見；一面致電陸榮廷，告以他在滬、港與各方面熟商，擬組一軍務(wù)院，“執(zhí)行軍國重事”^[9]。3月底，唐勉強復(fù)函表示：“組織軍務(wù)院條例誠為過渡時代不二辦法，均可照行；所尚待研究者，地與人之問題耳?，F(xiàn)在成、渝未下，我之范圍只滇黔桂三省，究以何者為合宜？撫軍長一職，究推何人為適當？同人幾經(jīng)研究，均尚未得正確之解決。仍懇先生與干公(干卿，陸榮廷字)切商提出，再征求各方面意見，方能確定?！?sup>[10]
正當梁啟超準備就人地兩問題繼續(xù)與各方面交換意見時，龍濟光突于4月6日宣布廣東獨立。這固然使獨立省份增加到四省，壯大了籌劃中的軍務(wù)院的力量，但由于乘海容艦?zāi)舷碌谋避娨宦脤⒌?，而廣東獨立后，城廂內(nèi)外欲乘機蠢動者又頗多^[11],梁不得不暫時中止這一計劃，轉(zhuǎn)而與陸榮廷先謀廣東內(nèi)部的調(diào)停和統(tǒng)一。4月8日，陸、梁應(yīng)龍濟光與討袁民軍各方之請，由南寧啟程赴粵。出發(fā)前，他們一面勸諭廣州各官署、團體和報館“戮力同心，協(xié)助各官廳維持秩序”;一面告誡陳炯明、徐勤、朱執(zhí)信等討袁民軍要顧全大局，捐棄小忿，勿以“義憤太過，流于躁進”,致“為人借口生事，陷粵境于糜爛”^[12]。顯然，他們幻想通過犧牲民軍利益來求得廣東局勢的穩(wěn)定。
可是，當他們13日行抵梧州時，忽聞廣州發(fā)生海珠慘案，梁啟超多年摯友，以他和陸榮廷代表身份先期抵粵的湯覺頓和陸軍少將譚學(xué)夔、警察廳長王廣齡、徐勤所部護國軍中路司令呂仲銘^[13]、廣州商團團長岑伯著等人，在12日徐勤召集的海珠聯(lián)席會議上竟遭到龍濟光警衛(wèi)軍統(tǒng)領(lǐng)顏啟漢等人的狙擊，湯、譚當場殞命，王、呂也未及救治而亡。這是他們所始料不及的。但是，陸、梁并未從中吸取到什么教訓(xùn)。事后，他們?nèi)韵螨埍硎?，如果他能答?yīng)下列幾項條件，將仍維持他的廣東都督地位：1.交出蔡乃煌、顏啟漢；2.分調(diào)警衛(wèi)軍出?。?.整頓濟軍軍紀，解散偵探；4.陸抵廣州住所臨時酌定，由龍來陸所會晤，陸不上觀音山；5.將來濟軍以一半自衛(wèi)，一半出師征贛；6.定東園為桂軍屯所。雖然他們也曾致電廣州總商會和報界公會，揚言將率桂軍萬人“星夜東下”,“為鄉(xiāng)邦挽此浩劫”^[14],卻不過是虛張聲勢。事實上，陸榮廷、梁啟超到達廣東肇慶后就駐足不前了，其前鋒莫榮新也僅僅到達三水。
19日，岑春煊偕溫宗堯、章士釗、李根源、周善培、楊永泰等由滬、港同至肇慶。他與梁、陸一樣，認為“龍之獨立，如出于偽，則與袁之關(guān)系必未絕。操之過激，將取消獨立，回復(fù)奉袁之狀態(tài)，江西、福建兩省之北兵必乘機而入，吾將何以應(yīng)之？”因此，“龍惡固所必去，惟俟大問題解決后，再作處置”^[15]。但是，陳炯明、徐勤、朱執(zhí)信等討袁民軍認為海珠慘案乃是龍濟光“偽獨立”的大暴露，力主“排而去之”。且還有別的反龍勢力，“其馳電反對龍濟光督粵者幾于應(yīng)接不暇，就中若魏邦平、李耀漢、陸蘭清諸人為最力者”^[16]。在這樣的情況下，陸、梁無法，不得不續(xù)向龍?zhí)岢鋈缦氯棗l件，以調(diào)和民軍的反抗：1.讓廣東都督于岑春煊，限十日內(nèi)交代清楚；2.籌集軍餉二百萬元，由龍率師北伐；3.所有退伍濟軍，由龍遣散回籍。龍濟光在民軍和桂軍的壓力下，只好稍示讓步，于20日早復(fù)電陸、梁：“愿率濟軍赴贛，粵督敬煩西林擔(dān)任?！?sup>[17]接著又同意陸、梁意見，劃地而守，馬口及西南以上歸魏邦平、李耀漢、陸蘭清防守；馬口及西南以下由龍派兵防守，彼此不相逾越。龍既已表示讓步，陸榮廷遂將善后交由岑春煊、梁啟超等駐肇慶處理，自己回梧州布置征湘事宜去了^[18]。
