公元七世紀上半葉，創(chuàng)立于西亞的伊斯蘭教開始向東方傳播。到七世紀下半葉，伊朗、阿富汗一帶先后建立了幾個伊斯蘭教國家，印度也面臨著來自穆斯林勢力的威脅。
最早侵入印度的穆斯林來自阿拉伯地區(qū)。712年，穆斯林以“圣戰(zhàn)”的名義武力占領了印度河下游的信德地區(qū)。此后，阿富汗的伽色尼王朝在986年遠征印度，首先占領白沙瓦。997年，馬默德親王率領穆斯林軍隊十七次遠征印度，占領了西北印度的全部地區(qū)。馬默德給印度的選擇是非此即彼的：要么死，要么改信伊斯蘭教。對被征服地區(qū)所有的佛教、印度教寺院和圣地進行毀滅性的破壞，焚燒經(jīng)典，殺戮僧尼，掠奪財寶。馬默德死后，伽色尼王朝被新興的廓爾王朝所滅。廓爾王朝也是穆斯林國家，繼續(xù)對印度進行武力征服。1175至1191年間，穆斯林軍隊幾次出征旁遮普、古吉拉塔因特等地，并占領了上述地區(qū)。之后，穆斯林勢力進一步擴張到孟加拉灣。征服過程中，毀滅佛教的方式與以前相比是有過之而無不及。據(jù)說，穆斯林占領佛教名寺飛行寺后，在寺中發(fā)現(xiàn)了大批藏書。他們想找人講解書中的內容，附近竟找不到一個存活的印度人?？梢韵胍?，這樣的浩劫是多么巨大。
佛教一直宣揚忍辱、戒殺與慈悲，因而在伊斯蘭教的刀光劍影面前，這些教頭及信奉者顯得軟弱無力，只有背井離鄉(xiāng)，遠走他方了事。根據(jù)西藏多羅那陀的記述，當時佛教徒大多逃亡到西藏、南印度和東南亞等地。少數(shù)比丘短期內仍留守寺院，在寺院附近過“游擊”式的避難生活。1235年，西藏有位名叫達磨斯瓦命的僧人游巡那爛陀寺，看到寺里還住著一位年老比丘，名叫羅睺羅室利跋陀羅，他還在寺院的廢墟上為七十名學生講授梵文文法。
1203年，佛教最大的寺院超戒寺被毀，從此，佛教在印度本土基本消亡。