其實，龍濟光并不準備兌現(xiàn)他許下的諾言。陸回桂之后，他“以肇慶兵力不足畏，遂謂辭職北伐之事，必二月后方能實行，此為龍氏第一次食言”。接著，他又表示“粵都督一席決不辭去”,甚至要他“出一自將北伐之宣言”也辦不到^[19]。他一面利用自己控制的宣傳工具，公開捏稱“岑春煊以都督相讓”的謊言，以蒙蔽輿論：一面于4月18日和23日派兵“進剿”新會江門和佛山石灣兩地，鎮(zhèn)壓反對他竊據(jù)都督地位的朱執(zhí)信中華革命軍。稍后，他又擬定一個全面“進剿”各地民軍的惡毒計劃，企圖徹底解除各地民軍對其都督地位的威脅^[20]。以上事實表明，陸、梁逼龍讓位于岑的計劃，由于內(nèi)無實力保障，外不依靠民軍助力，終于不可避免地破產(chǎn)了。
為了盡快結(jié)束廣東內(nèi)部的混亂局面和出師北伐，梁啟超等人又煞費苦心地提出成立兩廣護國軍都司令部的新方案，并擬推岑春煊為都司令。根據(jù)《都司令部組織令》的規(guī)定：兩廣護國軍都司令統(tǒng)轄廣東、廣西兩省軍隊，管理一切軍務(wù)，兼籌政務(wù)、財政。顯然，這主要是針對龍濟光拒不肯讓出都督一席而設(shè)的?！稌r報》菊莊通信指出：“明明都督之任(指廣東都督)不能接收，故特設(shè)此都司令之名，使都督亦受其節(jié)制，此提高一級以圖可以駕馭，特一委曲求全之術(shù)而已?！?sup>[21]據(jù)當時參預(yù)其事的吳貫因說：“首持此議者為廣西軍界，而廣東各獨立地之司令和之。龍氏見桂軍及廣東獨立軍皆推戴岑、梁，不敢立異，亦贊成此議?！?sup>[22]
4月27日，龍濟光率段爾源、鄭開文、李嘉品等人與陸榮廷聯(lián)名電奉岑春煊為兩廣護國軍都司令。5月1日，都司令部在廣東肇慶正式宣告成立，岑宣誓就職。其下設(shè)有參謀部、秘書廳、參議廳、外交局、財政廳、鹽務(wù)局、餉械局、副官處等機關(guān)。公推梁啟超為都參謀，李根源為副都參謀，章士釗為秘書長，冷遹為參謀廳長，溫宗堯為外交局長，楊永泰為財政廳長，曾彥為餉械局長，楊其禮為副官長^[23]。鹽務(wù)局本專為收廣東財權(quán)而設(shè)，因龍濟光不肯撒手，不特虛有其名，“且并職員也無之”^[24]。本部之外，還“設(shè)有將校團，專以搜集各級軍官。初以孔照度為之長，后孔赴汕頭任第一師參謀長，以獨立團長張習(xí)兼任之”^[25]。兩廣都司令部直轄軍隊四師二混成旅一獨立團，以莫擎宇、李耀漢、莫榮新、林虎為師長，程子楷、魏邦平為混成旅旅長，張習(xí)為獨立團長。從此，龍濟光雖仍牢牢把持著廣東軍財兩權(quán)與西南護國軍貌合神離，但名義上畢竟是在都司令部節(jié)制之下了。這就為軍務(wù)院的成立創(chuàng)造了必要的條件。
龍濟光宣布擁岑春煊為兩廣護國軍都司令后，梁啟超立即向各有關(guān)方面重新提出了軍務(wù)院組織計劃。首先討論了撫軍長人選和軍務(wù)院所在地問題。在此之前，唐繼堯曾通過黃群向梁表示：“擬先定軍務(wù)院設(shè)置地，即以所在地之撫軍代表，暫不設(shè)撫軍長名目，較覺圓融”^[26],實際是暗示他要當撫軍長，因為他心里明白：云南作為首義省份，定為軍務(wù)院所在地將是不成問題的。事實也正是這樣，據(jù)李根源說：“軍務(wù)院所在地，初議云南。繼以廣東瀕海，策應(yīng)較易，僉謂廣東便?！?sup>[27]這是護國戰(zhàn)爭發(fā)生后，唐繼堯野心家面目的首次暴露。李根源以鄉(xiāng)土關(guān)系，附和唐意。上海陳叔通等人則認為“領(lǐng)袖何人不敢下一斷語，然總不可使有總統(tǒng)嫌疑之人為之，以為袁氏利用，轉(zhuǎn)堅他派忠于袁氏之心”;并指出：如以陸榮廷為領(lǐng)袖，“便無何等嫌疑”^[28]。梁啟超初主岑春煊，“意以年高望重，非此莫屬”^[29];后根據(jù)各方意見折衷提出：“撫軍長一職，以滇省首義之勛勞，自非蓂公(唐繼堯)莫屬，黔桂粵當無異辭。惟為交通計，其地點似不能不在粵。蓂公既不能來粵，擬增設(shè)副長攝職，推西林(岑春煊)任之。”^[30]這一折衷辦法為軍務(wù)院的實際組織奠定了基礎(chǔ)。蔡鍔起初以為設(shè)立軍務(wù)院將與大總統(tǒng)問題“并為一談”,本不贊成，后接閱梁啟超所草各宣言及軍務(wù)院組織條例，知是“將大總統(tǒng)之推舉及軍務(wù)院之設(shè)立移花接木，聯(lián)為一貫”,才勉強采取支持態(tài)度。這固然說明他沒有爭權(quán)的欲望，但同時也反映出了他害怕因此引起北洋軍閥反對的怯弱心理^[31]。
5月7日，滇、黔、桂、粵四省都督以護國軍軍政府名義宣布：為統(tǒng)一對袁軍事和籌畫建國方策計，“今由繼堯等往復(fù)電商，特暫設(shè)一軍務(wù)院，直隸大總統(tǒng)，指揮全國軍事，籌辦善后庶政。院置撫軍若干人，用合議制裁決庶政，其對外交涉，對內(nèi)命令，皆以本院名義行之。俟國務(wù)院成立時，本院即當裁撤”^[32]。《軍務(wù)院組織條例》也同時公布，共十條，其中關(guān)于撫軍的規(guī)定是：“軍務(wù)院置撫軍，無定員”,“以各省都督或護理都督，兩省以上聯(lián)合軍都司令、都參謀及各獨立省確已成軍有二師以上之軍總司令任之。凡新取得前項資格者，同時取得撫軍資格”^[33]。這是一個有意“避大元帥制，免賊借口”,對所有尚未宣布所謂“獨立”的軍閥、官僚、政客均預(yù)留余地的八面討好的方案。所以，“于與段、馮接洽，固毫無滯礙也”^[34]。
8日，醞釀兩月有余的軍務(wù)院，在龍濟光拒絕于廣州提供辦公地點之后，不得不在肇慶宣告正式成立，由唐繼堯任撫軍長，岑春煊任撫軍副長，梁啟超任政務(wù)委員長。因唐不能駐院，其職權(quán)由撫軍副長岑春煊代攝。推唐紹儀為特任外交專使，溫宗堯、王寵惠為副使，范源濂、谷鐘秀為駐滬委員，鈕永建為駐滬軍事代表。撫軍初由唐繼堯、劉顯世、陸榮廷、龍濟光、岑春煊、梁啟超、蔡鍔、李烈鈞、陳炳焜、呂公望十人組成。后蔡鍔“為取得發(fā)言權(quán)，貫徹其主張計”^[35],又堅持補入羅佩金、戴戡二人。以后隨著形勢的發(fā)展，還不斷增加，但直至軍務(wù)院最后撤消，也沒有增補一個中華革命黨的代表。
軍務(wù)院成立前后，曾發(fā)表一系列宣言和通電，對袁世凱展開政治攻勢。早在4月18日，唐繼堯等人便以護國軍軍政府名義發(fā)表了第一、二號宣言，嚴正聲明：“袁世凱因犯謀叛大罪，自民國四年十二月十三日下令稱帝以后，所有民國大總統(tǒng)之資格當然消滅”^[36];依法“恭承現(xiàn)任副總統(tǒng)黎公元洪為中華民國大總統(tǒng)，領(lǐng)海陸軍大元帥”^[37]。軍務(wù)院成立后，當即于5月9日通告各國公使、領(lǐng)使：“以后除地方商民交涉，照例仍由各該省軍民長官與各國駐近該地各官廳就近辦理外，其中央外交事務(wù)，一概改由軍務(wù)院辦理?！?sup>[38]這樣就從內(nèi)外兩方面否定了袁世凱政府的合法地位。11日，軍務(wù)院發(fā)布第二號布告，宣布“此次舉義之真精神，一言蔽之曰：擁護國法而已”;號召“各省國會議員迅速籌備集會程序及地點，俾一切問題得以解決，各種法定機關(guān)得以成立”^[39]。它于云南首義后，第一次明確提出了擁護“約法”、保障國會的主張。次日，針對馮國璋否定“約法”的謬論，梁啟超再次聲明：“約法”者，民國之生命也。項城毀之，國人爭之。國人以愛護“約法”,故不惜糜頂踵以為之殉。項城雖自絕于“約法”,而“約法”未嘗因此而損其毫末也。項城所以失去總統(tǒng)資格，全因其犯“約法”上之謀叛罪，并非“約法”消滅，總統(tǒng)名義消滅，而彼之資格隨而消滅也^[40]。梁氏的這一聲明，進一步表達了他捍衛(wèi)“約法”的決心。
與此同時，軍務(wù)院還督率大軍，分湘、贛、閩三路，加緊對袁世凱進行軍事“圍捕”。5月7日，陸榮廷乘湖南零陵鎮(zhèn)守使望云亭宣布獨立之機，親督陸裕光、馬濟、林俊廷、沈鴻英等部三十余營入湘北伐，由祁陽進迫衡州(今衡陽市)。為配合陸、望作戰(zhàn)，岑春煊命龍濟光飭原駐粵北連縣、樂昌、陽山等處軍隊移扎出境，向郴陽、桂陽方面前進。而剛由昆明經(jīng)貴陽抵達湘南靖縣就任護國軍湖南總司令的程潛則集重兵于武岡，壓迫寶慶(今邵陽市)。在大軍齊發(fā)的形勢下，湖南北軍倪毓棻、唐天喜、劉躍龍等部望風(fēng)而逃，不戰(zhàn)自退。據(jù)林俊廷等5月16日電稱：“前派赴衡州委員回報倪毓棻確即退兵，現(xiàn)已陸續(xù)開發(fā)起程?！?sup>[41]24日，望云亭也報告說：衡州“倪軍全部退出。長沙、湘潭唐天喜之兵，日內(nèi)亦完全出境。至寶慶劉旅長(指劉躍龍)迭次函稱：‘大局危急，力求和平’”,“日內(nèi)決意全行退出”^[42]。至此，湘南幾已無北軍蹤跡。
贛閩兩路，由直隸軍務(wù)院的滇桂粵護國聯(lián)合軍直接擔(dān)任。早在軍務(wù)院正式成立之前，岑春煊即已開始籌組軍務(wù)院直轄部隊。他征得唐繼堯同意，調(diào)李烈鈞所率云南護國第二軍至肇慶“擁護根本”^[43]。李部自廣西百色出發(fā)，經(jīng)南寧、梧州，于5月12日到達廣東肇慶，受到岑春煊、梁啟超以下全體軍務(wù)院成員的熱烈歡迎。這月下旬，除龍濟光濟軍一軍尚暫未任定司令官外，其他各軍皆已編組就緒，正式組成了直隸軍務(wù)院的滇桂粵護國聯(lián)合軍。他們是：云南護國第二軍總司令李烈鈞部，兩廣新編第三、四、五、六軍總司令莫榮新、李耀漢、譚浩明、林虎部，兩廣新編第一師師長莫擎宇、第一混成旅旅長程子楷部、獨立團張習(xí)部和粵軍一軍，總計九軍，經(jīng)唐繼堯同意，由岑春煊就近直接指揮。其作戰(zhàn)計劃分四期進行：第一期，掃除贛閩邊界敵兵；第二期，驅(qū)逐福建、江西境內(nèi)敵兵，占領(lǐng)福州、南昌；第三期，集中湖北，進駐武漢；第四期，直搗幽燕，絕敵根據(jù)。
5月27日，岑春煊命滇軍李烈鈞部和桂軍莫榮新部兩團于6月2日集中肇慶，15日前經(jīng)三水、琶江口出韶關(guān)，向江西贛州前進，并以方聲濤梯團向福建方面運動，協(xié)同廣東潮軍進行；林虎所部于6月10日集中肇慶附近，加入江西方面作戰(zhàn)，務(wù)于20日前到達江西虔南(今全南縣)?；涇娪?月20日前由廣州出發(fā)，取道惠陽，于和平集中，經(jīng)江西安遠、雩都(今于都)向南昌前進；潮軍莫擎宇部待李烈鈞所派方梯團進抵福建邊界之后，以一部防詔安之敵，一部協(xié)同進逼福州。程子楷旅于6月20日以前由肇慶出發(fā)，向湖南方面前進，掩護入贛滇軍作戰(zhàn)。6月1日，岑春煊等人鄭重宣布：1.我軍為討袁而起，袁不退位，絕無調(diào)?？裳?；2.袁氏退位，我軍務(wù)院恭承繼任黎大總統(tǒng)正式就職；3.非至袁退位，黎大總統(tǒng)正式就職時，決不停止軍事進行；4.擁護約法，保障國會，俟前參眾兩院議員依法集合時，國家大計交其解決。5日，滇桂軍入贛先鋒隊張開儒、申葆藩、江永隆各率所部由肇慶出發(fā)。同日，岑春煊發(fā)表宣言，正式宣布出師北伐。
此外，廣東局勢長期紛亂不堪，對大局影響甚大。因此，收拾粵事就成為軍務(wù)院的又一大任務(wù)。岑春煊、梁啟超也明白，粵局不穩(wěn)，純屬龍濟光之流所為。梁就說過：“吾為粵事亦吞聲嘔心，卒無善果。海珠之變，殲我之良，雖非龍主謀，而粵局內(nèi)容可以想見，悍將蟠于上，私黨哄于下，浩劫終無幸免，所爭早暮耳?！钡麄冇终J為：“以圍攻觀音山雙方相消之兵力，足舉湘贛閩而有余，龍滅而桂亦疲，更何挾以御賊？況糜爛后之收拾，非期月可奏功，而獨立省份內(nèi)訌之丑聲，徒令老賊匿笑，友邦藐侮”,因而決定仍以“飲淚言和”為收拾粵事方針^[44]。他們應(yīng)龍要求，責(zé)令各路討袁民軍司令剴切勸諭所部，“務(wù)輕權(quán)利與私心，并即列冊報名，聽候編師北伐”^[45],并擬定改編辦法四條：1.確有槍枝者方為合格；2.合格民軍首領(lǐng)或委為統(tǒng)領(lǐng)，或委為營、連、排、棚長；3.不愿北伐者，準其歸農(nóng)，但槍枝須作價繳官；4.自出示后，如有不報名請編，始終負隅抗拒，意圖擾亂治安者，即以土匪論，當調(diào)集大軍嚴加痛剿。對這名為改編、實則取締的所謂改編辦法，各討袁民軍當然不能接受。朱執(zhí)信針鋒相對地提出：1.各路民軍必俟龍濟光離粵始允停戰(zhàn)；2.中華革命軍編為北伐軍，餉械由粵省供給；3.仍用中華革命軍旗幟。可是，這些正義的要求卻為軍務(wù)院主要負責(zé)人岑春煊所一一否定^[46]。軍務(wù)院對討袁民軍如此苛刻，而對龍濟光的倒行逆施卻一味遷就、隱忍和優(yōu)容，“寧蒙養(yǎng)奸之譏而不辭”。連岑春煊自己都承認：李烈鈞出師北伐，由粵出贛，龍濟光一面假托各界名義電拒經(jīng)過，一面調(diào)重兵于西南獅子竇一帶以示威，“我當時力勸李協(xié)和委曲求全，改道琶江。龍初駐兵韶州不過兩營，及知李將赴韶、北江方面，龍即加派六營以待李。至李軍既到，龍陰令朱福全閉城絕道以困李軍，并開炮轟擊。我聞耗惶急，力為調(diào)?！?sup>[47]。這就是軍務(wù)院收拾粵事的真相和內(nèi)容。
以上事實說明：盡管軍務(wù)院一再聲明它“并非政府性質(zhì)，且為臨時機關(guān)”^[48],但其組織過程和成立后的活動已證明它是一個具有臨時政府性質(zhì)的機構(gòu)。當然，它還只是一個不“完備”的政府雛形。李根源說它遠遜于辛亥革命時期的南京臨時政府，是符合實際的。就其組織成分來說，則是進步黨人、國民黨人和西南地方實力派的臨時聯(lián)合機構(gòu)，而不是任何意義上的討袁各派的聯(lián)合機構(gòu)，因為以孫中山為首的反袁最早且最堅決的中華革命黨人，始終被排斥在外。梁啟超、陸榮廷、唐繼堯等人無論在成立過程中還是在成立后都具有舉足輕重的作用，這表明其領(lǐng)導(dǎo)權(quán)實際上掌握在進步黨人和西南地方實力派的手里。
然而，軍務(wù)院的成立還是具有重大的積極意義和歷史作用的。它在袁世凱宣布取消帝制，玩弄和談陰謀，企圖繼續(xù)竊據(jù)總統(tǒng)位置之時宣告成立，這本身就是對袁世凱最沉重的打擊，何況它成立后還從政治、軍事、外交等方面對袁發(fā)動了一系列的攻勢。上?！稌r報》記者彬彬為文指出：“北京政府所懼者，南方軍務(wù)院之組織已儼然一臨時政府。從前南方勢力雖大，尚無統(tǒng)一機關(guān)，北方尚有城社可憑。今如此，則所謂中央政府已無復(fù)奇貨可居。又連接緊要報告，南方一面依約法戴黎，一面通告駐京各國公使廢止北京政府，此等消息較之某省獨立、某戰(zhàn)失敗之驚報，何啻十倍?！?sup>[49]李根源也說“此舉于軍事、外交上收效頗巨”^[50]。特別是它屢以“擁護約法，保障國會昭示天下”,把反袁斗爭由“護國”引向“護法”,其意義就更非一般可比了。這不僅為護國戰(zhàn)爭補充了新的綱領(lǐng)，樹立了新的旗幟，而且為它贏得了更加廣泛的同情和支持。孫中山為此鄭重宣布：“今獨立諸省通電，皆已揭橥民國約法以為前提，而海內(nèi)有志后援、研求國是者，亦皆以約法為衡量，文殊慶幸此尊重約法之表示，足證義軍之舉，為出于保衛(wèi)民國之誠?！薄拔呐c袁氏，無私人之怨，違反約法，則愿與國民共棄之。與獨立諸省及反袁諸君子，無私人之惠，尊重約法，則愿與國民共助之。”^[51]可見，軍務(wù)院已將護國戰(zhàn)爭大大向前推進了一步，其功績是不可磨滅的。
但是，軍務(wù)院的局限性也是顯而易見的。除其內(nèi)部各方面為種種私利而相互競爭之外，最主要的就是對軍閥、官僚、政客的信任與依靠，遠在人民之上。雖然這在最大限度地孤立與打擊袁世凱方面也曾起了一定的積極作用，但留下的后患是無窮的。以廣東龍濟光為例，由于軍務(wù)院對他姑息，結(jié)果反使軍務(wù)院處處遭到刁難與掣肘，以致出師北伐也難以順利進行。當然，這并不是軍務(wù)院任何個人的責(zé)任，而是中國整個資產(chǎn)階級的軟弱性和妥協(xié)性的表現(xiàn)。即如孫中山這樣的革命黨人，也曾一度認為“大敵當前，而內(nèi)紛不息，事實無謂”,并電令廣東中華革命軍勿與濟軍相持，“俾泯猜疑，并力求事實上之一致”^[52]。